Pour la suite du monde traite de la vie des habitants de l'Isle-aux-Coudres et de leur traditionnelle pêche au « marsouin » (le nom local pour désigner le béluga). Les cinéastes ont amené les personnages du film à reconstituer une véritable chasse au marsouin, abandonnée depuis 1924, en mobilisant toutes les générations. Les évènements qui se déroulent dans le film sont donc à la fois joués (bien que chaque séquence n'est tournée qu'une seule fois) et vécus.
Willy est une orque mâle, capturée puis vendue à un delphinarium, le Northwest Adventure Park, pour y être dressée et exploitée. Jesse, préadolescent abandonné par sa mère, rebelle à l'autorité et fugueur, est arrêté pour vandalisme au cours d'une fugue et placé dans une famille d'accueil qui désire l'adopter. Il doit nettoyer ses graffitis au delphinarium et y fait la rencontre de Willy. Jesse parvient rapidement à se faire accepter de Willy, qui devient son meilleur ami. Jesse devient même dresseur mais l'animal ne coopère pas au spectacle qu'on attend de lui. Dès lors le propriétaire du parc va tenter de s'en débarrasser.
Deux ans après avoir sauvé l'orque Willy, Jesse est maintenant un jeune adolescent qui va devoir gérer l'arrivée de son demi-frère Elvis et gérer la disparition définitive de sa mère biologique.
Jesse est maintenant devenu un adolescent, tandis que l'orque Willy a fondé sa propre bande et coule des jours heureux dans le Pacifique, le long de la côte nord-ouest américaine. Menacé par des chasseurs, Willy pourra une fois encore compter sur l'amitié de Jesse et l'aide de Max, le fils de l'un de ces chasseurs pour échapper aux dangers qui planent sur lui et sa bande.
Kirra Cooper se voit contre son gré obligée de quitter l'Australie pour rejoindre son grand-père en Afrique du Sud. Là-bas, elle découvre un bébé orque, échoué dans un lagon proche du parc d’attraction de son grand-père. Elle le nomme “Willy” et décide d’aider l'orque à retrouver son groupe. Cependant, un rival de son grand-père veut capturer l'animal pour en faire un spectacle très lucratif dans son parc concurrent.
En 2285, au cours de leur mission de sauvetage sur Genesis, l’Enterprise a été détruit. C'est donc aux commandes d'un oiseau de proie Klingon volé que Kirk, Spock, McCoy, Sulu, Uhura, Chekov, Scotty et Saavik sont revenus sur Vulcain.
Le film suit les pérégrinations de Ric O'Barry, ancien dresseur de dauphins devenu activiste, qui enquête sur la chasse au dauphin à Taiji (Wakayama) au Japon.
Au début de la dynastie Joseon, une baleine avale un navire et tout son trésor dont le Sceau officiel de l'Empereur apporté à Joseon par des envoyés de la Chine. Attirés par la forte récompense offerte à quiconque ramènera le sceau royal, les bandits montagnards dirigés par Jang Sa-Jung prennent la mer à la poursuite de la baleine. Mais ils affrontent rapidement l'équipage de pirates de la capitaine Yeo-Wol, et des aventures inattendues s'ensuivent.