Un tout jeune manchot empereur apprend à vivre dans l'environnement hostile de l'Antarctique, sous le regard de son père qui veille sur les premiers mois de sa vie.
L'océan recouvre plus de 70 % de la Terre et lui donne sa couleur et son surnom : la planète bleue. Nous découvrons ces merveilleux fonds sous-marins accompagnés d'un jeune dauphin surnommé Blue qui nous guide au cœur du monde aquatique et nous fait découvrir des créatures étranges, merveilleuses, fantastiques évoluant dans un équilibre fragile. L'espèce du dauphin est fortement mis en avant en montrant notamment le lien fort qui existe entre une mère et son petit. La baleine à bosse ainsi que les différentes barrières de corail sont également des éléments essentiels du film.
L'apnéiste Lena Sato est enceinte. Elle poursuit cependant son activité, nageant auprès de plusieurs cétacés qui semblent sentir la présence de l'enfant à venir.