Trois défenseurs des animaux se rendent dans un laboratoire afin d'en délivrer des singes soumis à d'étranges expériences sur la violence. Malgré les mises en garde d'un scientifique sur la virulence du virus de la fureur qu'on leur a injecté, ils libèrent un des singes qui, fou furieux, mord une personne. L'animal est aussitôt tué mais la victime devient enragée et se jette sur les autres. Vingt-huit jours plus tard, Jim (qui était dans le coma à la suite d'un accident) se réveille à l'hôpital St Thomas de Londres.
Quelque temps après le début de l'épidémie vue dans le film précédent, la quasi-totalité de la population du Royaume-Uni a été contaminée par le « virus de la rage ».
Mise au point dans le plus grand secret par l'armée américaine, une arme bactériologique instable décime une unité d'élite sur une île isolée et condamne le capitaine responsable de la mission à dix ans de réclusion pour négligence. A la fin de sa peine, l'homme, qui a perdu foi en tout idéal patriotique, se met en tête d'acquérir l'arme et de la vendre au plus offrant. C'était sans compter l'intervention d'un barman et d'un chauffeur de glace.
Un virus hémorragique mortel, le virus Motaba, est introduit en Californie par un singe importé du Zaïre, se propage à la vitesse de l'éclair dans la ville de Cedar Creek, menaçant ainsi le continent américain. Premier à pressentir le terrible danger, le colonel Sam Daniels se démène pour empêcher que ce virus anéantisse la totalité de la population, tandis que l'armée se prépare à raser la petite ville.
À Seattle, un groupe d'avocats attend une télé-connexion avec l'Australie pour une conférence en duplex. Bientôt, le signal est établi. Soudainement, les hommes de loi sont pris de foudroyants malaises. La mort est quasi instantanée. Nick Baldwin, un scientifique, intervient quelque temps plus tard auprès de policiers afin de les aider à maîtriser un forcené. Le dénommé Tarrance, devenu fou, raconte à Baldwin l'agonie des malheureux. Une fois arrivé à la morgue pour examiner les corps, Baldwin en arrive à la conclusion qu'un virus pourrait être la cause du décès. L'épidémie menace.
La rapide progression d’un virus mortel tue les personnes contaminées en quelques jours. Alors que l’épidémie se propage à grande vitesse, la communauté médicale mondiale tente, dans une course effrénée contre la montre, de trouver un remède et de contrôler la panique qui se répand encore plus vite que le virus : les gens se battent pour survivre dans une société qui se désagrège. Beth Emhoff, la femme de Mitch, revient d'un voyage à Hong Kong, où elle a contracté un virus. Les épidémiologistes l'identifient comme étant le patient zéro.
Un chauffeur de camion est arrêté sur une petite route par des hommes portant des tenues de protection contre les risques biologiques. Ils désinfectent son véhicule avant de le laisser passer. Peu après, il percute une chevrette qui, bien que morte, se relève.
Un terrible virus tue 90 % des habitants de l'Écosse. Pour endiguer l'épidémie, le gouvernement britannique construit un mur infranchissable autour du territoire.
Le monde est en proie à une maladie virale mortelle. Aux États-Unis, un groupe de quatre jeunes font la route jusqu'en Californie pour vivre sur la côte, dans l'espoir d'être sauvés. Mais le voyage s'annonce long et les épreuves de plus en plus dures. Sur le chemin, de nombreux dangers feront leur apparition.
En 2009, le docteur Alice Krippin trouve ce qui semblerait être un vaccin contre le cancer parfaitement efficace. Cependant, la joie est de courte durée, car, à la suite d'une erreur humaine, le vaccin, en réalité corrompu, quitte le lieu clos du laboratoire et se diffuse sur la Terre (pandémie), tuant les humains les moins résistants et faisant muter les autres, les transformant en "infectés". L'évacuation des survivants est un échec, personne ne trouvant de remède au nouveau virus qui décime l'humanité.
Lors d’une réception donnée en l’honneur des Esqueth par le Maharajah, elle revoit Tom Hansome qu’elle a connu autrefois en Angleterre et dont elle a été assez proche. Elle y fait également connaissance du Major Rama Safti, chirurgien hindou à l’hôpital de Ranchipur. Ce très bel homme à la peau claire et aux yeux bleus, qui a étudié en Angleterre et exercé à Londres, est le protégé de la Maharani qui lui destine une jeune femme de sa religion pour épouse. Il ne laisse pas Lady Edwina indifférente, mais n’est pas attiré par cette femme superficielle et volage qu’il repousse.
La mousson, d’une rare intensité, éclate peu après et le barrage construit par un escroc, cède sous les pluies diluviennes. Les inondations ravagent la Principauté, détruisant bâtiments et routes, coupant les ponts. Typhus et choléra surgissent. Et certains quartiers de la ville doivent être incendiés pour lutter contre l’épidémie.
En Inde, Tom Ransome, un haut fonctionnaire bourgeois mène une vie opulente entre ses conquêtes et son ancienne épouse Lady Edwina Esketh. Celle-ci fait la connaissance d'un jeune médecin indien, le major Rama Safti, et s'éprend de lui. La ville de Ranchipur est dévastée par un tremblement de terre, des inondations et une épidémie de peste. Lady Esketh renonce à sa vie de bourgeoise et décide de s'impliquer aux côtés des malades, tout en restant avec Rama Safti qu'elle aime profondément. Malheureusement, à la suite d'un moment d'inattention, elle est infectée par un virus. Touchée par la maladie, elle meurt. Rama Safti deviendra le souverain du royaume. Tom Ransome se liera avec une jeune missionnaire Fern.
À la suite d'un vol dans un laboratoire, les passagers du train Genève - Stockholm se retrouvent exposés accidentellement à une maladie mortelle, très contagieuse. Le colonel Stephen Mackenzie décide de mettre le train en quarantaine et de le dérouter vers un centre de décontamination. Sur le trajet, il y a un vieux pont désaffecté, le pont de Cassandra, dont les autorités ignorent s'il est capable de supporter le poids du train. La manœuvre n'est-elle pas délibérée ?
À Los Angeles en 1977, Robert Neville, un ex-médecin militaire, est l'un des rares survivants d'une guerre biologique entre l'Union soviétique et la Chine ayant tué la plupart de la population humaine en raison d'une épidémie mondiale qui a suivi, mais contre laquelle il était immunisé grâce à un vaccin expérimental, le 93-B71, qu'il avait fabriqué et s'était lui-même injecté.