Les habitants de la cité engloutie de Mu, disparue voilà 12000 ans, ont décidé d'investir la surface de la Terre. Ils font enlever la fille du Professeur Shinguji qui avait construit à la fin de la deuxième guerre mondiale, un sous-marin capable d'atteindre les fantastiques profondeurs de leur monde. Un terrible combat pour sauver la race humaine commence à la surface du globe quand les habitants de Mu lancent une fulgurante attaque et sous les eaux, où un gigantesque serpent de mer protège l'entrée de leur royaume...
Pas facile tous les jours d’être un super héros. Surtout au Japon. Pour tenter de regagner un peu de popularité, Dai Sato, héros japonais dont le pouvoir est de grandir a volonté décide d’organiser un reality show le mettant lui-même en scène afin de sensibiliser l’opinion sur la difficulté de sa tâche.
New York, 22 mai 2009. Une quarantaine de jeunes gens en fin d'études organisent une fête pour le départ d'un des leurs pour le Japon, Robert « Rob » Hawkins. L'action est au départ centrée sur Jason Hawkins (le frère de Rob), Lily Ford, Hudson Platt (celui qui filme avec un caméscope la soirée), Marlena Diamond et Beth McIntyre, l'ex-petite amie de Rob. Au cours de la soirée, tandis que la fête bat son plein, l'immeuble dans lequel ils se trouvent est fortement ébranlé par une brusque secousse. Intrigués, quelques convives descendent dans la rue pour s'enquérir de ce qui se passe. Un coup sourd se fait alors entendre… et la tête de la statue de la Liberté vient se fracasser violemment au milieu de la rue. En quelques minutes, Manhattan devient le théâtre d'une attaque aussi effroyable que destructrice. Une gigantesque créature digne d'un kaiju envahit la ville, qui sombre dans le chaos.
Gloria décide de quitter New York après que son petit ami l'ai chassée de chez lui. En effet, Gloria a un profond problème d'alcool et laisse sa vie dériver paresseusement. En regardant des reportages télé sur un reptile géant qui terrorise et détruit Séoul, elle découvre que c'est elle qui incarne ce monstre en déambulant dans un parc de son enfance à une heure bien précise. Pour empêcher d'autres catastrophes elle devra mettre de l'ordre dans sa vie et comprendre pourquoi elle en est arrivée là.
Prêt à tout pour retrouver son frère, Yata, disparu en mer, Ryota vole un yacht et embarque avec Ichino, un ami, peu intelligent. Le yacht appartient a Yoshimura, un cambrioleur. Il part également avec eux. Une fois arrivé près de l’île de Letchi dans les mers du sud, le bateau est attaqué par un crustacé géant, Ebirah. Ils se retrouvent donc coincés sur cette île. L’île est gouvernée par l’organisation du Bamboo rouge. Cette organisation exploite les indigènes. Ryota et ses amis rencontre une habitante de Infant Island et se reposent dans une grotte. Celle-ci leur apprend que Mothra peut venir les aider. Mais Mothra ne pourra pas combattre Ebirah et secourir les prisonniers. Ils décident alors de ressusciter Godzilla, bloqué par des rochers. Ils espèrent qu’il pourra battre Ebirah.
One night Chinami (Reiko Mishima), the daughter of Hyoue Toba (Reizaburo Ichikawa), is mysteriously kidnapped. Hyoue offers a large reward for his daughters rescue. Yuzuru Kawasaki (Noboru Takashima) and various other men employed by Hyoue set about searching for Chinami. However one of Hyoue's men, Magonojyō Gō (Eizaburo Matsumoto), doesn't partake in the search. Why? Because he was the one who had Chinami kidnapped. Magonojyō's father Senbei has a pet trained ape named "King Kong" (Ryūnosuke Kabayama) and Magonojyō used this creature to perform the kidnapping.
Tout commence environ 16 ans avant le début de l'action principale. C’était le dernier jour de la guerre entre les humains et des monstres géants, les Kaijūs. On dit que ce jour-là, une femme, Margaret, sauva la Terre entière par son courage. C’est aussi le jour où elle rencontra le père de Duncan, Belloc.
Durant la Seconde Guerre mondiale, le cœur de la créature de Frankenstein débarque au Japon. Il est amené dans un laboratoire d'Hiroshima où des scientifiques procèdent à sa transplantation dans un cadavre. Mais, alors que l'opération vient de s'achever, la bombe atomique s'abat sur la ville. Des années plus tard, le monstre est recueilli par un scientifique américain et son assistante japonaise. Sous l'effet des radiations, il commence à grandir jusqu'à atteindre la taille d'une maison. Aucune cage ne pouvant plus désormais le retenir, le monstre s'évade et se réfugie dans la forêt. En même temps, Baragon, un dinosaure mutant, sort de sa cachette souterraine et se livre à des raids destructeurs.
Des avions militaires russes chargés de bombes nucléaires s'écrasent au Pôle Nord. L'explosion atomique réveille Gamera, un monstre préhistorique ressemblant à une tortue qui se nourrit de chaleur et commence à attaquer les villes pour se recharger. L'armée tente désespérément de trouver une solution pour en venir à bout.
Des chasseurs de trésor trouvent une opale géante, mais il se trouve que l'opale n'est autre qu'un œuf géant de Barugon, un lézard géant. Quand l'œuf éclot, le monstre fait des ravages mais Gamera (qui s'échappe de sa prison spatiale) va attaquer la bête afin de protéger le Japon et ses habitants.
Une éruption volcanique réveille un monstre ailé assoiffé de sang nommé Gyaos. Alors que tous les plans de l'armée - qui utilisaient la lumière du soleil comme arme pour détruire la bête - tombent à l'eau, Gamera tente une fois de plus de défendre le Japon.
Des aliens appelés Virans essayent de conquérir la Terre. Gamera déjoue leur première attaque, en détruisant le vaisseau spatial des Virans. Cependant, la deuxième fois, les Virans prennent le contrôle de Gamera, l'envoyant détruire Tokyo. Ils enlèvent aussi deux enfants, Jim et Masao. Cependant, après l'inversion des commandes qui font fonctionner le rayon d'enlèvement, ils s'échappent. Les Virans ordonnent à Gamera de les tuer, mais Gamera réussi à s'échapper de leur emprise et attaque leur vaisseau spatial. En dernier ressort, tout les Virans s'assemble pour former un monstre ressemblant à un calamar géant, Viras. Viras affronte alors Gamera, mais Gamera réussit à s'envoler jusque dans la stratosphère, faisant suffoquer Viras.
Deux garçons, Akio et Tom, se font enlever par des aliens. Les deux enfants découvrent sur la planète de glace Terra, deux belles femmes aliens ainsi que le monstre Guiron. Gamera retrouve la piste des deux garçons sur Terra et combat Gurion, tandis que les garçons tentent d'échapper aux deux aliens.