Ce film est une évocation du personnage d'Achab issu du roman d'Herman Melville : Moby Dick. Dans ce film, Achab est amoureux de Louise. L'image du corps de cette femme, objet de son désir, le hante jusque dans ses rêves, y devenant représentation du fantasme de la baleine.
Paikea nait le jour de la mort de sa mère, qui emporte avec elle le jumeau de Pai, qui porte le prénom d'un ancêtre des Maoris, venu de la mer à dos de baleine. Selon la coutume maori, c'est le premier descendant mâle de la famille qui prend la tête du clan. Or, le seul descendant de la famille est Paikea, une fille, ce qui représente une immense déception pour son grand-père.
Shigeru est jeune garçon scolarisé à l'école maternelle Les tulipes. Un matin, il aperçoit les garçons de la classe supérieure construire un navire avec de gros blocs de construction. Il veut lui aussi participer. Le navire terminé est nommé L'éléphant et le lion. Bientôt, les enfants réalisent que leur environnement a laissé place à la mer, où même des poissons nagent.
Les garçons chargent alors des cannes à pêche et des cordes sur le bateau et partent à la chasse à la baleine…
Cinquante-huit ans après Fantasia, ce film est composé de huit séquences illustrant huit morceaux de musique classique, interprétés pour la plupart par l'Orchestre symphonique de Chicago sous la direction de James Levine. Chaque séquence est précédée d'une courte présentation par des artistes ayant travaillé pour les studios Disney.
Jesse est maintenant devenu un adolescent, tandis que l'orque Willy a fondé sa propre bande et coule des jours heureux dans le Pacifique, le long de la côte nord-ouest américaine. Menacé par des chasseurs, Willy pourra une fois encore compter sur l'amitié de Jesse et l'aide de Max, le fils de l'un de ces chasseurs pour échapper aux dangers qui planent sur lui et sa bande.
Deux ans après avoir sauvé l'orque Willy, Jesse est maintenant un jeune adolescent qui va devoir gérer l'arrivée de son demi-frère Elvis et gérer la disparition définitive de sa mère biologique.
Willy est une orque mâle, capturée puis vendue à un delphinarium, le Northwest Adventure Park, pour y être dressée et exploitée. Jesse, préadolescent abandonné par sa mère, rebelle à l'autorité et fugueur, est arrêté pour vandalisme au cours d'une fugue et placé dans une famille d'accueil qui désire l'adopter. Il doit nettoyer ses graffitis au delphinarium et y fait la rencontre de Willy. Jesse parvient rapidement à se faire accepter de Willy, qui devient son meilleur ami. Jesse devient même dresseur mais l'animal ne coopère pas au spectacle qu'on attend de lui. Dès lors le propriétaire du parc va tenter de s'en débarrasser.
En arrivant à Mingan, sur la Côte-Nord du Saint-Laurent, un couple de visiteurs aperçoit une jeune fille flottant sur la mer. Croyant venir à son secours, ils découvrent que Daphné, 24 ans, est en train d’enregistrer le chant des baleines pour un spectacle. Daphné connaît une relation exceptionnelle avec les baleines et les dauphins qu’elle comprend bien grâce à son ouïe très développée. Mais sa vie risque de basculer quand son grand-père prend la décision de vendre l’auberge du bord de mer.
Jacques Mayol et Enzo Molinari se connaissent depuis l'enfance, dans les années 1960. Ils ont grandi ensemble en Grèce et partagent depuis toujours leur passion pour la mer. Mais à la suite de l'accident au cours d'une plongée et du décès de son père, Jacques revient en France. Vingt ans ont passé, mais la rivalité entre les deux hommes existe toujours. Le championnat du monde d'apnée No Limit à Taormina en Sicile à la fin des années 1980 est l'occasion pour les deux hommes de se retrouver et d'explorer un monde que personne ne connaît mieux qu'eux.
En 2285, au cours de leur mission de sauvetage sur Genesis, l’Enterprise a été détruit. C'est donc aux commandes d'un oiseau de proie Klingon volé que Kirk, Spock, McCoy, Sulu, Uhura, Chekov, Scotty et Saavik sont revenus sur Vulcain.
L'action de Orca se déroule à Terre-Neuve. Le capitaine Nolan est un pêcheur qui vend ses plus grosses prises aux aquariums les plus offrants. Un jour, il croise la route de Rachel, une biologiste marine, sur le point de se faire attaquer par un grand requin blanc. Nolan fait monter Rachel à bord de son bateau, mais Ken, son assistant, tombe à l'eau. Sur le point de se faire dévorer par le requin, Ken est sauvé in-extremis par une orque qui attaque et tue le requin.
En 1907, une équipe d'aventuriers menée et financée par Sir Anthony Ross part à la découverte d'une île non répertoriée dans le grand nord polaire. Pour sir Antony Ross, le but de cette expédition est de retrouver son fils disparu lors d'une précédente expédition. Pour cela, ils vont utiliser l'Hyperion, un ballon dirigeable conçu par le capitaine Brieux.
Un savant et son équipe étudient le comportement des dauphins : le scientifique élève un jeune dauphin et réussit à lui enseigner des rudiments d'anglais. La communication entre cet animal doué de raison et l'homme s'engage. C'est à la fois une fascinante réflexion sur le dialogue entre l'homme et la nature, un hymne à ces animaux extraordinaires que sont les dauphins, mais aussi une réflexion sur l'influence de l'homme, la guerre, l'écologie.
Pour la suite du monde traite de la vie des habitants de l'Isle-aux-Coudres et de leur traditionnelle pêche au « marsouin » (le nom local pour désigner le béluga). Les cinéastes ont amené les personnages du film à reconstituer une véritable chasse au marsouin, abandonnée depuis 1924, en mobilisant toutes les générations. Les évènements qui se déroulent dans le film sont donc à la fois joués (bien que chaque séquence n'est tournée qu'une seule fois) et vécus.