En 1943, un résistant, Fontaine, est arrêté par les Allemands et emprisonné à la prison Montluc à Lyon. Il met tout en œuvre pour s'évader, imagine un plan, et parvient à force de courage et de travail à s'en procurer les instruments. Mais juste avant sa fuite, on affecte à sa cellule un autre prisonnier (un jeune garçon). Fontaine hésite à le supprimer, et l'emmène finalement avec lui. Leur évasion (nocturne) est longue et incertaine, mais les deux prisonniers parviennent finalement à retrouver la liberté.
En partant de l'étude du cas de Clermont-Ferrand, le film dresse la chronique de la vie d'une ville française entre 1940 et 1944. Le film élargit son propos factuel à toute l'Auvergne mais comporte aussi des témoignages de personnalités ayant joué un rôle important pendant la guerre (militaires, hommes d'état, témoins-clés) ou ayant participé activement à celle-ci, pas forcément à Clermont-Ferrand ni même en Auvergne.
20 octobre 1942, en France occupée. Philippe Gerbier, ingénieur distingué des Ponts et Chaussées soupçonné de « pensées gaullistes », est arrêté par la police de Vichy et placé dans un camp de prisonniers reconverti en prison. Il tranche avec les autres prisonniers par une force de caractère peu commune, et par les appuis qui l'ont placé dans ce camp. Quelques jours plus tard, les autorités françaises remettent Gerbier à la Gestapo, la police secrète nazie, qui le transfère à Paris pour un interrogatoire dans l'hôtel Majestic. Gerbier réussit à s'échapper avec l'aide d'un résistant anonyme et d'un coiffeur apparemment pétainiste, puis retourne à Marseille où est basé le réseau qu'il dirige effectivement.
Une jeune juive, Sarah, est cachée par un ami, Jean Lavandier, et son compagnon Philippe, après que sa famille a été tuée par les SS. Elle est employée dans la blanchisserie tenue par la famille Lavandier. Jacques, le frère de Jean, sort de prison. Par jalousie, il fait arrêter son frère, sans imaginer les conséquences : Jean, homosexuel, est accusé à tort d’être l’amant d’un officier allemand, et déporté dans un camp de concentration…
Au cours de l'exode de 1940 en France, un convoi de civils est mitraillé. Paulette, cinq ans, perd ses parents et se met à errer dans la campagne, serrant dans ses bras le cadavre de son chien. Dans les bois, elle rencontre Michel, un garçon de dix ans, qui l'emmène vivre dans la ferme de ses parents. Réticent au début, le père de Michel accepte l'arrivée de Paulette, plus par peur que les Gouard, ses voisins et ennemis jurés, le fassent et en tirent une quelconque gloire, que par charité.
Durant l'hiver 1943-1944, dans la France occupée. Julien qui a 12 ans, fils d'une famille bourgeoise, est pensionnaire au petit collège Saint Jean de la Croix, tenu par les pères carmes. Il retrouve le chemin de l'école sans joie après les vacances de Noël, pour le deuxième trimestre. Une rentrée presque comme les autres jusqu'à ce que le père Jean vienne présenter trois nouveaux élèves. L'un d'entre eux, le jeune Jean Bonnet, est le voisin de dortoir de Julien.
En 1942, pendant l'Occupation, un bombardier britannique embarquant cinq hommes d'équipage est abattu au-dessus de Paris par la Flak, lors d'un retour de raid aérien. Ses occupants sautent en parachute. Deux sont faits prisonniers, les trois autres parviennent à échapper aux Allemands. Le premier, sir Reginald Brook (alias « Big Moustache »), atterrit dans le zoo de Vincennes, le second, Peter Cunningham, sur la nacelle d'un peintre en bâtiment, Augustin Bouvet, et le dernier, Alan MacIntosh, sur le toit de l'opéra Garnier avant de se réfugier dans la loge d'un chef d'orchestre acariâtre, Stanislas Lefort.
Au mois de juin 1940, alors que les troupes allemandes envahissaient le territoire français, eut lieu "la plus grande action de sauvetage menée par une seule personne pendant l'Holocauste" : plus de trente mille personnes, dont dix mille juifs, purent en effet échapper à la barbarie nazie. Un homme seul, bravant sa hiérarchie et les ordres du dictateur Salazar, choisit en son âme et conscience de permettre à des dizaines de milliers de réfugiés de rejoindre son pays, le Portugal, en organisant une distribution de visas ininterrompue pendant plusieurs jours. Cet homme, c'est Aristides de Sousa Mendes, consul de Bordeaux.
En août 1944, le colonel von Waldheim fait évacuer les tableaux de maîtres de la Galerie nationale du Jeu de Paume pour les envoyer en Allemagne. Paul Labiche, un cheminot résistant, est chargé de conduire le train transportant ces objets d'art. Avec l'aide de ses compagnons résistants, il va faire en sorte que le train et les tableaux n'arrivent jamais à destination.
En France, durant la Seconde Guerre mondiale, Sabine Zlatin, une juive d'origine polonaise naturalisée française vit à Montpellier avec son mari Miron Zlatin. Elle est infirmière militaire, il est agronome. Mais dans la France sous occupation allemande, les juifs doivent se cacher pour ne pas être déportés dans les camps. Lorsque Sabine rencontre Léa Feldblum, une jeune femme juive dissimulant son identité, celle-ci lui fait rejoindre l'organisation de l'Œuvre de secours aux enfants (OSE). Sa mission sera dès lors de sauver les enfants enfermés dans les camp de transit, mais elle a de plus en plus de difficultés à trouver un foyer pour les enfants. Elle fonde alors à Izieu la colonie d’enfants réfugiés de l’Hérault, où pensionnent les orphelins jusqu'à une rafle organisée le 6 avril 1944 à l'initiative de Klaus Barbie.
Un homme d'une soixantaine d'années demeure avec sa nièce dans une maison du Dauphiné, dans la France occupée pendant la Seconde Guerre mondiale. La Kommandantur envoie un officier allemand loger chez eux, en zone libre. Le père de cet officier, qui avait survécu, avait lui connu la défaite de l'Allemagne face à la France, durant la Première Guerre mondiale.
L'histoire se passe en France durant l'Occupation allemande. Elle raconte la vie de Claude Langman dans la famille d'accueil où ses parents l'ont envoyé pour éviter les rafles nazies. La famille d'accueil est un couple de grands-parents : Pépé (Michel Simon) et Mémé (Luce Fabiole). Pépé est un ancien poilu de la Première Guerre. Anticlérical et antisémite, Pépé ne cesse d'accuser les Juifs, les rouges et les maçons d'être la cause de tous les maux de la France. Mais l'arrivée de Claude, auquel ses parents ont formellement interdit de révéler ses origines juives, va quelque peu bouleverser les certitudes de Pépé et révéler l'homme bon qui sommeille en lui.
En juin 1944, sous l'Occupation allemande, Lucien Lacombe retourne chez ses parents. Son père est prisonnier de guerre en Allemagne et sa mère vit avec le maire du village. L'adolescent demande à son instituteur, devenu résistant, de le faire entrer dans le maquis, mais ce dernier refuse, le trouvant trop jeune. Lorsque le jeune garçon est arrêté par hasard par la police, il dénonce son instituteur et rejoint alors la Gestapo française — corps auxiliaire français de la Gestapo — devenant un agent de la police allemande alors que l'Occupation touche à sa fin. Il tombe amoureux d'une jeune femme juive, France Horn. Lucien finit par s'enfuir à la campagne avec la jeune femme et sa grand-mère.