L'histoire est celle d'un groupe de quatre hommes et une femme qui s'attaquent au produit d'une mine d'or en Guyane. Leur but : s'emparer de près de 600 kilos d'or pur en lingots. Après le vol, la fuite en hélicoptère pour rejoindre le Brésil est interrompue et l'hélicoptère doit se poser dans la jungle. L'important trésor dérobé et surtout le poids qu'il pèse deviennent un fardeau à transporter dans ce milieu hostile...
Les tribus indiennes amazoniennes sont en conflit contre les intérêts de l'homme blanc, qui exploite la forêt où se trouve de l'or. Une implantation de missionnaires protestants a essayé de convertir une tribu, mais un premier pasteur a été tué. Un couple avec un enfant de 10 ans veut relever le défi, tandis que les autorités s’apprêtent à employer la violence. La situation est tendue et la mort de maladie du jeune enfant est prise comme un présage funeste par les indiens. Parmi eux se trouve un homme blanc, Lewis Moon, pilote indien américain qui s'est mis du côté des indiens et passe pour un dieu tombé du ciel. Il les empêche de succomber aux cadeaux et à la conversion, mais les dissuade aussi de tuer les missionnaires. Une épidémie de fièvre décime la tribu et l'impossible équilibre est rompu.
Dans les profondeurs de la jungle chaude et humide de l’Amazone, une militante aide un reporter photographe sans aucune vergogne dans l’enquête sur l’assassinat d’un célèbre militant pour l’environnement.
Brian Sweeney Fitzgerald, qui se fait appeler « Fitzcarraldo », arrive à Manaus en provenance d’Iquitos accompagné de son amie Molly, après quelque 2 000 kilomètres de navigation sur les rivières amazoniennes, afin d'assister à une représentation d'Ernani où son idole le ténor Enrico Caruso tient le rôle principal. Passionné d'art lyrique, il rêve de construire un opéra à Iquitos en plein milieu de la forêt péruvienne, où se produiront Caruso et Sarah Bernhardt, interprétant Verdi. Son activité de fabricant de pains de glace n’étant pas assez lucrative pour financer l’opération, il achète une concession sur la rivière Ucayali, afin d'exploiter l’hévéa, l'arbre à caoutchouc. Il se procure un bateau auprès d’un concurrent et recrute un équipage.
Karamakate, chaman amazonien et dernier survivant de sa tribu, rencontre à quarante ans d’intervalle deux explorateurs à la recherche de la yakruna, une plante légendaire qui pousse sur l'hévéa.
Bill Markham et sa femme s'installent en Amazonie, où Bill est chargé de diriger la construction d'un grand barrage. Leurs deux enfants les accompagnent. Au cours d'une promenade, le petit Tommy disparaît. Enlevé par les «Invisibles», une tribu d'Indiens, il est adopté et initié par leur chef, Wanadi. Parfaitement intégré, Tommy participe aux tâches quotidiennes. Un jour, alors qu'il cherche des pierres, il se trouve nez à nez avec son père qui n'a jamais renoncé à retrouver sa trace. Celui-ci, poursuivi et blessé par les Indiens d'une autre tribu, les «Féroces», est soigné par les «Invisibles». Bill, qui comprend et respecte le choix de son fils resté auprès des Indiens, retourne en ville. De leur côté, les «Féroces» se procurent des balles pour le fusil-mitrailleur qu'ils ont trouvé.
Benjamin, 9 ans, n'a plus sa maman. Il veut retrouver son père, chercheur d'or au Brésil, qui a eu un autre enfant, Julien. Les seules personnes susceptibles de l'y accompagner sont ses deux grands-mères, Anne et Suzanne, opposées en tout et se détestant, comme de juste. Un voyage épique en perspective, qu'ils ne sont pas près d'oublier...
Wanù, un chef indien d'Amazonie est reçu à Paris afin de promouvoir la préservation de la forêt amazonienne. Dans l'hôtel de Crillon où il loge avec Jean Campana, son interprète, le chef indien fait la rencontre de François Perrin, un joueur de poker accablé de dettes de jeu, qui vient emprunter de l'argent à une amie. Un lien se crée entre les deux hommes, à la grande incompréhension de Perrin qui ne croit pas du tout, voire méprise les rites indiens.
Un réalisateur, Sebastián, arrive à Cochabamba, en Bolivie, pour tourner un film sur l'arrivée de Christophe Colomb aux Antilles et sur l'asservissement des populations indigènes. Il veut que le film montre le sort des indigènes et le rôle qu'ont joué leurs défenseurs espagnols Antonio de Montesinos et Bartolomé de las Casas. Son producteur, Costa, a choisi la Bolivie pour des raisons de coûts. Pour incarner Hatuey, chef des Taïnos, Sebastián choisit Daniel, repéré parmi les figurants amérindiens, malgré les inquiétudes de Costa au sujet du caractère protestataire et explosif de cet homme.
Au milieu du XVIII siècle, le cardinal Altamirano, visiteur apostolique des missions jésuites en Amérique du Sud, écrit son rapport au pape. Au fil de ce qu'il écrit, il revoit ce qu'il a appris au cours des derniers mois. Un prêtre jésuite espagnol s’aventure dans la forêt tropicale afin d'évangéliser les Amérindiens : un travail d'approche difficile mais réussi grâce à la création d'une école musicale de haut niveau, à l'origine indispensable aux offices religieux, mais dont la nécessité apparaît également centrale dans le processus d'éducation et de développement humain. Conçue sur le modèle des très nombreuses écoles musicales réparties dans tout l'Occident, elle deviendra un élément d'autonomie, et finalement ici, un acte de résistance.
À l’époque de l’épisode de la France antarctique et dans le contexte des affrontements au XVI siècle entre Français et Portugais pour la colonisation du Brésil, le film raconte l’histoire d’un jeune Français recueilli par une tribu cannibale tupinamba. Il s’y intègre progressivement, adoptant leur mode de vie, y prenant une compagne et combattant à leur côté une tribu ennemie, avant d’être finalement mangé par eux après une cérémonie rituelle, son épouse en recevant le meilleur morceau.
L'histoire se tient au Brésil. Un prêtre du nom de Père O'reilly ressent le besoin de confesser quelque chose qui le tracasse. L'histoire commence dans le récit du prêtre.
Épisode 1. En 1555, Just et Colombe Clamorgan, deux jeunes français, décident de partir au Brésil pour rechercher leur père qu'ils pensent y trouver. Ils sont embauchés comme truchements (traducteurs) dans une expédition coloniale menée par l'amiral de Villegagnon secondé par le capitaine Gonzagues, un homme violent et d'une discipline rigoriste. Les femmes n'étant pas bienvenues dans les expéditions, Colombe doit se déguiser en garçon et prendre comme prénom Colin.