Enfant, Mowgli est élevé par une meute de loups au cœur de la jungle indienne. Tandis qu'il apprend les lois souvent âpres de la jungle, sous la responsabilité de l'ours Baloo et de la panthère Bagheera, Mowgli est accepté par les animaux de la jungle comme l'un des leurs – sauf par le terrible tigre Shere Khan. Mais des dangers bien plus redoutables guettent notre héros, au moment où il doit affronter ses origines humaines.
Au XIX siècle (vers 1890), le comte de Greystoke (Alexander Skarsgård) vit depuis une dizaine d'années à Londres, avec son épouse Jane Porter (Margot Robbie). Le Parlement britannique a besoin d'un émissaire dans les jungles de l'Afrique équatoriale et l'aristocrate est sollicité en raison de son passé et de celui qu'il a été : Tarzan. Il devra combattre le capitaine Rom (Christoph Waltz), un redoutable militaire belge. Parmi ses alliés, le seigneur de la jungle pourra compter sur sa femme et George Washington Williams (Samuel L. Jackson), un pasteur afro-américain qui s'oppose fermement à la colonisation du Congo.
Le très jeune orphelin Mowgli a été découvert dans la jungle par la panthère noire Bagheera. Confié au clan des loups dirigé par Akela, le petit homme a été élevé par la louve Raksha. Quelques années plus tard, une période de sécheresse exceptionnelle oblige les animaux à se retrouver près de l'unique point d'eau, où la trêve de l'eau les empêche d'y attaquer qui que ce soit, jusqu'au retour de la pluie. Là, arrive le redoutable tigre Shere Khan, porteur de cicatrices des hommes, revenu après une longue période de chasse sur un territoire lointain. Considérant Mowgli comme une menace, Shere Khan promet de l'éliminer dès la fin de la trêve. Celle-ci terminée, Mowgli choisit d'abandonner son seul foyer pour éviter le pire à sa famille adoptive et se lance dans un voyage vers le village des hommes, guidé par Bagheera.
Ce film commence au temps des dinosaures avec la tombée d'une météorite sur l'actuel continent africain, qui provoqua l'extinction des dinosaures. Des centaines de milliers d'années plus tard, John Greystoke le PDG de la société Greystoke Energy, sa femme, leur fils et l'explorateur Jim Porter recherchent en plein cœur de la jungle africaine la fameuse météorite censée contenir une immense énergie inépuisable.
Au cœur d'une grande forêt, le fils Courge grandit en petit sauvage aux côtés de son père, un colosse bourru et tyrannique qui le maintient dans l'ignorance du monde des hommes. Les seuls amis du fils Courge sont des fantômes muets (dont celui de sa mère) ayant pris forme animale, qui communiquent avec lui par signes. Un jour, alors qu'il cherche à soigner son père blessé et inconscient, le jeune garçon s'aventure hors de la forêt, sur les conseils d'un des fantômes, et découvre un village. Il y fait la rencontre de Manon, la fille du docteur qui a accepté de soigner son père. Avec elle, il découvre l'existence d'un sentiment inconnu pour lui : l'amour. Il se lance alors à la recherche de celui de son père. Une fois Courge rétabli, il retourne vivre dans la forêt avec son fils. Ce dernier finit par apprendre ce qui est arrivé : Autrefois, le père Ronce s'opposait à l'amour de sa fille pour Courge. En pourchassant les amants, il est mort dans l'incendie qu'il avait lui-même provoqué. Courge et son amante ont fui dans la forêt où cette dernière est morte en accouchant de son fils. Fou de chagrin, Courge n'a jamais pu aimer l'enfant.
Misha, une petite fille juive de 8 ans, parcourt l'Europe nazie à la recherche de ses parents. Son père et sa mère viennent d'être déportés. Elle ne sait qu'une seule chose : ils sont à l'est. À l'aide d'une simple petite boussole, elle quitte sa Belgique natale et rejoint l'Ukraine à pied, traversant l'Allemagne et la Pologne, dans l'espoir de les retrouver. Pour survivre, elle vole de la nourriture et des vêtements, évite les hommes et leur violence, et intègre une meute de loups.
Spécimen unique dans la jungle, Tarzan sent bien qu'il n'arrive pas à agir comme les autres singes. Chaque semaine qui passe lui montre combien son comportement ne ressemble en rien à celui de ceux avec qui il partage sa vie. La peur panique de mettre un jour sa famille en danger lui devient de plus en plus insupportable, même si Kala, sa mère adoptive, tente de le rassurer en lui prouvant que cette différence fera bientôt sa force.
Mowgli vit dans le village des hommes depuis quelque temps et même s'il aime beaucoup sa nouvelle famille, son ami Baloo lui manque. Quand le jeune garçon veut jouer avec les autres enfants aux jeux qu'il a appris dans la jungle, le danger qu'il leur fait courir alerte son nouveau père adoptif. Celui-ci se fâche et lui défend de quitter le village. Malheureux, Mowgli se glisse discrètement au-dehors avec l'aide de ce bon vieux Baloo. Mais le garçon ignore que sa nouvelle amie, une petite fille nommée Shanti, s'inquiète pour lui. Surmontant sa peur, celle-ci se lance à sa poursuite dans la jungle avec l'aide du petit frère adoptif de Mowgli nommé Ranjan.
Afin de souligner leur premier anniversaire de mariage, Jane compte organiser une belle fête surprise pour Tarzan. Toutefois, Tantor et Tok essaient de la dissuader en lui remémorant trois aventures qui leur sont arrivées lors de cette première année dans la jungle.
Le film se déroule dans l'Arctique au début du XXI siècle. Un couple d'ours se prépare à la venue au monde de leur ourson en bavardant avec un corbeau maladroit. Par malheur, ils sont pris en chasse par une meute de loups, auxquels ils échappent après une poursuite mouvementée ; mais quelque temps après, l'ourse donne naissance à un ourson mort-né. Au même moment, l'épouse d'un chasseur inuit accouche d'un fils en pleine santé qu'ils nomment « Petit Ours ». Pendant ce temps, l'ourse est inconsolable après la mort de son petit. L'ours tente de la consoler par tous les moyens, puis, désespéré, erre sur la glace et arrive aux abords de la maison du chasseur au moment où celui-ci est absent. Il s'approche de la maison, aperçoit le nouveau-né et profite d'un moment où la mère a le dos tourné pour entrer dans la maison et s'emparer du petit. Malgré les efforts de la femme, il parvient à s'enfuir. Dès son retour, le chasseur se lance à la poursuite de l'ourse mais ne parvient pas à le rattraper.
Ses parents dévorés par un léopard (Sabor) après avoir bâti un campement dans la jungle alors qu'il n'était encore qu'un nourrisson, Tarzan est recueilli par Kala, une femelle gorille qui a perdu son bébé, lui aussi dévoré par le léopard. Tarzan grandit alors dans la jungle en compagnie de Tok, la gorille et de Tantor, l'éléphant mais souffre de la différence qui l'écarte du reste du troupeau. Un beau jour, après une bataille contre Sabor s'ensuivant par la mort du fauve, il découvre dans la jungle un groupe d’explorateurs dans lequel se trouvent Jane Porter et son père à la recherche de gorilles. Tarzan refuse de les emmener voir sa famille car un certain Clayton, le protecteur de Jane et son père, est armé. Mais lorsque Tarzan apprend que Jane quitte la jungle pour retourner en Angleterre, il accepte de les conduire jusqu'à sa famille. Malheureusement, Tarzan est considéré comme un traître par le chef du troupeau, Kerchak, qui malgré son lien matrimonial avec Kala n'a jamais aimé Tarzan et ne l'a jamais considéré comme son fils. Tarzan gagnera peu à peu sa confiance en repoussant Clayton venu pour capturer et vendre les gorilles du troupeau. Il conquerra aussi le cœur de Jane jusqu’à ce qu'elle décide de rester auprès de lui dans la jungle.
À la veille de son mariage avec Jane, Tarzan, doit retourner en Afrique pour lutter contre des mercenaires qui cherchent à violer le secret d'une civilisation perdue.
Mowgli, un petit garçon de 5 ans, est retrouvé et élevé par une famille de loups, après s'être perdu dans la jungle lors d'une attaque de tigre (qui a tué son père) au village des hommes. Durant son enfance, il découvre la vie avec ses amis l'ours Baloo et la panthère Bagheera. Quinze ans plus tard, Mowgli a 20 ans et vit encore dans la jungle. Le roi Louie l'orang-outan vole le bracelet de Mowgli ; il ne lui rendra que s'il réussit à vaincre Kaa le python molurus. Mowgli réussit à le vaincre et à le blesser avec une dague qu'il a trouvée dans le trésor des singes.
Alors que le Docteur Lowell (Liam Neeson) est venu constater le décès d'une femme âgée, qui vivait recluse dans une forêt de Caroline du Nord, il découvre qu'elle avait une fille nommée Nell (Jodie Foster). Cette dernière, qui manque de socialisation, a été élevée dans la crainte des hommes, et parle une langue incompréhensible pour les autres. Cependant, âgée d'une vingtaine d'années, elle ne connaît rien du monde extérieur, mis à part les bois qui entourent sa cabane. Lowell, ne sachant pas trop quoi faire d'elle, sollicite l'aide d'une psychologue, Paula Olsen (Natasha Richardson). Celle-ci parle d'un internement, mais Lowell fera tout pour l'empêcher.