1995. Le leader ultra-nationaliste russe, Vladimir Radtchenko, à la tête d'unités dissidentes de l'armée russe, menace l'ordre international en s'emparant d'une base de missiles nucléaires située dans l'est de la Russie.
1984. Le sous-marin Octobre rouge, fleuron de la marine soviétique, est équipé d'un nouveau système de propulsion silencieux appelé « la chenille » qui le rend indétectable.
L’USS Montana, un sous-marin nucléaire lanceur d'engins américain, coule non loin du bord de la fosse des Caïmans (7 686 mètres de profondeur) après une rencontre fortuite avec un objet immergé non identifié, le sous-marin reposant par 274 mètres de fond.
À l’exception du commandant Van Meer, l’équipage du navire devient lentement fou à cause de l’exposition aux produits chimiques de la peinture à bord et croit qu’un exercice d’essai de missiles est en fait une guerre nucléaire. Il explore l’incapacité des structures de commandement américaines à contrôler et à empêcher les officiers de sous-marins malhonnêtes de lancer des missiles balistiques.
1866, un monstre marin écume les mers en détruisant les navires marchands et militaires. La marine américaine envoie un expert en biologie marine sur l'un de ses navires afin de détruire le monstre. Mais à la suite de l'attaque du prétendu monstre, seuls deux rescapés, le marin Ned Land et le professeur Arronax font la connaissance de l'esprit derrière cette attaque : le capitaine Némo.
Dans le port de La Rochelle, à l'automne 1941, une flottille de sous-marins allemands se prépare à appareiller dans la liesse générale. Officiers, officiers mariniers et matelots fêtent leur départ, mais le commandant de l'U-96 reste calme, en retrait, dans l'appréhension du combat. Le capitaine Philip Thomsen, ivre, et qui fête sa dernière décoration, vient brailler dans un micro. Il commence par tenir des propos acides sur le chancelier Hitler, puis, sentant qu'il est allé trop loin dans sa critique, se met à insulter Churchill par le biais d'une pirouette.
Après avoir percuté un cargo, le sous-marin nucléaire Neptune sombre lentement dans la mer. Le capitaine Blanchard et son équipage sont indemnes mais il ne leur reste plus que 48 heures d'oxygène. Le ministère de la Marine tente désespérément de leur porter secours...
L'US Navy retrouve le « Nautilus » en parfait état dans une faille de l'Océan Atlantique. Son commandant, le capitaine Nemo, est ramené à la vie après avoir été maintenu en animation suspendue grâce au gel marin. Le gouvernement américain remet en état le sous-marin et l'équipe de nouvelles technologies afin que le célèbre capitaine affronte un savant fou, le professeur Cunningham, qui menace Washington avec un missile en échange d'un milliard de dollars. Nemo pourra continuer sa quête de la cité d'Atlantis après cette mission.
Pour retrouver des sous-marins nucléaires russe et britannique qui ont mystérieusement disparu, James Bond fait équipe avec l'agent soviétique Anya Amasova. Leur mission les conduit à affronter un ennemi redoutable, Requin, un géant de près de deux mètres vingt quasiment indestructible et armé d'une mâchoire en acier aussi coupante qu'un rasoir. 007 devra également affronter Karl Stromberg, l'employeur de Requin. Stromberg veut se servir des sous-marins nucléaires qu'il a volés pour détruire le monde et créer une cité sous-marine.
Durant l'année 1916, les rescapés d'un cargo britannique coulé par un sous-marin allemand se sont rendus maîtres de ce dernier et accostent sur l'île de Caprona. Les rescapés découvrent un monde préhistorique, peuplé de dinosaures et d'hommes primitifs.
À la suite d'un tremblement de terre, une station sous-marine, le Sealab, se retrouve perdue dans les fonds marins. Un sous-marin ultra-perfectionné est envoyé à sa rescousse, mais rencontrera de multiples dangers.
Dans les derniers jours de la Seconde Guerre mondiale, le Mount Kyle, un cargo britannique est torpillé par un U-Boot dans le delta de l'Orénoque, un fleuve du Venezuela, et l'équipage est massacré. Murphy, simple cuistot irlandais, est l'un des deux seuls survivants avec un pilote aviateur, le lieutenant Ellis qui est grièvement blessé. Ils trouvent refuge dans une mission dirigée par le Docteur Hayden, une femme médecin quaker, auprès de laquelle est abandonné depuis le début de la guerre Louis Brezon, un ingénieur français travaillant pour une compagnie pétrolière. Ayant intercepté une conversation radio, les Allemands se présentent à la mission, abattent Ellis afin que personne ne retrouve leurs traces et détruisent la radio. Bien décidé à se venger, Murphy répare l'hydravion du lieutenant Ellis et s'en va bombarder le sous-marin. Il le rate et le U-Boot surgit afin de détruire la mission. Murphy décide alors de retrouver le U-Boot et de le couler afin de venger la mort de ses amis, quand on apprend la fin de la guerre. Mais la fin de la Seconde Guerre mondiale ne met pas fin à la colère de Murphy qui cherche ensuite toujours à se venger.
Un bateau japonais sillonne l'océan Pacifique. A son bord se trouvent trois scientifiques chargés d'étudier les fonds marins : le commandant de l'expédition, Ken Tashiro, et ses deux assistants, l'américain Perry Lawton et le français Jules Masson. Le trio embarque dans un bathyscaphe. Mais rapidement les ennuis commencent avec la formation d'un volcan au fond de la mer. Les trois hommes sont entraînés dans une faille et perdent connaissance...