Bastien, un garçon d'une dizaine d'années, de nature introvertie et solitaire, a du mal à communiquer avec son père depuis la mort de sa mère. Un matin, avant de partir à l'école, son père lui demande d'arrêter d'être dans la lune, et d'avoir les pieds sur terre.
En Roumanie en avril 1941, une troupe de soldats allemands investit un petit village et prend possession de sa vieille forteresse bien que son gardien mette en garde l'officier commandant la troupe sur une présence surnaturelle en son sein.
Un Golem, être de terre glaise, est façonné puis animé par le Maharal, il est celui qui devra sauver le peuple juif. Apprentissage enfantin dans un corps démesuré crée une acclimatation difficile: le Golem est rejeté par le reste du Ghetto si bien qu'il le fuira. Une fois dehors, une fillette vient dans ses bras et arrache innocemment l'étoile fixée sur sa poitrine, celle qui avait le pouvoir de le maintenir en vie.
Dans le Prague du XVI siècle, le rabbin Loew, à la fois philosophe et magicien, qui a vu dans les étoiles l'annonce d'un grand danger pour les Juifs, fabrique une statue d’argile dans laquelle il place le précieux « mot de vie », le tétragramme sacré du nom de Dieu, pour sauver le peuple juif. Il donne alors vie à une colossale statue de glaise, le Golem. Le Golem a une force prodigieuse mais il ne doit s'en servir que pour une mission pacifique. Peu de temps auparavant, l'empereur Rodolphe II a publié un décret intimant aux Juifs de quitter la ville séance tenante. Au même moment, la fille du rabbin, Myriam, tombe amoureuse de Florian, un courtisan et messager de l'empereur.
Les Juifs de Prague sont écrasés sous le joug du chancelier Lang, un juif qui a renié sa foi, et qui exerce le pouvoir pendant que l'empereur Rodolphe II s'adonne à la débauche. Le rabbin Loew a autrefois créé le Golem, créature d'argile à la force surnaturelle, qui dort au fond d'un grenier. Un jeune rabbin, qui connait le secret, va lui redonner vie pour sauver son peuple.
Athanase Pernath (André Reybaz) est tailleur de gemmes dans le ghetto de Prague. Malgré lui, il va être mêlé à la vie de ses voisins. Les histoires de famille, d’escroqueries, de jalousies et de vengeances vont conduire Pernath en prison, alors que plane sur la ville la menace du Golem, ce monstre créé par un rabbin, qui se réveille tous les trente-trois ans.