Tout remonte à un an auparavant, lorsque Chicken Little, un petit poulet de Oakeys Oaks, déclenche la panique en ville en sonnant la cloche de l'école en affirmant que le ciel s'écroule. Lorsque tout s'arrête enfin, Chicken Little guide les habitants de la ville vers le vieux chêne, en leur disant qu'il a reçu sur la tête un bout de ciel qui avait la forme d'un panneau de Stop ; mais lorsque son père, ex-champion de baseball, arrive, il déclare que son fils a reçu un gland sur la tête.
Dans sa garçonnière londonienne, Roger Radcliff, un musicien célibataire, compose au piano tandis que son dalmatien Pongo paresse au bord d'une fenêtre. Le désordre règne dans la maison. À la fenêtre, Pongo regarde les femmes passer avec leur chien en espérant trouver deux compagnes — une pour son maître et une pour lui — quand il aperçoit une belle dalmatienne, Perdita, conduite par une jeune femme prénommée Anita. Pour tenter de les retrouver, il incite son maître à sortir au parc, sous prétexte qu'il est 17 heures passées.
Un jour, Horton l'éléphant croit entendre un appel au secours provenant d'un grain de poussière flottant dans les airs. Dès lors, il est convaincu qu'une certaine forme de vie peuple ce grain de poussière même s'il ne peut la voir. En effet, la cité de Zouville et ses microscopiques habitants, les Zous, sont en grand danger !
Théo est un jeune escargot qui n'a qu'une seule envie : devenir le mollusque le plus rapide du monde et affronter les plus grands pilotes lors d'une course automobile, dont son idole, le célèbre Guy La Gagne. Cependant, Théo travaille dans un chantier de récolte de tomates, bien loin de l'odeur de la gomme brulée, et son obstination pour la course provoque la moquerie de ses compagnons de travail. Chet, le frère de Théo, subit jour après jour la passion de Théo, étant tenu responsable pour toutes ses maladresses.
Dans la forêt, alors que le jour se lève, un oiseau bleu annonce à toute la forêt la naissance d'un petit prince. Dans un bosquet d'arbustes, une biche de l'espèce des cerfs de Virginie vient de donner naissance à un faon. Réveillé par sa mère, ce dernier dit bonjour à tous les animaux regroupés en cercle autour de lui. Un jeune lapin, Panpan, remarque que le faon cherche à se mettre sur ses pattes mais qu'il trébuche et tombe contre sa mère. Comme le fait remarquer le hibou, il manque de sommeil et les animaux laissent la mère et son petit. Panpan demande le nom du faon à sa mère, elle lui répond Bambi. Au loin un cerf couronné de grands bois observe la scène.
Kenaï est un jeune homme turbulent. Désinvolte et aventurier, il attend impatiemment le jour de la cérémonie de la maturité où la chamane de son village lui remettra son totem, symbole d'une vertu qu'il devra accomplir et suivre toute sa vie. Mais alors qu'il l'imagine représenter un animal puissant, symbole de puissance ou de sagesse comme ses frères aînés Sitka et Denahi, il reçoit « l'ours de l'amour ».
Boog, un grizzly domestiqué, vit heureux avec sa bienfaitrice dans le Nord américain et participe à des spectacles près d'une petite ville sympathique nommée Timberline, à côté d'une réserve. Alors que la saison de la chasse va commencer, Boog rencontre Elliot, un cerf avec un bois cassé, qui a la fâcheuse habitude de se mettre dans des situations compliquées, et qui essaye d’échapper à Shaw, un chasseur redoutable et très irrespectueux. Elliot met Boog dans le pétrin en saccageant un soir une boutique de la ville alors qu'il n'essayait que de s'amuser avec Boog. Il le fit une deuxième fois lors d'une des représentations de Boog qui allait justement commencer alors qu'il ne cherchait qu'à échapper à Shaw au même moment, et entrant dans les coulisses de la scène, le cerf tombe sur Boog , fâché envers lui depuis leur dernière rencontre. Derrière le rideau, Boog essaie d’attraper Elliot pour le jeter dehors, mais les spectateurs voient leurs ombres à travers le rideau et pensent à cause du jeu d'ombre assez trompeur que Boog est en train de tuer Elliot. Les deux sont anesthésiés et emmenés en forêt. Boog découvre alors la nature avec une grande peur due à sa séparation avec la civilisation, surtout en rencontrant les habitants de la forêt. Cependant, avec la saison de chasse qui débute et Shaw à leurs trousses bien décidé à éliminer les deux compères, Boog, Elliot ainsi que tous les habitants de la forêt doivent s'unir afin de sauver leurs vies.
Une "fièvre végétarienne" intense règne dans la petite ville de Wallace et Gromit, et l'ingénieux duo a mis à profit cet engouement en inventant un produit anti-nuisibles humain et écolo, qui épargne la vie des lapins. L'astuce consiste simplement à capturer, à la main, un maximum de ces rongeurs et à les mettre en cage. A quelques jours du Grand Concours Annuel de Légumes, les affaires de Wallace et Gromit n'ont jamais été aussi florissantes, et tout irait pour le mieux dans le meilleur des mondes, si un lapin-garou géant ne venait soudain s'attaquer aux sacro-saints potagers de la ville. Pour faire face à ce péril inédit, l'organisatrice du concours, Lady Tottington, se tourne vers nos deux "spécialistes" et leur demande d'appréhender le monstre.
À Paris, en 1910, une chatte nommée Duchesse vit avec ses trois chatons, Marie, Toulouse et Berlioz, dans la demeure d'une ancienne chanteuse d'opéra, Adélaïde Bonnefamille. Cette riche vieille dame décide de faire son testament avec l'aide de son vieil ami avocat, Georges Hautecourt. Comme elle n'a pas de famille vivant, avec ses dernières volontés, elle lègue désormais toute sa fortune à ses chats et stipule que sa fortune leur appartiendra jusqu'à leur mort puis ira au majordome de la maison, Edgar. Ce dernier apprend la nouvelle par hasard grâce à un tube acoustique qui relie sa chambre à la pièce où se situent Madame Bonnefamille et son avocat. Pensant que les chats vont lui survivre, et très déçu de passer après eux dans le testament, Edgar décide alors de hâter la procédure en se débarrassant définitivement de toute la famille féline.
Yi, une jeune fille chinoise, trouve un jeune yéti magique, qu'elle nomme Everest, et l'aide à retrouver sa famille. Pendant leur quête, ils doivent surmonter leurs plus grandes peurs tout en voyageant à travers différentes dimensions, accompagnés de leurs amis, Jin et Peng.
Roddy est une souris domestique vivant en solitaire dans un appartement luxueux du quartier aisé de Kensington, à Londres, où il aime vivre comme un membre de la jet set.
Dans sa colonie de fourmis, Z est un ouvrier. Il se sent "insignifiant" jusqu'au jour où il rencontre par hasard la princesse Bala. Dans l'espoir de la revoir, il échange sa place avec son ami Weaver, un soldat.
Une jeune orpheline nommée Penny a été kidnappée et enfermée dans un bateau à aube abandonné du Bayou du Diable. Un jour, elle jette à la mer une bouteille contenant un message de détresse et qui est découverte par la SOS Société, une organisation internationale de souris qui a élu domicile dans les caves du bâtiment des Nations unies. Miss Bianca, une souris blanche déléguée de Hongrie, se porte volontaire au secours de Penny. Après un temps d'hésitation, le président de la SOS Société suggère de lui adjoindre un coéquipier. Ne sachant qui choisir entre les différents délégués masculins prêts à l'accompagner, Bianca choisit finalement à la surprise générale Bernard, le concierge balbutiant atteint de triskaïdékaphobie.
Pendant le générique de début, une voix off explique que toute chose dans le monde, peu importe sa taille (infiniment petite ou grande) est connectée. Ce film est la suite du premier opus : on retrouve les mêmes personnages plus tard. Mumble et Gloria ont désormais un fils, Erik, qui comme son père avant lui, ne parvient pas à s'adapter dans cette colonie de manchots, n'ayant quasiment aucun rythme et aucun sens de la musique ou de la danse. L'aventure à proprement parler commence lorsque Ramon, en mal d'amour, décide de rentrer chez lui, en Terre Adélie. Il est suivie par Erik, Atticus et Boadicea, trois enfants manchots. Découvrant leur disparition, Mumble part à leur recherche.
Tout commence dans une ferme du Far-West remplie de joie et de bonheur. Maggie, une vache de concours est recueillie à la fermière Pearl Gasner. Jusqu'au jour, où le shérif Sam Brown lui annonce que les taxes vont augmenter. Si Pearl n'a pas la somme d'argent nécessaire, la ferme et ses animaux devront être vendus aux enchères.