Amphitryon, roi de Thèbes, marié à la reine Alcmène, devient de plus en plus violent et sauvage. Alcmène ne ressent plus rien pour son époux et va prier auprès de la déesse Héra. Celle-ci sort de sa représentation et informe Alcmène que bientôt, Zeus et cette dernière auront un enfant qui s'appellera Hercule. Quelques jours plus tard, Zeus descend de l'Olympe, mais ne prend pas la forme humaine : il est invisible. Le rapport sexuel que Zeus et Alcmène ont ensemble est découvert par Amphitryon qui lui, veut condamner Alcmène à mort mais il ne peut pas. Neuf mois plus tard, Alcmène accouche. Amphitryon, sachant que cet enfant n'est pas de lui, l'appelle Alcide et informe sa femme qu'il n'aura jamais sa sur le trône et que Iphiclès (fils aîné du roi et de la reine) sera son seul et unique héritier. Vingt ans plus tard, Hercule tombe amoureux de la princesse de Crète. Iphiclès et Amphitryon s'allient ; le roi donne pour épouse à Iphiclès la princesse de Crète et envoie Hercule.
Mi-homme mi-légende, Hercule prend la tête d’un groupe de mercenaires pour mettre un terme à la sanglante guerre civile qui sévit au royaume de Thrace et replacer le roi légitime sur le trône. Âme tourmentée depuis la naissance, Hercule a la force d’un dieu mais ressent aussi les peines et les souffrances d’un mortel. Sa puissance légendaire sera mise à l’épreuve par des forces obscures.
L'histoire se déroule dix ans après les événements du Choc des Titans. Persée est redevenu un simple pêcheur et élève seul son fils de dix ans, Héléos, après la mort de sa femme Io quelque temps auparavant. Pendant ce temps, le manque de dévotion des humains affaiblit les dieux de l'Olympe, qui sont sur le point de perdre le contrôle des monstrueux Titans, en particulier de leur chef, Cronos, vaincu et enfermé dans le Tartare par Zeus, Hadès et Poséidon dans un passé lointain. Reprenant ses complots contre Zeus, Hadès passe un pacte avec le dieu de la guerre, Arès, et Cronos en personne. Tous trois parviennent à capturer Zeus et à l'enfermer dans les Enfers. Les Titans libérés sèment la désolation dans le monde. Persée est alors contraint de sortir de sa retraite ; avec l'aide d'Andromède, d'Agénor fils de Poséidon, et du dieu Héphaïstos, il se met en devoir de libérer Zeus et de sauver l'humanité.
Le roi de Crète, Hypérion (Mickey Rourke), sert les desseins maléfiques de ses ancêtres les Titans, les ennemis de toujours des dieux de l'Olympe. Ses armées sèment la désolation en Grèce et sont à la recherche du légendaire Arc d’Épire, une arme au pouvoir considérable. Le possesseur de l'arme serait capable de libérer les Titans du Tartare où les dieux les ont emprisonnés jadis. Hypérion est déterminé à trouver l'arc et à libérer les Titans pour renverser les dieux de l'Olympe.
Aux premiers temps du monde, les dieux de l'Olympe supplantèrent leurs créateurs, les Titans, grâce à l'aide du kraken créé par Hadès. Zeus, Poséidon et Hadès se partagèrent alors le monde, et Hadès, trompé par Zeus, fut relégué dans le monde souterrain.
En des temps pré-homériques, dans une île grecque, quelque part en mer Égée, Minor, un orphelin dépourvu du sens de la parole, vit dans la porcherie d'un village, avec une truie, qui l'a adopté lorsqu'il était enfant. Cet être innocent, mi-homme, mi-cochon, attiré par Clytia - la fille du Patriarche de la communauté, et fiancée du poète Karkos -, est l'objet de moqueries et de brimades de la part des villageois. Puni par la communauté pour s'être défendu en mordant la bouchère, Minor part un jour explorer la forêt mythologique de l'île, à laquelle les mortels n'ont, en principe, pas accès. Il y rencontre le dieu Pan, qui préfère qu'on l'appelle Satyre, et qui l'initie, à sa manière, à certaines pratiques de ces temps païens. De retour parmi les villageois, à l'occasion de la cueillette des olives, Minor tombe de l'arbre où il était perché pour observer Clytia, et se tue. Laissé pour mort, il ressuscite toutefois, une fois la nuit tombée, et retrouve l'usage de la parole. Dès le lendemain, les villageois, interloqués par cette résurrection et cette nouvelle capacité de l'homme-cochon à parler, témoignent aussitôt un respect craintif à l'égard de Minor, qui se révèle, pour sa part, doué d'un grand sens de l'éloquence. À la suite d'une vision hasardeuse du devin du village, Cataractos, vision qui coïncide avec l'atterrissage d'une colombe - oiseau sacré - sur la tête du ressuscité, Minor est proclamé roi de la communauté, et va prendre conseil auprès de Satyre pour gouverner.
Vers l'an 1250 av. J.-C., Agamemnon, roi ambitieux de Mycènes, tente de fédérer la Grèce, en utilisant notamment la force d'Achille malgré son aversion envers ce dernier, imprévisible et indépendant. Son frère Ménélas, roi de Sparte, fait la paix avec Troie dont les deux princes, Hector et Pâris, fils du Roi Priam sont ses invités. Mais Pâris a une aventure avec Hélène de Sparte, la femme de Ménélas, qui décide de partir avec lui. Furieux, Ménélas demande aide à son frère Agamemnon qui y voit son intérêt : prendre la ville de Troie et contrôler ainsi toute la mer Egée. Les deux rois persuadent tous les dirigeants grecs de les suivre, notamment Ulysse, le seul à pouvoir convaincre Achille de rejoindre cette guerre. Le guerrier sait par sa mère qu'il mourra à Troie mais que sa gloire sera éternelle.
Intitulé Race for Atlantis dans son appellation originale, le film dure environ 4 minutes. Entièrement réalisé en images de synthèse, il s'agit d'une course de chars volants, se déroulant tous les mille ans, sous l'œil de Poséidon, dans la mythique cité de l'Atlantide. Les champions sont appelés de toutes les régions de l'empire. Le char dans lequel les spectateurs sont « embarqués » doit remporter la course en passant à travers l'anneau d'arrivée, afin de sauver la cité de la destruction. Le diabolique char Ghastlius oppose une forte résistance et ne recule devant rien pour gagner.
L'histoire se déroule dans la Grèce antique, après l'emprisonnement des Titans dans le Tartare par Zeus. Le roi des dieux et sa femme Héra, ont un fils qu'ils nomment Hercule. Alors que tous les dieux olympiens fêtent sa naissance, Hadès convoite la place de son frère Zeus en tant que souverain de l'Olympe. Demandant de l'aide aux Moires, ces dernières lui apprennent que dans dix-huit ans, l'alignement des planètes lui permettra de faire ressurgir les Titans pour conquérir l'Olympe, mais que Hercule est capable de renverser ce plan. Hadès envoie alors ses sbires Peine et Panique pour éliminer Hercule. Les deux démons arrivent à kidnapper l'enfant et à le faire boire une potion qui permet de le rendre mortel, mais deux mortels, Amphitryon et Alcmène, trouvent le bébé avant qu'ils ne boivent la dernière goutte du breuvage, gardant alors sa force herculéenne.
Le film est accompagné par une narration en voix off ; les personnages eux-mêmes ne parlent pratiquement pas. Achille est attiré depuis longtemps par son compagnon d'armes Patrocle sans bien s'en rendre compte. Lorsque le prince troyen Pâris enlève Hélène, reine de Sparte, Achille et Patrocle se joignent à l'armée conduite par Agamemnon et Ménélas pour assiéger Troie et réclamer Hélène. Achille est le meilleur héros des Achéens. Patrocle est attiré par lui, mais Achille repousse d'abord ses avances. Tous deux incarnent Pâris et Hélène dans une représentation théâtrale relatant les événements à l'origine de la guerre ; mais au cours de la représentation, Achille se rend compte que Patrocle l'attire.
Tout semble paisible au royaume des Dieux. Zeus, satisfait du travail effectué par son fils, coule aujourd’hui des jours heureux… Bien entendu, cela ne dure pas et quatre Divinités lui volent ses sept éclairs magiques, rompant ainsi l’équilibre de l’univers. Blessé par une telle félonie, Zeus décide d’avoir recours une nouvelle fois à Hercule pour retrouver les précieuses reliques, rétablir l’ordre et repousser le mal.
Acrisius, roi d'Argos, jette à la mer dans un cercueil de bois sa fille Danaé et le fils de celle-ci, Persée, encore au berceau (on avait prédit que l'enfant serait fatal à Acrisius). Zeus, le père de Persée, ordonne à son frère Poséidon, roi de la mer, de libérer le Kraken pour détruire Argos, ce qui réalisera ainsi la prédiction sur Persée. Danae et Persée au contraire sont amenés sains et saufs sur l'île de Sérifos.
Médée est la fille d'un roi qui règne sur un peuple barbare et cruel dans une contrée sauvage et lointaine. Les sacrifices humains y sont un rite en usage, sous l'œil d'une toison de bélier en or qui fait figure de totem sacré.