En 1944, alors que la guerre du Pacifique fait rage, deux pilotes s'écrasent sur une île inconnue. L'un est Américain, l'autre est Japonais. Alors qu'ils s'affrontent sur place, ils sont brusquement interrompus par une gigantesque créature.
Dory, un poisson chirurgien bleu, est séparée de ses parents alors qu'elle n'est encore qu'une enfant. En grandissant, Dory les cherche en vain, puis les oublie à cause de ses troubles de la mémoire immédiate. Dans un flashback du Monde de Nemo, elle rencontre accidentellement Marin, un poisson-clown qui cherche son fils Nemo.
Au large de l'Alaska, l'océanographe Emma MacNeil étudie la migration des baleines à bord d'un sous-marin expérimental, sans la permission de son employeur. Au même moment, un hélicoptère militaire lance un sonar expérimental dans l'eau, ce qui désoriente les baleines qui vont se cogner dans un glacier, qui se rompt, libérant deux monstres préhistoriques pris dans la glace (un requin et une pieuvre géante).
The film takes place in Tokyo in 2003, where two reporters, Hana Izumi and Hyuga Kanata, have arrived to document unusual seismic disturbances that have been picked up around Tokyo. The disturbances are originally thought to be aftershocks left over from a supposed massive earthquake on the Kanto Fault that occurred two years previously, causing hundreds of thousands of casualties and several hundred billion dollars in damage(possibly referencing the real-life Fukuoka earthquake or the Miyagi earthquake), although careful analysis of the evidence suggests otherwise.
Sur la paisible petite île de Fells au large de la Nouvelle-Écosse (Canada), les pécheurs vendent aux touristes le t-shirt officiel de leur île, le logo d’un kraken accompagné de son slogan : « I Survive Fells Island » (litt. « j'ai survécu à l'île de Fells »). Le dessin représente un bateau tenu par un calamar pieuvre géant prêt à l'avaler. Les pécheurs ne croient pas à cette histoire, mais ils racontent aux touristes leurs histoires de leur rencontre avec "le monstre du lac" de quarante mètres de longueur venu de la mer.
Un professeur d'histoire homosexuel revient dans sa famille dans l'Oregon pour accomplir les dernières volontés de sa mère. Il en profite pour se réconcilier avec son ami d'enfance..
En Octobre 1962, un sous-marin nucléaire russe, chargé de livrer une mystérieuse cargaison à Cuba, est repéré et coulé par une torpille américaine. Presque 40 ans plus tard en Bulgarie, Roy Turner, un jeune agent de la CIA, est chargé d'escorter un dangereux terroriste vers les États-Unis. Un sous-marin est alors utilisé mais celui-ci se fait attaquer par une pieuvre géante.
Finnegan, aventurier et mercenaire au long cours, sillonne la mer de Chine aux commandes du "Saipan", une vieille vedette qu'il loue fréquemment à des contrebandiers et petits trafiquants, sans trop s'interroger sur les intentions de ses clients. C'est ainsi qu'une nuit, Finnegan, son second et le mécanicien ne tardent pas à découvrir la raison de la présence de leurs nouveaux passagers, un commando armé jusqu'aux dents. Leur but: investir, dévaliser et torpiller l'"Argonautica", un luxueux paquebot croisant dans les environs. Mais quand ils abordent le navire, ils le trouvent étrangement désert... Quelque chose semble rôder... Et l'équipage va bientôt se retrouver confronté à un invité... Aux tentacules qui aspire le liquide du corps avant de recracher le squelette.
Un corps affreusement mutilé a été retrouvé. Le médecin légiste reste très perplexe face au corps trouvé. En fait bientôt ils vont découvrir qu'ils sont face à un vrai fossile vivant, victime de manipulation génétique. Le monstre est doté de l'intelligence du dauphin, l'agressivité du requin blanc, la force d'une pieuvre géante et obéit aux ordres d'un savant fou...
Dans une petite ville de la côte ouest des États-Unis, un bébé et un marin disparaissent. Quelques heures plus tard, leurs cadavres sont retrouvés atrocement mutilés sur la plage. Un shérif, aidé d'une journaliste et d'un océanographe, va essayer de trouver la cause de ce massacre. Ils vont découvrir l'existence d'une créature géante sortie du fond de l'océan.
Une station spatiale est infiltrée par des aliens et s'écrase ensuite sur une île du Pacifique. Un groupe de promoteurs immobilier décide de construire un hôtel sur l'île et découvre qu'elle est peuplée par des monstres géants créés par les aliens dans une tentative de conquête de la Terre.
Un navire est attaqué par une pieuvre géante, puis sauvé par un monstre vert et gigantesque, qui pourtant, ne tardera pas à dévorer les survivants, avant de fondre sur Tokyo. Le Docteur Stewart, un américain, reconnaît là une espèce de monstre dont il sait qu'un autre spécimen est aussi en vie.
Durant la Seconde Guerre mondiale, le cœur de la créature de Frankenstein débarque au Japon. Il est amené dans un laboratoire d'Hiroshima où des scientifiques procèdent à sa transplantation dans un cadavre. Mais, alors que l'opération vient de s'achever, la bombe atomique s'abat sur la ville. Des années plus tard, le monstre est recueilli par un scientifique américain et son assistante japonaise. Sous l'effet des radiations, il commence à grandir jusqu'à atteindre la taille d'une maison. Aucune cage ne pouvant plus désormais le retenir, le monstre s'évade et se réfugie dans la forêt. En même temps, Baragon, un dinosaure mutant, sort de sa cachette souterraine et se livre à des raids destructeurs.
Godzilla est libéré accidentellement d'un iceberg par un sous-marin nucléaire et se dirige vers Tokyo. Une expédition découvre l'île de Faro où vit une tribu indigène vénérant le dieu Kong. Après de nombreuses péripéties, l'expédition ramène King Kong au Japon mais il réussit à s'échapper. Il se met à détruire Tokyo. Les militaires construisent un barrage de pylônes électriques à haute tension mais il résiste, car il absorbe l'électricité. Il est donc invulnérable. De son côté, Godzilla reste indestructible mais montre une vulnérabilité à l'électricité. Les autorités dépassées décident d'opposer les deux monstres. Ils capturent King Kong et l'amènent au mont Fuji où se trouve Godzilla. Les deux monstres s'affrontent. King Kong subit les attaques de Godzilla jusqu'à ce que, lors d'un orage, la foudre lui redonne la force de combattre. Il électrocute Godzilla qui tombe et disparaît sous les flots tandis que King Kong retourne vers son île, Faro. Finalement, Godzilla se relèvera des flots et se dirigera vers Tokyo.