Jacques Mayol et Enzo Molinari se connaissent depuis l'enfance, dans les années 1960. Ils ont grandi ensemble en Grèce et partagent depuis toujours leur passion pour la mer. Mais à la suite de l'accident au cours d'une plongée et du décès de son père, Jacques revient en France. Vingt ans ont passé, mais la rivalité entre les deux hommes existe toujours. Le championnat du monde d'apnée No Limit à Taormina en Sicile à la fin des années 1980 est l'occasion pour les deux hommes de se retrouver et d'explorer un monde que personne ne connaît mieux qu'eux.
Un savant et son équipe étudient le comportement des dauphins : le scientifique élève un jeune dauphin et réussit à lui enseigner des rudiments d'anglais. La communication entre cet animal doué de raison et l'homme s'engage. C'est à la fois une fascinante réflexion sur le dialogue entre l'homme et la nature, un hymne à ces animaux extraordinaires que sont les dauphins, mais aussi une réflexion sur l'influence de l'homme, la guerre, l'écologie.
Le capitaine Joy prend la mer pour apprendre le métier de baleinier à son petit-fils. L'enfant est confié au second, Lunceford, qui lui apprend les rudiments. Une profonde amitié les unit. Lorsque le grand-père sent ses forces le quitter, il confie le bateau à Lunceford et, avant de mourir, lui demande de s'occuper de son petit-fils.
C'est l'histoire de Nishi, un râté amoureux de son amie d'enfance. Après une rencontre avec la mafia japonaise, Nishi fait un aller-retour au paradis avant de se retrouver piégé dans un endroit plus invraisemblable encore.
Octobre 1988, à Barrow, une petite ville de l'Alaska. Adam Carlson est un journaliste d'une chaîne de télévision locale. Un jour, alors qu'il tourne un reportage, il remarque que trois baleines grises de Californie sont prises au piège dans les glaces de l'Arctique. La situation est critique, et elles risquent de mourir si elles ne rejoignent pas la mer. Son reportage sur les baleines remporte un vif intérêt aux États-Unis et dans le monde. Ayant vu le reportage, Rachel Kramer, militante de Greenpeace et ancienne petite amie d'Adam, se propose pour venir en aide aux trois mammifères marins.
Ishmaël , jeune marin qui rêve d'aventure, s'embarque à bord du Péquod, un baleinier. Ce navire est commandé par le capitaine Achab qui est mû par une unique obsession : il veut absolument tuer Moby Dick, un cachalot blanc, qui lui a fait perdre sa jambe. Achab entraînera ainsi son équipage à le suivre à travers toutes les mers, à la poursuite du monstre mais aussi de son propre destin.
L'action de Orca se déroule à Terre-Neuve. Le capitaine Nolan est un pêcheur qui vend ses plus grosses prises aux aquariums les plus offrants. Un jour, il croise la route de Rachel, une biologiste marine, sur le point de se faire attaquer par un grand requin blanc. Nolan fait monter Rachel à bord de son bateau, mais Ken, son assistant, tombe à l'eau. Sur le point de se faire dévorer par le requin, Ken est sauvé in-extremis par une orque qui attaque et tue le requin.
Paikea nait le jour de la mort de sa mère, qui emporte avec elle le jumeau de Pai, qui porte le prénom d'un ancêtre des Maoris, venu de la mer à dos de baleine. Selon la coutume maori, c'est le premier descendant mâle de la famille qui prend la tête du clan. Or, le seul descendant de la famille est Paikea, une fille, ce qui représente une immense déception pour son grand-père.
Dans un petit village, un vieux sculpteur sur bois nommé Geppetto vit seul avec son chat Figaro et Cléo, un poisson rouge. Fabricant de jouets, il crée une marionnette qu'il baptise Pinocchio. Son souhait le plus cher, n'ayant pas d'enfant, est que cette marionnette devienne un vrai petit garçon. Durant la nuit, son vœu est réalisé par une bonne fée nommée la Fée bleue, qui donne vie à la marionnette. Celle-ci propose à Pinocchio un marché : il ne deviendra un vrai petit garçon qu'à la condition qu'il se montre digne de l'être. Jiminy Cricket, un grillon ayant trouvé refuge chez Geppetto pour y passer la nuit, se voit attribuer la tâche d'être la bonne conscience du pantin pour l'empêcher de mal agir. En récompense, il demande à être gratifié d'une médaille. Mais la tâche de Jiminy s'avère compliquée.
Pour la suite du monde traite de la vie des habitants de l'Isle-aux-Coudres et de leur traditionnelle pêche au « marsouin » (le nom local pour désigner le béluga). Les cinéastes ont amené les personnages du film à reconstituer une véritable chasse au marsouin, abandonnée depuis 1924, en mobilisant toutes les générations. Les évènements qui se déroulent dans le film sont donc à la fois joués (bien que chaque séquence n'est tournée qu'une seule fois) et vécus.
Willy est une orque mâle, capturée puis vendue à un delphinarium, le Northwest Adventure Park, pour y être dressée et exploitée. Jesse, préadolescent abandonné par sa mère, rebelle à l'autorité et fugueur, est arrêté pour vandalisme au cours d'une fugue et placé dans une famille d'accueil qui désire l'adopter. Il doit nettoyer ses graffitis au delphinarium et y fait la rencontre de Willy. Jesse parvient rapidement à se faire accepter de Willy, qui devient son meilleur ami. Jesse devient même dresseur mais l'animal ne coopère pas au spectacle qu'on attend de lui. Dès lors le propriétaire du parc va tenter de s'en débarrasser.
Deux ans après avoir sauvé l'orque Willy, Jesse est maintenant un jeune adolescent qui va devoir gérer l'arrivée de son demi-frère Elvis et gérer la disparition définitive de sa mère biologique.
Jesse est maintenant devenu un adolescent, tandis que l'orque Willy a fondé sa propre bande et coule des jours heureux dans le Pacifique, le long de la côte nord-ouest américaine. Menacé par des chasseurs, Willy pourra une fois encore compter sur l'amitié de Jesse et l'aide de Max, le fils de l'un de ces chasseurs pour échapper aux dangers qui planent sur lui et sa bande.
Kirra Cooper se voit contre son gré obligée de quitter l'Australie pour rejoindre son grand-père en Afrique du Sud. Là-bas, elle découvre un bébé orque, échoué dans un lagon proche du parc d’attraction de son grand-père. Elle le nomme “Willy” et décide d’aider l'orque à retrouver son groupe. Cependant, un rival de son grand-père veut capturer l'animal pour en faire un spectacle très lucratif dans son parc concurrent.