Les enquêteurs de la Commission fédérale des communications (FCC) arrivent dans la vallée de San Fernando après ce qui semble être une collision avec une soucoupe volante, causant des interférences massives avec les transmissions par radio. Pendant leur enquête, ils reçoivent des rapports de témoins oculaires de ce qui semble être un homme vêtu d'une tenue bizarre, qui semble être radioactive et donc une menace publique.
Un assassin étudie le paranormal afin de s'échapper de prison et de tuer cinq femmes qui devaient témoigner contre lui, et qu'il confond avec sa mère qui a été sa première victime après qu'elle l'a abandonné enfant.
Après qu'un professeur a réussi à inventer une substance permettant de devenir invisible, ce dernier se fait assassiner par Kid, qui compte bien en profiter pour pouvoir cambrioler les plus grandes banques.
Dans le village de Ronenval, Théo est un petit garçon traité de « boloss » par ses camarades de classe. En effet, depuis la mort de son père lors d'un sauvetage dans un lac, le jeune garçon est aquaphobe. De plus, sa famille a de graves difficultés financières depuis que sa mère a été licenciée à la suite d'une erreur judiciaire.
Dr Griffin sans autre motivation qu'une simple curiosité entreprend les recherches sur le concept d’invisibilité. Devenu invisible il se retrouve suite à un malheureux concours de circonstances soupçonné de meurtre et traqué, obligé d'abandonner les cahiers contenant les notes de ses expériences qui lui permettraient de réaliser le processus inverse. Son ancien camarade d'études Dr Kemp lui promet de les retrouver, mais en réalité compte s'en servir lui-même en quête de pouvoir absolu.
Le film s'ouvre lors d'un cocktail au Reisner Institute, un groupe de réflexion de Washington, quelque temps après les événements du premier film. Une force invisible entraîne un scientifique du nom de Dylan dans une salle de bain à proximité, où cette forme indéfinie jette brutalement Dylan au sol pour lui soutirer de l'information. Dylan mentionne une autre scientifique, Maggie Dalton, qui connaît la «formule» que recherche la forme invisible. Apparemment, en acceptant cela, l'être invisible le relâche, l'avertissant de ne rien dire à personne qu'il était là. Dès que l'homme invisible fait mine de partir, Dylan tente alors d'appeler quelqu'un sur son téléphone portable, mais l'homme invisible écrase le téléphone et entaille la gorge de Dylan. La police arrive au laboratoire pour mener une enquête sur le meurtre, mais le superviseur militaire du laboratoire, le colonel Gavin Bishop, insiste sur le fait qu'il s'agit d'une situation militaire interne et que la police n'y a pas compétence. Craignant les attaques contre les scientifiques restants, le propriétaire du laboratoire, le Dr William Reisner, emploie Frank Turner et son partenaire, le détective Lisa Martinez, pour protéger Maggie, mais refuse de divulguer des informations sur la nature de son travail.