Trois ans après les événements du parc Jurassic World, les dinosaures, redevenus les maîtres d'Isla Nublar, se retrouvent soudainement menacés d'extinction lorsque le volcan de l'île, jusque là endormi, s'apprête à entrer en éruption. L'ancienne dirigeante du parc Claire Dearing, qui préside dorénavant une association pour la protection des dinosaures, se bat pour sauver les derniers dinosaures de la planète. Tout le monde lui tourne le dos jusqu'à ce qu'un dénommé Benjamin Lockwood, ancien collègue et ami de John Hammond, la contacte pour soutenir son projet. Celui-ci lui propose d'aller sauver les animaux piégés sur Nublar et de les amener dans un « sanctuaire » spécialement créé pour les protéger, loin des humains.
Désespéré depuis la mort de son épouse et de ses trois enfants dans un accident de voiture, le neurologue Will Foster, qui était sur le point de réussir à transférer la conscience humaine dans la mémoire d'un ordinateur, demande à un ami scientifique de l'aider à les cloner à partir de leurs cadavres pour en faire des répliques et transférer leur conscience à l'intérieur. Mais ce dernier lui apprend que seules trois victimes peuvent être dupliquées. Alors que le gouvernement et la police s'opposent à cette expérience, Will doit faire face un choix impossible en sélectionnant ses proches qu'il veut cloner. Et quand les clones reviennent à la vie, animés par la conscience des défunts, la découverte de leur nouvelle réalité est un choc et tout ne se passe pas comme prévu.
À la suite des précédents évènements, l'humanité vacille après qu'Alice a été trahie par Albert Wesker à Washington D.C.. En tant que dernière survivante de ce qui devrait être le dernier rempart de l'humanité face aux hordes de zombies, Alice doit retourner là où le cauchemar a commencé, à Raccoon City, où Umbrella Corporation rassemble ses forces pour un dernier assaut sur les derniers survivants de l'Apocalypse.
En rachetant la société de biotechnologie InGen, le milliardaire Simon Masrani a rendu possible le rêve de John Hammond : l'ouverture d'un gigantesque parc d'attractions centré sur l'exposition de dinosaures vivants, clonés à partir de leur ADN fossilisé dans lʼambre.
Une organisation appelée le Syndicat projette de fabriquer génétiquement des agents surpuissants, capables de tuer n'importe qui. Pour ce faire, ils veulent retrouver le scientifique ukrainien qui est à l'origine des premiers agents, vingt-cinq ans auparavant. Dans ce but, ils essayent de mettre la main sur la fille du scientifique. L'agent 47, envoyé par la mystérieuse Diana, est là pour empêcher la création de ces nouveaux surhommes.
2077 : Jack Harper, en station sur la planète Terre dont toute la population a été évacuée, est chargé de la sécurité et de la réparation des drones. Suite à des décennies de guerre contre une force extra-terrestre terrifiante qui a ravagé la Terre, Jack fait partie d’une gigantesque opération d’extraction des dernières ressources nécessaires à la survie des siens. Sa mission touche à sa fin. Dans à peine deux semaines, il rejoindra le reste des survivants dans une colonie spatiale sur le satellite de Saturne Titan à des millions de kilomètres de cette planète dévastée qu’il considère néanmoins comme son chez-lui.
À travers une histoire qui se déroule sur cinq siècles dans plusieurs espaces temps, des êtres se croisent et se retrouvent d’une vie à l’autre, naissant et renaissant successivement… Tandis que leurs décisions ont des conséquences sur leur parcours, dans le passé, le présent et l’avenir lointain, un tueur devient un héros et un seul acte de générosité suffit à entraîner des répercussions pendant plusieurs siècles et à provoquer une révolution. Tout, absolument tout, est lié.
Le film commence par des sous-titres expliquant qu'une grande découverte scientifique faite en 1952 a permis à l'espérance de vie humaine de dépasser les 100 ans. Par la suite, l'histoire est racontée par Kathy H., alors âgée de 28 ans, qui se rappelle son enfance à Hailsham ainsi que sa vie adulte après avoir quitté l'école.
Dans une société futuriste, le commerce des « clones » (traduit de l'anglais surrogates : un robot de substitution) est en plein développement. L'énorme majorité de la population pilote une version robotisée d'elle-même, actionnée mentalement. Pour éviter de se montrer en public, ces personnes se servent de leur « clone » pour tout faire à leur place : elles sont ainsi en grande partie immunisées contre les désagréments de la vie. Il existe pourtant des réserves, dirigées par un homme nommé « Le Prophète », où habitent des humains qui refusent d'utiliser cette technologie (Les Réfractaires).
Sam Bell est un employé de la société Lunar, entreprise d'extraction d'hélium 3. Cette ressource-clef répond à la crise énergétique grandissante sur Terre tout en fournissant une énergie propre. L'hélium 3 n'est récupérable que dans la régolithe (poussière lunaire), ce qui a imposé à Lunar de bâtir une station spatiale lunaire très automatisée dont un employé a la surveillance. Sam Bell y est en poste avec pour seul compagnon Gerty, un ordinateur mobile polyvalent doté de la parole. Arrivant à la fin de son contrat de trois ans, il s'apprête à achever sa longue mission en solitaire et à retrouver sa famille, mais, petit à petit, il est pris d'hallucinations.
Seul survivant de la dévastation de l'espèce humaine, Daniel 25 voit sa vie changer du tout au tout lorsqu'en suivant des messages qu'il reçoit sur son ordinateur, il découvre qu'il existe une survivante, comme lui.
Après les évènements de Resident Evil: Apocalypse et l'accident de Raccoon City, Alice (Milla Jovovich) erre dans le désert du Nevada, à la recherche de survivants. Ces derniers sont quasi inexistants, le monde étant envahi par le virus T.
L'histoire se déroule en 2415. En 2011, un virus mortel a éliminé 99 % de la population de la Terre et, depuis lors, les survivants de l’espèce humaine habitent à Bregna, une cité-État murée dirigée par un congrès de scientifiques. Æon Flux (Charlize Theron) est un assassin, membre d'une organisation rebelle clandestine menée par The Handler : les Monicans. Ceux-ci communiquent par télépathie en utilisant des pilules.