Après la mort tragique de Lily et James Potter, leur fils Harry est recueilli par sa tante Pétunia, la sœur de Lily et son oncle Vernon. Son oncle et sa tante, possédant une haine féroce envers les parents de Harry, le maltraitent et laissent leur fils Dudley l'humilier. Harry ne sait rien sur ses parents. On lui a toujours dit qu’ils étaient morts dans un accident de voiture.
Durant l'été chez les Dursley, Harry Potter, encore traumatisé par la mort de Cédric Diggory et par le retour de Voldemort au terme du Tournoi des Trois Sorciers, a des cauchemars récurrents la nuit. Un jour, alors qu'il est abordé par son détestable cousin Dudley, il perd patience et le menace de sa baguette magique. À ce moment-là, ils sont attaqués par deux Détraqueurs venus de la prison d'Azkaban. Harry arrive à les repousser en créant un Patronus, mais la confrontation traumatise profondément Dudley, qui en perd presque la raison; au grand désespoir de l'oncle Vernon. Quelques instants plus tard, une lettre venant du ministère de la Magie arrive dans la maison et s'adresse à Harry: la lettre lui déclare qu'il a été renvoyé de Poudlard pour avoir enfreint la règle de ne pas se servir de la magie en présence d'un Moldu. La nuit, il est récupéré par une assemblée de sorciers constituée par Alastor Maugrey, Nymphadora Tonks et Kingsley Shacklebolt entre autres. Ils se rendent à Londres, au 12, Square Grimmaud, dans la maison de Sirius Black, le parrain de Harry. Là, Harry retrouve Ron,Hermione et les Weasley. Il découvre aussi qu'une organisation secrète existe depuis des années pour contrer Voldemort : l'Ordre du Phénix. Parmi ses membres, se trouvent Sirius Black, Albus Dumbledore, Remus Lupin, Alastor Maugrey, Arthur Weasley et Molly Weasley, Rubeus Hagrid, Nymphadora Tonks et Kingsley Shacklebolt entre autres. Il apprend également qu'une importante partie de la communauté des sorciers feint d'ignorer sa récente confrontation avec Voldemort et préfère nier son retour. De plus, la communauté magique lit les mensonges dans la Gazette du Sorcier, sous le contrôle du ministère de la Magie. Les articles qui paraissent dans la gazette affirment que Dumbledore est devenu un vieillard sénile et Harry, un illuminé qui cherche à attirer l'attention sur lui en racontant des mensonges. Le 12 août, Harry se rend au ministère de la Magie accompagné par Arthur Weasley afin d'assister à son procès dû à son infraction de la loi des sorciers. Avec la contribution de Dumbledore, Harry est acquitté des charges qui pèsent contre lui et est finalement réintégré à Poudlard, au grand dam du ministre de la Magie, Cornelius Fudge.
Après la bataille au Départements des Mystères survenue quelques semaines auparavant, le ministère de la magie a rendu public le retour de Voldemort. Le mage noir et ses disciples exercent désormais leur pouvoir sur le monde entier. Sorciers comme Moldus sont maintenant en danger. Des mangemorts apparaissent à Londres et provoquent l'effondrement du Millennium Bridge, tout en kidnappant au passage le fabricant de baguettes, Ollivander.
Âgé de quatorze ans, Harry est tourmenté par des cauchemars dans lesquels il rentre en connexion avec l'esprit de Voldemort, voyant ainsi tout ce que fait celui-ci. Il assiste entre autres au meurtre d'un vieux Moldu par le mage noir. En vacances chez les Weasley, il assiste à la coupe du monde de Quidditch, durant laquelle les fidèles de Voldemort (les mangemorts) défilent en semant la terreur et la panique dans le campement où Harry et les Weasley se trouvent. La marque des ténèbres apparaît lancée par un inconnu.
Alors que l'oncle Vernon, la tante Pétunia et son cousin Dudley reçoivent d'importants invités à dîner, Harry Potter est contraint de passer la soirée dans sa chambre. Dobby, un elfe, fait alors son apparition. Il lui annonce que de terribles dangers menacent l'école de Poudlard et qu'il ne doit pas y retourner en septembre. Harry refuse de le croire.
Le film commence chez les Dursley, où Harry s'enfuit après avoir fait gonfler Marge, la sœur de l'oncle Vernon, comme un ballon. Se rendant sur le chemin de Traverse, il est informé par le ministre de la Magie, Cornelius Fudge, de l'évasion de la prison d'Azkaban d'un mystérieux personnage : Sirius Black, l'homme qui aurait livré les parents de Harry à Voldemort et tué Peter Pettigrow. À Poudlard, Harry découvre son nouveau professeur de défense contre les forces du Mal, le professeur Remus Lupin. Celui-ci prouve ses compétences et sa bonté en donnant une chance à Neville Londubat, un élève sympathique mais très maladroit. Le professeur Lupin est particulièrement protecteur envers Harry et un lien se tisse entre eux deux. Le professeur lui apprend même à produire un Patronus afin qu'il soit capable de repousser des Détraqueurs si besoin est. Harry apprend alors que Lupin était le meilleur ami de son père. L'année est ponctuée par des attaques de Sirius à l'intérieur même de l'école, pourtant protégée par des Détraqueurs, les redoutables gardiens de la prison magique d'Azkaban. Harry apprend au fil du temps que Sirius est son parrain et qu'il était le meilleur ami de son père et de Lupin. Ensemble, ils formaient un trio inséparable, toujours suivi de Peter Pettigrow.