2047. Vingt neuf ans ont passé depuis l'affrontement nucléaire entre les Terriens et les nazis de la lune. Neomenia, l’ancienne base lunaire des nazis, est devenue le dernier refuge de l’Humanité, car la Terre a été dévastée par le conflit. Cependant, ses entrailles cachent une puissance qui pourrait sauver les derniers humains … ou les détruire définitivement. Face à la menace, quelques réfugiés de la Lune vont se rendre au centre de la Terre. Ils y affronteront une race reptilienne extraterrestre.
En Allemagne durant la Seconde Guerre mondiale, Jojo « Rabbit » Betzler, âgé de 10 ans, est maltraité par ses camarades. Il se console avec son ami imaginaire, Adolf Hitler. Amoureux de la « nation », il voit sa vie remise en cause lorsqu'il découvre que sa mère, Rosie, cache une jeune fille juive, Elsa Korr.
Pendant les années 80, un vieil homme, Calvin Barr (Sam Elliott), vit ses derniers jours dans sa ville natale, avec son chien. Barr se souvient de son passé pendant la Seconde Guerre mondiale, alors qu'il servait en tant que soldat des forces spéciales pendant une mission pour assassiner Adolf Hitler; il réussit sa mission, mais l'opération fut classée secrète et ne fut jamais révélée au grand public. Barr continue ses activités quotidiennes, en particulier rendre visite au salon de coiffure de son frère Ed (Larry Miller), quand il tient tête à un gang de voyous qui essaye de voler sa voiture et est suivi par de mystérieux hommes dans une voiture du gouvernement.
Kung Fury, détective de la police de Miami dans les années 80, voit son coéquipier abattu par un ninja. Adolf Hitler voyage dans le futur. Kung Fury va alors tenter de sauver le monde en remontant dans le temps pour tuer Hitler. Un bug informatique le conduit à voyager entre les époques.
En 1945, alors que le Troisième Reich est au bord de la capitulation, des nazis menés par le docteur Josef Mengele ont réussi à se cacher et construire une base souterraine en Antarctique. Ils préparent alors le retour en force du nazisme. Des chercheurs scientifiques, alors en mission en Antarctique, sont ainsi kidnappés par des soldats masqués. Ils seront alors forcés d'aider les nazis à préparer une armée constituée de corps revenus à la vie (zombies) afin d'envahir la Terre et de créer le Quatrième Reich.
Dans la France occupée, Shosanna Dreyfus, une jeune Juive française, assiste à l’exécution de sa famille par le colonel SS Hans Landa. Mais elle parvient à s’échapper et s’enfuit à Paris où elle se construit une nouvelle identité, devenant propriétaire d’un cinéma de quartier.
En 1943, durant la Seconde Guerre mondiale, le colonel allemand Claus von Stauffenberg rentre en Allemagne gravement blessé au combat après un raid de la Royal Air Force en Tunisie. Peu à peu, il s'oppose à la politique d'Adolf Hitler. Il décide de rejoindre la résistance allemande. Tous s'organisent alors pour mettre au point l'« Opération Walkyrie », un plan complexe pour abattre le Führer et mettre en place un gouvernement d'opposition. Mais le destin et les circonstances vont s'allier pour forcer Stauffenberg, qui n'était qu'un des nombreux conspirateurs, à jouer un rôle de premier plan dans la conspiration. Il va non seulement devoir diriger le coup d'État pour prendre le contrôle du gouvernement, mais c'est aussi lui qui sera chargé de tuer Hitler.
En décembre 1944 à Berlin, Joseph Goebbels, le ministre de la Propagande, veut qu'Adolf Hitler fasse un grand discours pour galvaniser les masses. Mais celui-ci est dépressif et un seul homme est capable de relever le défi : l'ancien professeur de théâtre d'Hitler, un juif extrait d'un camp de concentration, qui se prénomme lui aussi Adolf. Il a cinq jours pour le préparer à cette harangue.
Durant son enfance, Adolf Hitler semble nager dans l'incompréhension de ses proches. Ce sentiment le poursuivra même jusqu'au rejet de sa candidature à l'école des beaux-arts de Vienne. Désœuvré, il accueille la déclaration de guerre avec enthousiasme et se hisse jusqu'au grade de caporal. Victime d'une attaque au gaz, il est hospitalisé jusqu'à la fin de la guerre puis démobilisé. C'est dès la fin du conflit qu'il commence à s'investir dans le monde de la politique. Et également à se faire connaitre en Allemagne, grâce à son parti : le Parti national-socialiste des travailleurs allemands.
Alors que ses talents d'orateur antisémite intéressent des gens prêts à l'appuyer, Hitler rencontre un marchand d'art — le personnage est fictif — Max Rothman, juif et ancien combattant qui admire son talent de peintre et l'encourage dans cette voie. Les deux hommes nouent une relation mêlée de respect et de rejet.
Scénario imaginé par Iouri Arabov, retraçant le bref passage de Hitler en 1942 dans son « nid d'aigle » (Kehlsteinhaus) à Berchtesgaden sur le mont Kehlstein.
En 1916, durant la Première Guerre mondiale, deux pilotes d’avion, le Français Jo Cavalier et l’Allemand Günther von Beckmann s’affrontent. Après s’être posés en catastrophe, les deux hommes se battent, mais se sauvent mutuellement la vie. Vingt ans plus tard, en 1936, Jo est devenu l’entraîneur de l’équipe française de boxe, équipe qui doit se rendre à Berlin pour participer aux Jeux olympiques, dans une Allemagne vivant sous le régime nazi d’Adolf Hitler.