Jesse est maintenant devenu un adolescent, tandis que l'orque Willy a fondé sa propre bande et coule des jours heureux dans le Pacifique, le long de la côte nord-ouest américaine. Menacé par des chasseurs, Willy pourra une fois encore compter sur l'amitié de Jesse et l'aide de Max, le fils de l'un de ces chasseurs pour échapper aux dangers qui planent sur lui et sa bande.
Le film suit les pérégrinations de Ric O'Barry, ancien dresseur de dauphins devenu activiste, qui enquête sur la chasse au dauphin à Taiji (Wakayama) au Japon.
Alyssa, une jeune fille de 14 ans, a perdu sa mère. Elle vit depuis un an chez sa grand-mère mais est envoyée chez son père Hawk, dont elle ignorait l'existence. Ce dernier est un chercheur et s'occupe d'une réserve naturelle de dauphins dans les Bahamas. L'arrivée d'Alyssa tombe on ne peut plus mal pour celui-ci : il doit défendre son centre de recherche contre des politiciens véreux voulant faire un parc d'attractions touristique, et a quelques difficultés à communiquer avec sa fille.
C'est l'histoire de Nishi, un râté amoureux de son amie d'enfance. Après une rencontre avec la mafia japonaise, Nishi fait un aller-retour au paradis avant de se retrouver piégé dans un endroit plus invraisemblable encore.
En arrivant à Mingan, sur la Côte-Nord du Saint-Laurent, un couple de visiteurs aperçoit une jeune fille flottant sur la mer. Croyant venir à son secours, ils découvrent que Daphné, 24 ans, est en train d’enregistrer le chant des baleines pour un spectacle. Daphné connaît une relation exceptionnelle avec les baleines et les dauphins qu’elle comprend bien grâce à son ouïe très développée. Mais sa vie risque de basculer quand son grand-père prend la décision de vendre l’auberge du bord de mer.
Pour la suite du monde traite de la vie des habitants de l'Isle-aux-Coudres et de leur traditionnelle pêche au « marsouin » (le nom local pour désigner le béluga). Les cinéastes ont amené les personnages du film à reconstituer une véritable chasse au marsouin, abandonnée depuis 1924, en mobilisant toutes les générations. Les évènements qui se déroulent dans le film sont donc à la fois joués (bien que chaque séquence n'est tournée qu'une seule fois) et vécus.
Dans le sud du Sahara, près d'un village dévasté par la famine et la pénurie d'eau potable, une petite fille revient chez elle avec son seau d'eau. Mais par accident elle renverse le seau, dont la précieuse eau se répand sur le sol. Il lui semble alors voir apparaître en l'air l'œil d'une gigantesque créature, une baleine. En versant pour elle la dernière goutte d'eau, la créature prend forme et sillonne le ciel, redonnant vie au paysage qui verdit et se repeuple d'animaux. La petite fille, entraînée sur le dos de la baleine, monte jusqu'au ciel où elle voit bondir dans les nuages des troupeaux d'animaux africains, girafes, éléphants, rhinocéros, gazelles. La baleine redescend progressivement, puis disparaît, laissant de nouveau place au soleil aveuglant sur la steppe aride. Ce n'était qu'une apparition. La petite fille ramasse son seau vide et poursuit son trajet dans la steppe, où se dessine en creux l'image du corps d'une baleine.
Sous la poussée de forces invisibles, la banquise se brise. Les bœufs musqués courbent l'échine sous le blizzard. Les caribous galopent par milliers dans la toundra. Les ours blancs se défient. Les baleines boréales défoncent la banquise. Le narval dresse hors de l'eau son incroyable dent torsadée.
Le capitaine Joy prend la mer pour apprendre le métier de baleinier à son petit-fils. L'enfant est confié au second, Lunceford, qui lui apprend les rudiments. Une profonde amitié les unit. Lorsque le grand-père sent ses forces le quitter, il confie le bateau à Lunceford et, avant de mourir, lui demande de s'occuper de son petit-fils.
Un savant et son équipe étudient le comportement des dauphins : le scientifique élève un jeune dauphin et réussit à lui enseigner des rudiments d'anglais. La communication entre cet animal doué de raison et l'homme s'engage. C'est à la fois une fascinante réflexion sur le dialogue entre l'homme et la nature, un hymne à ces animaux extraordinaires que sont les dauphins, mais aussi une réflexion sur l'influence de l'homme, la guerre, l'écologie.
Ce film est une évocation du personnage d'Achab issu du roman d'Herman Melville : Moby Dick. Dans ce film, Achab est amoureux de Louise. L'image du corps de cette femme, objet de son désir, le hante jusque dans ses rêves, y devenant représentation du fantasme de la baleine.
Alice et Julius font partie de l'équipage d'un bateau de chasse à la baleine. Ils doivent non seulement lutter avec une baleine mais aussi avec un cuisinier au caractère difficile.
Mickey, Donald et Dingo sont des chasseurs de baleines. Donald cherche en vain une baleine et n'en trouve pas. Il sort alors un casse-croûte, qui risque d'être chapardé par de nombreux oiseaux. De son côté, Mickey essaye de vider un seau d'eau, mais l'eau revient toujours dans le seau. Donald remarque finalement une baleine. Dingo essaye de la harponner plusieurs fois, mais n'y arrive pas et prend une ancre comme harpon, qui avec sa corde, emporte Dingo. Le harpon arrive dans la glace. Dingo est au-dessus de la baleine, retenu par sa botte. Donald court à son secours, mais trop tard. Dingo tombe dans la baleine. Donald se retrouve le bec coincé dans la botte.
C'est le triste destin d'une baleine, chanteuse d'opéra, depuis sa découverte dans les mers jusqu'à sa chute le succès passé, qui tombe sous les coups de harpons d'hommes bien mal intentionnés.