Les enquêteurs de la Commission fédérale des communications (FCC) arrivent dans la vallée de San Fernando après ce qui semble être une collision avec une soucoupe volante, causant des interférences massives avec les transmissions par radio. Pendant leur enquête, ils reçoivent des rapports de témoins oculaires de ce qui semble être un homme vêtu d'une tenue bizarre, qui semble être radioactive et donc une menace publique.
Un jeune garçon victime de persécutions à l'école se découvre le don de l'invisibilité. Mais ce pouvoir n'est pas inconnu d'un groupuscule russe qui le recherche depuis des années. En même temps, des enfants disparaissent étrangement autour de Micky, le garçon invisible il rencontre alors son père dont il ne connait pas l'existence ....
Dans le village de Ronenval, Théo est un petit garçon traité de « boloss » par ses camarades de classe. En effet, depuis la mort de son père lors d'un sauvetage dans un lac, le jeune garçon est aquaphobe. De plus, sa famille a de graves difficultés financières depuis que sa mère a été licenciée à la suite d'une erreur judiciaire.
Sir Geoffrey Radcliffe est condamné à mort pour le meurtre de son frère, un crime qu'il n'a pas commis. Le docteur Frank Griffin, le frère de l'homme invisible original, lui injecte dans sa cellule la drogue d'invisibilité. Radcliffe disparaît de sa cellule et part à la recherche du véritable coupable de la mort de son frère.
Une tasse de café renversée sur un ordinateur provoque une explosion dans un établissement scientifique. N'ayant pas évacué les lieux car il y dormait, Nick Halloway découvre qu'il est devenu invisible, et se retrouve poursuivi par la CIA quand elle apprend son existence.
Dans cette autre histoire parallèle à celle de Max la Menace, Bruce et Lloyd, les deux experts en gadgets électroniques de l'agence CONTROL, ont mis au point une cape d'invisibilité qu'ils viennent d'améliorer. Mais lors d'une fête organisée dans les locaux de l'agence, leur invention est volée et ils découvrent qu'il s'agit de la jeune femme, Isabella, dont Lloyd est tombé sous son charme, qui se révèle être un agent du Maraguay, pays d'Amérique du Sud, dont El Presidente, dirige le pays d'une main de fer. Les deux hommes doivent le retrouver de leur propre chef, car les seuls agents non compromis, les agents 99 et 86 (Maxwell Smart), sont en mission en Russie… mais ils n'ont aucune expérience d'agent sur le terrain. De plus, la CIA convoite également cette cape d'invisibilité.
Un prologue explique quand et comment la conquête de l'espace a été rendue possible depuis la Terre, grâce à l'invention d'engins capables de se déplacer à la vitesse de la lumière. Désormais, les humains vivent sous le régime des Planètes unies.