Assassin's Creed se déroule dans un univers fictif dans lequel le monde a été créé par Ceux qui étaient là avant, des individus disposant d'une puissance technologique très avancée. À leur disparition, ils laissent sur Terre des artefacts (du nom de fragments d'Éden) permettant d'assurer le progrès de l'Humanité. Opposés par leurs idéaux, les Assassins et les Templiers ne considèrent pas de la même façon comment l'Homme doit évoluer, ainsi, les Assassins recherchent la liberté individuelle tandis que les Templiers veulent contrôler les populations et les guider.
À la suite de la mort de son père, Tobey Marshall doit gérer son garage automobile avec l'aide de Pete, Finn et Benny, dans lequel il finira la construction de la Ford Shelby GT 500 pour Dino Brewster. Lors d'une course avec Pete et Dino, ce dernier tue Pete, mais niera avoir été présent lors du drame, ce qui entraînera l'emprisonnement de Tobey. Deux ans plus tard, Tobey sort de prison et est prêt à tout pour prouver la culpabilité de Dino et gagner la De Leon, une course de voitures illégale, en mémoire de Pete...
Sacha, Ondine et Jacky arrivent sur l'île de Shamouti. Les habitants leur parlent d'une légende où trois oiseaux mythiques, Artikodin, Électhor et Sulfura, règnent sur leur île respective. Au même moment Gelardan, un collectionneur Pokémon, capture les oiseaux pour sa collection personnelle et modifie donc le climat naturel de la Terre pour faire apparaître le Gardien des Abysses, Lugia.
L'histoire reprend les personnages originaux du dessin animé avec une nouvelle intrigue, située entre les épisodes 63 et 64 de la saison 1 de la série télévisée.
De son père archéologue, Lara Croft a hérité la passion des trésors enfouis. Au large de l'île grecque de Santorin, dans les profondeurs marines, elle est parvenue jusqu'au temple de la Lune, jadis construit par Alexandre le Grand. Bien plus que son intérêt pour les vieilles pierres, c'est une orbe, dissimulée dans la statue du conquérant qui motive la curiosité de l'aventurière. En effet, celle-ci s'avère être la carte menant à une redoutable relique, la boîte de Pandore.
Après les évènements de Resident Evil: Apocalypse et l'accident de Raccoon City, Alice (Milla Jovovich) erre dans le désert du Nevada, à la recherche de survivants. Ces derniers sont quasi inexistants, le monde étant envahi par le virus T.
Sous un vieux manoir, est caché le Hive, laboratoire secret d'une grande compagnie de recherche biologique : Umbrella Corporation. Dans le Hive (« la Ruche » en anglais), les scientifiques de la compagnie Umbrella expérimentaient des armes biologiques, jusqu'au jour où une fiole contenant le virus T, renversée volontairement, contamina tous les employés du Hive, puis bientôt la majeure partie des habitants de Raccoon City, les transformant en zombies aux fonctions motrices primaires et soumis à leurs besoins primaires (nourriture...). Alice, une employée du service de sécurité de la compagnie, qui avait tenté de la trahir, fut capturée, puis emmenée dans un hôpital de Raccoon City, juste après avoir vu le dernier survivant du manoir, Matt, enlevé sous ses yeux.
En pleine guerre froide, David Lightman, un jeune pirate informatique accède à distance sans le savoir à un système informatique appartenant au réseau de défense militaire américain : le NORAD.
Liu Kang, un jeune Chinois expert en arts martiaux, apprend que son jeune frère a été tué au cours d'un combat contre le sorcier Shang Tsung. Ce dernier a promis à son maître Shao Kahn, l'empereur d'Outre monde, le contrôle absolu de la Terre pour que le mal et la désolation s'y installent pour l'éternité. Pour y parvenir, il suffit de remporter le « Mortal Kombat », un tournoi titanesque dont le vainqueur a toujours été le prince Goro, homme-dragon à quatre bras du royaume de Shokan. De son côté, afin de protéger la Terre, le seigneur Raiden, dieu du tonnerre, oppose plusieurs valeureux combattants à Shang Tsung. Parmi ceux-ci se trouvent Liu Kang, Johnny Cage, un acteur du cinéma d'action, et le lieutenant Sonya Blade, membre des Special Forces.
Dans un grand laboratoire pharmaceutique souterrain de l'entreprise multinationale Umbrella Corporation, un virus est volontairement libéré. Le bâtiment est alors mis en quarantaine puis les scientifiques y travaillant sont assassinés.
Sharon, une petite fille adoptée de 10 ans, parle durant ses crises de somnambulisme d'un endroit nommé Silent Hill (qui se trouve en Virginie-Occidentale de même que l'orphelinat où Sharon fut adoptée). Après avoir découvert qu'il s'agit d'une ville fantôme, sa mère, Rose, décide contre l'avis de son mari Christopher, d'emmener sa fille à Silent Hill dans l'espoir de comprendre ce dont elle souffre et de la soigner. Rose, Sharon ainsi que Cybil Bennett, une motarde de la police qui les avait suivies par suspicion, se retrouvent toutes trois, après un accident de voiture causé par l'apparition sur la route d'une petite fille, dans la ville fantôme de Silent Hill.
Enrôlé et conditionné par une organisation criminelle internationale connue du seul nom de « l'Organisation », l'agent 47 est le meilleur tueur à gages parmi tous ceux qui ont été formés à ses côtés. D'importantes sommes d'argent lui sont versées pour qu'il accomplisse les meurtres les plus délicats. Qu'il s'agisse d'étrangler un terroriste dans une ruelle à l'aide de sa corde de piano légendaire, ou d'abattre un président dans la foule en pleine campagne électorale, l'agent 47 effectue son travail sans jamais laisser de traces, sans bavures.
Shadaloo, pays asiatique, est en proie à la guerre civile depuis 7 mois. La rébellion est menée par le général M. Bison. À la suite d'une nouvelle attaque, il prend 63 membres d'une organisation humanitaire en otages, ainsi que trois soldats, dont Carlos « Charlie » Blanka, un ami du colonel Guile. Dans un message télévisé, Bison impose un délai de 72 heures à l'Organisation des Nations unies pour le versement d'une rançon de 20 milliards de dollars contre leur libération.