Après avoir été l’un des meilleurs pilotes de chasse de la Marine américaine pendant plus de trente ans, Pete “Maverick" Mitchell continue à repousser ses limites en tant que pilote d'essai. Il refuse de monter en grade, car cela l’obligerait à renoncer à voler. Il est chargé de former un détachement de jeunes diplômés de l’école Top Gun pour une mission spéciale qu’aucun pilote n'aurait jamais imaginée. Lors de cette mission, Maverick rencontre le lieutenant Bradley “Rooster” Bradshaw, le fils de son défunt ami, le navigateur Nick “Goose” Bradshaw. Face à un avenir incertain, hanté par ses fantômes, Maverick va devoir affronter ses pires cauchemars au cours d’une mission qui exigera les plus grands des sacrifices.
Le film relate les six premiers mois de la guerre du Pacifique entre le Japon et les États-Unis. Il se focalise du côté américain autour des pilotes du porte-avion USS Enterprise (CV-6) et de l'officier de renseignement Edwin T. Layton.
Après les attentats du 11 septembre 2001, une équipe composée d'agents de la CIA et des forces spéciales américaines, menées par le capitaine Mitch Nelson, est envoyée en Afghanistan. Ils collaborent avec le général afghan Abdul Rachid Dostom pour tenter de démanteler les talibans.
L'unité de Darren Turner, un aumônier de l'armée américaine dont la vie est entièrement consacrée au service de Dieu, est envoyée en Irak . Malgré le désir de rester en contact avec leurs proches, les dures réalités de la guerre pèsent chaque jour sur le déploiement prolongé du bataillon. Lorsqu'il rentre chez lui, Darren retrouve sa femme Heather et ses trois enfants, mais le retour tant attendu des soldats est très différent de ce que prévoyaient leurs familles. Les Turners doivent décider s'ils sont prêts à faire face à une autre bataille: la lutte pour sauver leur mariage.
En Bosnie-Herzégovine, une équipe de Navy SEALs découvre un trésor au fond d'un lac. Ils décident de le remonter à la surface pour le restituer aux habitants locaux démunis. Mais l'ennemi les a repérés et ils n'ont que quelques heures pour réussir leur opération.
Megan Leavey est un ancien caporal du corps des marines américain qui a servi en tant que maître-chien de la police militaire. Elle a été jumelée avec un chien de travail militaire Rex (E168). La binôme a servi deux déploiements en Irak, à Falloujah en 2005, puis à Ramadi en 2006, où ils ont tous deux été blessés par un engin explosif improvisé. Leavey a reçu le Purple Heart et la Navy and Marine Corps Achievement Medal avec un insigne "V" désignant l'héroïsme au combat.
En 2003, en pleine guerre d'Irak, un groupe de soldats américains ont pour mission de réparer une station de pompage d'eau dans la banlieue de Bakouba, détruite par les bombes américaines. Matt Ocre, soldat inexpérimenté, découvre les mauvaises conditions de vie de la population locale, ainsi que leur colère.
Au Kenya, alors qu’une invasion extraterrestre de masse ravage le monde et qu’un déluge de feu est sur le point de l'anéantir, un soldat des forces spéciales américaines souffrant d'ammésie, Bo, rencontre une femme française humanitaire. Au cœur de ce conflit apocalyptique entre les hommes et les aliens, ils résistent ensemble pour livrer une dernière bataille et sauver la Terre.
Ce film fait suite au premier.
Depuis 20 ans les nations du monde ont travaillé ensemble sur un important programme de défense colossal fondé sur la technologie extraterrestre récupérée lors de la première invasion sous la supervision de David Levinson qui est désormais le directeur de la défense spatiale. Les forces armées de la Terre comptent maintenant des chasseurs équipés de canons lasers, des satellites de défense et des bases de défenses sur la Lune et sur Rhéa équipées des mêmes super lasers utilisés par les extraterrestres pour détruire les villes dans le premier opus.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, un navire de la Marine américaine est coulé par un sous-marin japonais, laissant 900 membres d'équipage échoués dans les eaux infestées de requins.
Septembre 1950, la guerre de Corée fait rage. Pour contrer l'offensive nord-coréenne, le général MacArthur organise un débarquement sans précédent sur la plage d'Incheon. Sur place, huit soldats infiltrés dans les rangs nord-coréens ont pour mission de voler les plans de bataille afin de déclencher l'attaque. L'opération Chromite est lancée, dont l'enjeu fut de chasser les Nord-Coréens qui ont envahi le port sud-coréen, et le cours de l'histoire est sur le point de changer.
La Terre subit une invasion extraterrestre. les humains nomment les extraterrestres « les Autres ». Le plan d'invasion des Autres pour s'approprier la Terre se déroule en plusieurs étapes. Les « Vagues » correspondent aux différentes étapes. La première vague est une impulsion électromagnétique qui détruit toute source électrique et les composants électroniques. Cassie Sullivan, est une américaine de 17 ans. Elle a un frère Sammy plus jeune. La deuxième vague est un gigantesque tremblement de terre provoquant des tsunamis et des tempêtes détruisant les infrastructures et les villes. La troisième vague est une épidémie mondiale dérivée de la grippe aviaire. La mère de Cassie, infirmière, tente de secourir les malades infectés. Elle est contaminée et meurt. Après avoir enterré sa femme, le père de Cassie décide de quitter leur maison pour aller se réfugier dans un camp de survivants dans la forêt. Le père de Cassie lui donne un pistolet pour qu'elle puisse se défendre. Un détachement de l'armée arrive au camp. Le colonel annonce que la quatrième vague de l'invasion des Autres pour exterminer les humains survivants a débuté. Les soldats vont emporter les enfants dans des bus vers une base militaire pour les mettre en sécurité, puis reviendront chercher les adultes. Dans le bus, Sammy s'aperçoit qu'il a oublié son ours en peluche. Cassie descend du bus, retourne en courant dans la tente, récupère le nounours de Sammy sur son lit et retourne vers le bus. Le bus démarre. Cassie court après le bus en vain. Le colonel fait réunir les adultes dans une salle et leur explique que les Autres ont pris possession de certains humains.
Le 11 septembre 2012, soit 11 ans jour pour jour après les attentats du 11 septembre 2001, des terroristes attaquent la mission diplomatique des États-Unis et une base de la CIA à Benghazi, en Libye. Quatre Américains sont tués, dont l'ambassadeur des États-Unis en Libye J. Christopher Stevens. Cette attaque est repoussée par six agents de sécurité, Jack Silva, Tyrone « Rone » Woods, Mark « Oz » Geist, Kris « Tanto » Paronto, Boon et John « Tig » Tiegen.
Douze mystérieux vaisseaux extraterrestres apparaissent subitement à différents endroits du monde (États-Unis, Venezuela, Groenland, Royaume-Uni, Sierra Leone, Soudan, Russie (Sibérie et mer Noire), Pakistan, Chine, Japon, Australie), stationnés à quelques mètres au-dessus du sol ou de l'océan. L'armée américaine les surnomme « coques » à cause de leur forme singulière, oblongue et lisse. Les buts des extraterrestres et le choix des sites échappant à toute logique humaine, l'experte en linguistique comparée Louise Banks est recrutée par l'armée pour établir le contact et, surtout, connaître leurs buts. En apprenant leur langue écrite en cercle, Louise apprend à courber le temps, et donc à obtenir la capacité d'agir dans le présent pour avoir une action future qui devient passée, qui influe donc sur son besoin présent, via le passé.
Le major Thomas Egan est un ancien pilote de chasse aujourd'hui reconverti en pilote de drone de combat. Quand il ne combat pas les Talibans depuis sa base à Las Vegas, il est chez lui où il se querelle avec sa femme Molly et ses enfants. Alors qu'il développe un trouble de stress post-traumatique, Thomas remet sa mission en question : ne crée-t-il pas plus de terroristes qu’il n'en extermine ?