Kirra Cooper se voit contre son gré obligée de quitter l'Australie pour rejoindre son grand-père en Afrique du Sud. Là-bas, elle découvre un bébé orque, échoué dans un lagon proche du parc d’attraction de son grand-père. Elle le nomme “Willy” et décide d’aider l'orque à retrouver son groupe. Cependant, un rival de son grand-père veut capturer l'animal pour en faire un spectacle très lucratif dans son parc concurrent.
Deux ans après avoir sauvé l'orque Willy, Jesse est maintenant un jeune adolescent qui va devoir gérer l'arrivée de son demi-frère Elvis et gérer la disparition définitive de sa mère biologique.
Alice et Julius font partie de l'équipage d'un bateau de chasse à la baleine. Ils doivent non seulement lutter avec une baleine mais aussi avec un cuisinier au caractère difficile.
Jesse est maintenant devenu un adolescent, tandis que l'orque Willy a fondé sa propre bande et coule des jours heureux dans le Pacifique, le long de la côte nord-ouest américaine. Menacé par des chasseurs, Willy pourra une fois encore compter sur l'amitié de Jesse et l'aide de Max, le fils de l'un de ces chasseurs pour échapper aux dangers qui planent sur lui et sa bande.
1969, 80 km dans les eaux soviétiques. Le sous-marin USS Acushnet est en mission de reconnaissance quand il se fait attaquer par Moby Dick, une baleine de 150 mètres de long tout droit sortie de la préhistoire. Deux survivants sont connus: Boomer et son ami John Achab, qui fut le premier à détecter le monstre. L'attaque laissera des séquelles, Boomer ayant perdu l'usage de sa main droite, et Achab ayant perdu sa jambe. 40 ans plus tard, le Commandant Achab, aux commandes du dernier-né de la classe Virginia, l'USS Pequod, dont il a supervisé les modifications, décide de prendre sa revanche. Cessant toute communications avec l'Amiral De Deers, Chef d'état-major de la Troisième Flotte américaine — qui envoie Boomer, devenu Capitaine, pour l'arrêter — il poursuit Moby Dick à la trace de ses attaques et force une biologiste, le Docteur Michelle Herman, et son assistant, Pip, à l'aider à la retrouver afin de mettre un terme définitif à ses attaques…
Dans le sud du Sahara, près d'un village dévasté par la famine et la pénurie d'eau potable, une petite fille revient chez elle avec son seau d'eau. Mais par accident elle renverse le seau, dont la précieuse eau se répand sur le sol. Il lui semble alors voir apparaître en l'air l'œil d'une gigantesque créature, une baleine. En versant pour elle la dernière goutte d'eau, la créature prend forme et sillonne le ciel, redonnant vie au paysage qui verdit et se repeuple d'animaux. La petite fille, entraînée sur le dos de la baleine, monte jusqu'au ciel où elle voit bondir dans les nuages des troupeaux d'animaux africains, girafes, éléphants, rhinocéros, gazelles. La baleine redescend progressivement, puis disparaît, laissant de nouveau place au soleil aveuglant sur la steppe aride. Ce n'était qu'une apparition. La petite fille ramasse son seau vide et poursuit son trajet dans la steppe, où se dessine en creux l'image du corps d'une baleine.