Une ancienne légende dit que le soleil deviendra rouge et qu'un monstre du ciel viendra détruire la Terre avant d'être arrêté par deux monstres terrestres. Peu de temps après la découverte d'une grotte dédiée à une divinité ancienne, un robot ressemblant à Godzilla et envoyé par des extraterrestres apparaît et commence à tout détruire...
Un génie du mal nommé le Dr. Huu a créé un robot (parfois nommé Mechani-Kong), afin de creuser pour un élément hautement radioactif appelé "élément X". Quand il échoue, il séquestre le vrai King Kong pour faire le travail à sa place. Peu après les deux monstres s’affrontent en plein Japon.
Devant l'accroissement de la pollution des mers, le roi de Seatopia décide de prendre des mesures : envahir le monde de la surface en envoyant le monstre Megalon. Pour aider Megalon, des agents sont envoyés dérober un robot qui servira de guide d'attaque au monstre : Jet Jaguar. Megalon détruisant tout sur son passage, on décide d'appeler Godzilla à l'aide pour vaincre le monstre.
Le film met en scène une invasion d'extraterrestres (les « Mysterians ») qui viennent de la face cachée de la Lune. Leur arrivée provoque de nombreuses catastrophes au Japon (séismes, incendies, glissements de terrains, etc.) mais leur découverte par les humains n'intervient qu'avec la première apparition du robot Moguera d'où les destructions de villes, de chars, de forces armées avec un incroyable rayon laser destructeur. Des habitants des villes attaquées remarquerons tout de même la présence de soucoupes volantes évoluant dans le ciel, près de zones ravagées.
Les extraterrestres de la troisième planète du trou noir ont réussi à rebâtir Mechagodzilla, pour envahir la Terre. Ils se sont associés au Dr Mafune un savant rejeté par la communauté scientifique et capable de contrôler un dinosaure géant marin : Titanosaurus. Pour contrer la menace, Interpol se lance à la poursuite des extraterrestres tandis que Godzilla affronte les deux monstres.
The year is 1980, and the film opens with the launch of the JX-1 Hayabusa spaceship into outer space. The ship, originally sent to collect data on Saturn, has its course diverted to investigate the mysterious star Gorath, reported as being 6000 times the size of the Earth. It is feared that the star's path could come dangerously close to Earth. The JX-1 reaches locates Gorath and it's much smaller than earth but with 6000 times the gravity. The JX-1 radio's back any data about the star but gets sucked into the star's gravitational field which drags the ship into Gorath, incinerating it.
Les habitants de la cité engloutie de Mu, disparue voilà 12000 ans, ont décidé d'investir la surface de la Terre. Ils font enlever la fille du Professeur Shinguji qui avait construit à la fin de la deuxième guerre mondiale, un sous-marin capable d'atteindre les fantastiques profondeurs de leur monde. Un terrible combat pour sauver la race humaine commence à la surface du globe quand les habitants de Mu lancent une fulgurante attaque et sous les eaux, où un gigantesque serpent de mer protège l'entrée de leur royaume...
Durant la Seconde Guerre mondiale, le cœur de la créature de Frankenstein débarque au Japon. Il est amené dans un laboratoire d'Hiroshima où des scientifiques procèdent à sa transplantation dans un cadavre. Mais, alors que l'opération vient de s'achever, la bombe atomique s'abat sur la ville. Des années plus tard, le monstre est recueilli par un scientifique américain et son assistante japonaise. Sous l'effet des radiations, il commence à grandir jusqu'à atteindre la taille d'une maison. Aucune cage ne pouvant plus désormais le retenir, le monstre s'évade et se réfugie dans la forêt. En même temps, Baragon, un dinosaure mutant, sort de sa cachette souterraine et se livre à des raids destructeurs.
Une éruption volcanique réveille un monstre ailé assoiffé de sang nommé Gyaos. Alors que tous les plans de l'armée - qui utilisaient la lumière du soleil comme arme pour détruire la bête - tombent à l'eau, Gamera tente une fois de plus de défendre le Japon.
Des avions militaires russes chargés de bombes nucléaires s'écrasent au Pôle Nord. L'explosion atomique réveille Gamera, un monstre préhistorique ressemblant à une tortue qui se nourrit de chaleur et commence à attaquer les villes pour se recharger. L'armée tente désespérément de trouver une solution pour en venir à bout.
Des chasseurs de trésor trouvent une opale géante, mais il se trouve que l'opale n'est autre qu'un œuf géant de Barugon, un lézard géant. Quand l'œuf éclot, le monstre fait des ravages mais Gamera (qui s'échappe de sa prison spatiale) va attaquer la bête afin de protéger le Japon et ses habitants.
Des scientifiques partent en mission sur la planète Mars, mais une soucoupe volante quelque peu belliqueuse les force à rebrousser chemin. De retour sur Terre, ils réalisent qu'ils ont malencontreusement ramené de l'espace une créature surpuissante, qui ravagera tout sur son passage.
Un navire est attaqué par une pieuvre géante, puis sauvé par un monstre vert et gigantesque, qui pourtant, ne tardera pas à dévorer les survivants, avant de fondre sur Tokyo. Le Docteur Stewart, un américain, reconnaît là une espèce de monstre dont il sait qu'un autre spécimen est aussi en vie.
Sur l'île de l'obélisque, un séisme fait s'écrouler une immense statue, ce qui révèle une grande caverne. Alors que les scientifiques l’explorent, ils découvrent un bébé reptile à l'intérieur. La créature est rapatriée au Japon où elle subit des tests divers. C’est alors que les parents du reptile capturé commencent à attaquer le Japon à la recherche de leur enfant.