The film involves an undercover investigation by LCA's special investigations unit of Martin Creek Kennel in Williford, Arkansas, an alleged "Class B" dealer. A member of the unit obtains a job at the kennel and documents deplorable conditions: dead dogs, dying dogs, starving dogs, dogs covered with wounds, dogs with missing ears. Partially as a result of the documentation, the kennel was permanently shut down by federal authorities.
Des pirates du ciel, la « bande de Dora », attaquent une forteresse volante ; ils recherchent une « pierre volante » appartenant à une jeune fille, Sheeta, retenue prisonnière. Cette dernière arrive à s'enfuir pour atterrir chez Pazu, un garçon de son âge. Tous deux découvrent qu'ils ont un point commun : Laputa, une île légendaire flottant dans le ciel. Le père de Pazu l'avait vue de ses propres yeux mais personne ne l'avait cru, le laissant mourir de chagrin ; mais Sheeta a cette « pierre volante » qui conduit jusqu'à l'île. Poursuivis par les pirates et le clan de Muska, l'homme voulant se servir de la jeune fille pour parvenir à régner sur ces terres, les deux enfants devront s'entraider pour y arriver avant eux.
Mille ans se sont écoulés depuis la chute de la civilisation industrielle lors des « sept jours de feu », guerre planétaire d'une incommensurable violence. L'humanité survit tant bien que mal au sein de quelques enclaves menacées par la fukai (腐海), gigantesque forêt qui ne cesse de gagner du terrain et dont les spores sont mortelles pour la majorité des êtres vivants. Cette jungle épaisse est protégée par des insectes géants qui se sont adaptés à cet environnement. Les « ômus » (王蟲, Ōmu, litt. « insecte-roi ») en sont les principaux représentants, par leur taille et leur sensibilité.
Ce documentaire montre l'évolution des Sociétés anonymes (appelées Corporations en anglais) aux États-Unis, reprenant leur histoire depuis leur apparition avec la Révolution industrielle, où elles étaient conçues pour répondre au « bien public » mais furent détournées de cet objectif par la recherche du profit.
En 2035, la surface de la Terre est devenue invivable pour l'humanité. Un virus mortel d'origine inconnue a tué 5 milliards d'humains en 1996 et a contraint les survivants — 1 % de la population mondiale — à vivre sous terre pour éviter leur contamination. Pour tenter de trouver un remède au virus, des scientifiques utilisent des prisonniers et les envoient dans le passé recueillir des informations sur la forme non mutée du virus. L'un d'eux, James Cole (Bruce Willis), considéré comme asocial, est choisi pour une expérience ayant pour but de l'amener en 1996. Il doit y recueillir des informations au sujet de ce virus, que les scientifiques pensent avoir été libéré par une organisation terroriste de défense des animaux, connue sous le nom d'« Armée des douze singes ». Cole, qui est régulièrement hanté par le rêve d'une poursuite et du meurtre par balle d'un homme dans un aéroport sous les yeux d'un petit garçon, sera gracié s'il réussit cette mission.
Using satire and sarcasm, the film evaluates and refutes 18 arguments often cited by believers in human superiority over other species. The most fundamental of these arguments is human consciousness. The film refutes Cartesian dualism, the source of the separation of mind and body advocated by René Descartes. Descartes believed that non-human species were not conscious, therefore they could not feel pain. This view is challenged by Dr. Rollin.
Un historique de cette stratégie commerciale et industrielle visant à limiter la durée de vie de certains produits ou appareils est relaté à travers plusieurs exemples particulièrement significatifs.
Le film documentaire montre le déroulement d'une enquête qui met en cause la multinationale Monsanto. Ainsi, on voit régulièrement Marie-Monique Robin chercher des pistes sur Internet, essentiellement à l'aide de Google et de Wikipédia, puis enquêter plus profondément, notamment à l'aide d'interviews, sur le terrain ou par téléphone.