Paris, été 1960. Michel doit bientôt partir en Algérie pour le service militaire. En attendant, il est machiniste à la télévision et fait la connaissance de Liliane et Juliette, deux amies inséparables comme des amandes « philippines ». Michel songe à ses derniers jours de liberté, quitte son travail et part en vacances sur les routes de Corse où les deux filles décident de le rejoindre.
En avril 1961, dans le massif de l'Aurès, un commando, formé d'appelés bretons, affronte un groupe de l'Armée de libération nationale : il fait un prisonnier algérien. Le soldat français blessé au cours de l'accrochage, instituteur dans le civil, se rappelle les événements qu'il a vécus avec ses camarades au cours des derniers mois : leur opposition à la guerre en Algérie les a conduits dans un camp réservé aux insoumis ; il se remémore la façon dont leur chef a su les transformer, de jeunes Bretons antimilitaristes qu’ils étaient, en redoutables chasseurs de fellaghas, prêts à tuer et y prenant goût. Tous sauf lui, cèdent progressivement à l'escalade de la violence.
Inspiré de faits réels. L'histoire parcourt l'Algérie des années 1930 aux années 1960, racontant le destin de Younes, jeune Algérien élevé comme un pied-noir par son oncle. Il traverse les tragédies vécues par son pays, dont l'attaque de Mers el-Kébir et la guerre d'Algérie, sur un fond d'histoire d'amour impossible.
Le film se déroule en juillet 1961, durant la Guerre d'Algérie (Jacques Davila est natif d'Oran). Pierre, un jeune homme qui fait ses études à Paris, vient passer ses vacances en Algérie, chez sa mère Hélène (Micheline Presle). Celle-ci vit à la campagne avec son ami Jean. À l'occasion d'une fête, Pierre revoit sa petite amie (en passe de le quitter) et une partie des personnes de son passé. À rien de tout cela il ne semble vraiment attaché.
À quelques jours de la fin de la guerre d'Indochine, un commando de treize parachutistes, avec à sa tête le lieutenant Brissac, est largué sur le village vietnamien de Quinh Quang où une infirmière — Catherine Fournier — est retenue prisonnière. Ils la délivrent et font retraite vers leur base — à vingt jours de marche de là — après avoir détruit le village et tué ses habitants. La nuit suivante, un des paras est abattu.
En 1959, deux frères sont séparés par la guerre d'Algérie. Le frère aîné doit partir se battre, et raconte l'horreur au quotidien à son petit frère de 10 ans.
France retourne au Cameroun où elle a grandi lorsqu'elle était enfant et se remémore cette période vingt ans après. Son père, commandant d'un poste de gouverneur à Mindif, dans le nord du pays, tente tant bien que mal d'organiser la présence coloniale française. Sa jeune femme vit plus difficilement l'Afrique, notamment ses tâches de maîtresse de maison, bien qu'elle soit aidée par Protée, un « boy » instruit et intelligent qui souffre en silence de la situation de son peuple. France, leur fille de cinq ans, très proche de Protée, observe avec sensibilité le pays et les hommes qui changent : tensions et désirs dans une Afrique qui vit ses derniers moments de colonialisme.
1938. En Afrique-Occidentale française. Lucien Cordier (Philippe Noiret) est l'unique policier d'une petite ville coloniale. Méprisé de tous pour sa lâcheté et sa veulerie, il est l'objet de moqueries et de railleries. Lorsque son officier supérieur (Guy Marchand) lui fait prendre conscience de sa médiocrité, il va peu à peu se transformer en impitoyable assassin et se débarrasser de tous ses tourmenteurs, femme et maîtresse comprises, par un jeu diabolique qui consiste à faire accuser d'autres que lui avant de les éliminer, jusqu'à ce qu'il reste seul et mentalement anéanti.
À Alger, durant la guerre d'Algérie un des responsables du FLN est arrêté par l'armée qui emploie les méthodes les plus violentes pour faire parler les prisonniers. Le recours à la torture pose un cas de conscience à un officier français. Jouant sur le champ-contre-champ, entre le torturé et son tortionnaire, dans un huis clos étouffant.
En mars 1954 à Hanoï, le journaliste américain Howard Simpson réalise un reportage sur la guerre d'Indochine. Il se lie d'amitié avec plusieurs militaires français et apprend, à leur côté, le début de l'attaque contre le camp retranché de Diên Biên Phu. Il voit là l'occasion d'obtenir les premiers scoops pour son journal. Il entre en contact avec un journaliste français de l'AFP afin de faire confirmer ses informations.
Algérie, 1960. Une section de parachutistes français est envoyée à la recherche d'un avion disparu dans le désert. L'épave de l'avion est rapidement localisée, mais il n'y a aucun survivant, juste une mallette estampillée « secret défense. » Assaillie par des soldats ennemis de l'ALN, la troupe trouve alors refuge dans une étrange citadelle qui semble abandonnée. Malgré les mises en garde de la gardienne des lieux, ils réveillent les Djinns, les esprits maléfiques du désert qui font s'entretuer les hommes de la patrouille.