À Paris, sous l'Occupation, un groupe disparate de résistants commet des attentats désorganisés. Missak Manouchian, un Arménien exilé, est prêt à les aider mais reste réticent à l'idée de tuer. Les circonstances l'amèneront à transgresser son éthique. Sous son impulsion, le groupe se structure et planifie ses actions. Le réseau Manouchian est né.
Au XVIII siècle, peu avant la Révolution française, l’orpheline Henriette Gérard accompagne Louise, sa sœur adoptive aveugle, à Paris. Les deux jeunes filles espèrent bien trouver un médecin qui guérira Louise de sa cécité. Hélas, Henriette est enlevée par le marquis de Presles, un roué qui a décidé d'en faire son jouet. Louise n'a pas plus de chance que sa sœur : livrée à elle-même, elle tombe dans les mains de la mère Frochard, une mégère alcoolique qui ne cessera de l'humilier et de la tourmenter pour la forcer à mendier. Tout paraît s'arranger avec l'intervention du chevalier de Vaudrey et de la comtesse de Linières, lorsque la Révolution éclate.
En 1954 à Alger, le Front de libération nationale (FLN) diffuse son premier communiqué : son but est l'indépendance nationale vis-à-vis de la France, et la restauration de l'État algérien. Ali la Pointe propose des parties de bonneteau. Repéré par la police, il s'enfuit mais se fait agresser par un passant, il réplique et se fait tabasser par le reste du groupe. Rattrapé par la police, il se fait arrêter. Emprisonné, il assiste par la fenêtre de sa cellule à l'exécution d'une peine de mort par guillotine sur un nationaliste. Le FLN le contacte.
En 1954, au début de la guerre d'Algérie, deux hommes, que tout oppose, sont contraints de fuir à travers les crêtes de l’Atlas saharien d'Algérie. Au cœur d’un hiver glacial, Daru, instituteur reclus, doit escorter Mohamed, un paysan accusé du meurtre de son cousin. Poursuivis par des villageois réclamant la loi du sang et par des colons revanchards, les deux hommes se révoltent. Ensemble, ils vont lutter pour retrouver leur liberté.
Le film se déroule en 1962, dans le Sud-Ouest de la France. Deux adolescents, François et Maïté, vont à un mariage. Un militaire y épouse une fille du pays pour éviter de repartir en Algérie y faire la guerre. Il demande à la mère de Maïté, Madame Alvarez, responsable de la cellule locale du Parti communiste français, de l'aider à déserter, mais elle refuse. François rencontre le frère de l'appelé, Serge, qui lui demande de l'aider pour ses cours de français. François accepte et, en devenant plus intime avec Serge, se rend compte qu'il préfère les garçons. Il se confie à Maïté qui, elle, ne se sent attirée par personne et rejette pour le moment la sexualité.
20 octobre 1942, en France occupée. Philippe Gerbier, ingénieur distingué des Ponts et Chaussées soupçonné de « pensées gaullistes », est arrêté par la police de Vichy et placé dans un camp de prisonniers reconverti en prison. Il tranche avec les autres prisonniers par une force de caractère peu commune, et par les appuis qui l'ont placé dans ce camp. Quelques jours plus tard, les autorités françaises remettent Gerbier à la Gestapo, la police secrète nazie, qui le transfère à Paris pour un interrogatoire dans l'hôtel Majestic. Gerbier réussit à s'échapper avec l'aide d'un résistant anonyme et d'un coiffeur apparemment pétainiste, puis retourne à Marseille où est basé le réseau qu'il dirige effectivement.
En 1942, pendant la Seconde Guerre mondiale, la jeune Écossaise d'Édimbourg Charlotte Gray se rend à Londres pour offrir son aide à l'effort de guerre. C'est là qu'elle fait la rencontre d'un pilote de l'Armée de l'air britannique, Peter Gregory, dont elle tombe follement amoureuse. Mais peu de temps après lors d'une mission sur le sol français, son avion est abattu et Peter est porté disparu.
Charles d'Aubigny est envoyé en France par La Fayette pour comploter avec Barras afin que Robespierre ne puisse devenir dictateur de fait. Il doit pour cela prendre l'identité de Duval, après avoir tué ce dernier. Sous ce nom, il rencontre Robespierre qui lui révèle qu'il a consigné une liste noire des ennemis de la France dans un petit livre. D'Aubigny va dès lors tout faire pour s'en emparer, avec l'aide de Madelon...
Un officier anglais, (Hobart Bosworth) pendant la première guerre mondiale rêve de la vie de Jeanne d’Arc (Geraldine Farrar). L’officier trouve dans la paroi de la tranchée qu’il occupe une vieille épée qui appartenait à Jeanne d’Arc. En la saisissant, il fait apparaître le fantôme de Jeanne d’Arc, qui lui conte son histoire.
Ce film retrace l'histoire de la vie de Lucie Aubrac pendant la résistance à l'occupation nazie, dont un "coup d'éclat" réussi... l'organisation d'un commando pour faire évader son mari Raymond Aubrac.
Durant la Seconde Guerre mondiale, en 1942, Marcel Mangel s'engage, sous le nom de Marcel Marceau, dans la Résistance française, sous l'influence de son frère Simon et de son cousin, Georges Loinger. En partie par le mime, il aidera de nombreux enfants orphelins, dont les parents ont été tués par les nazis.
En automne 1654, la jeune et fougueuse Éloïse, fille de l'héroïque capitaine gascon d'Artagnan, digne de son père au maniement de l'épée, assiste dans son pensionnat-couvent au meurtre de la mère supérieure par l'odieux duc de Crassac et la femme en rouge, Églantine de Rochefort, qui se livrent à la traite des Noirs de l'Afrique vers les Amériques et au commerce du café. Elle croit deviner un complot contre le jeune roi Louis XIV et court vers Paris demander de l'aide à son père et avertir le jeune roi et son premier ministre, le cardinal Mazarin.