Batman aborde une phase décisive de sa guerre au crime. Avec l'aide du lieutenant de police Jim Gordon et du nouveau procureur Harvey Dent, il entreprend de démanteler les dernières organisations criminelles qui infestent les rues de la ville. L'association s'avère efficace, mais le trio se heurte bientôt à un nouveau génie du crime qui répand la terreur et le chaos dans Gotham : le Joker. On ne sait pas d'où il vient ni qui il est. Ce criminel possède une intelligence redoutable doublé d'un humour sordide et n'hésite pas à s'attaquer à la pègre locale dans le seul but de semer le chaos.
À la fin des années 1950, le maccarthisme a forcé la plupart des super-héros de la Société de Justice d'Amérique à prendre leur retraite. De leur côté, Superman et Wonder Woman travaillent pour le gouvernement alors que Batman continue malgré tout d’œuvrer dans l'illégalité. Mais les temps changent, et tandis que de nouveaux héros sont traqués comme les anciens (Flash, Green Arrow, …) et que d'autres sont encore incertains (Hal Jordan, Martian Manhunter), un danger millénaire menace l'humanité. L'Amérique va devoir faire face à ses démons…
Le jeune Bruce Wayne assiste impuissant au meurtre de ses parents. Profondément traumatisé, il grandit obnubilé par un désir de vengeance et voyage aux quatre coins du monde pour étudier la criminologie et les arts martiaux. La Ligue des ombres, une secte de guerriers ninja dirigée par Ra's al Ghul, se chargera de son entraînement physique. De retour chez lui à Gotham City, le jeune homme se charge de la gestion de Wayne Enterprises dont il est l'héritier. Opérant depuis le sous-sol du manoir familial avec l'aide de son majordome Alfred Pennyworth, Bruce Wayne se lance alors dans la lutte contre le crime sous le nom de Batman.
À l'asile d'Arkham, un prisonnier apprend au Joker et au Pingouin qu’il a dissimulé une immense fortune dans le cimetière de Gotham. Les deux criminels parviennent à s’évader dans l’espoir de mettre la main sur le trésor. Batman, lancé à leur poursuite, ne tarde pas à retrouver le Joker qui, après un combat, tombe dans la rivière et s’électrocute avec l’un de ses gadgets.
Alors que Bruce Wayne dirige un festin dans son manoir, il reçoit un appel du commissaire Gordon qui lui informe que le Joker s'est évadé une nouvelle fois de l'asile psychiatrique d'Arkham.
Robin is waiting for a big date in a restaurant. Unfortunately, Batman (who Robin desperately tries to convince not to show up, as he'll ruin everything) shows up. Batman appoints himself as the wingman of the date to help the poor Boy Wonder "score". Kate, his date, arrives at the restaurant shortly after Batman, and the Dark Knight becomes incredibly obnoxious toward her, dominating the conversation and flirting. He even tells her about when Robin was captured by the Penguin.
Artiste timide et introvertie, Patience Phillips (Halle Berry) est employée chez une compagnie de cosmétiques Hedare Beauty, prête à commercialiser un nouveau produit de beauté nommé Beau-Line, capable d'inverser les effets du vieillissement. Cependant, tandis que Patience doit aller porter un dessin en retard au directeur de la compagnie George Hedare (Lambert Wilson), elle surprend une discussion entre le scientifique Dr. Ivan Slavicky (Peter Wingfield) et Laurel Hedare (Sharon Stone), la femme du directeur, parlant de dangereux effets secondaires qui pourraient survenir avec l'utilisation à long terme de ce produit de beauté. Patience est repérée ; elle tente de s'échapper mais en s'enfuyant, elle se fait piéger dans un conduit d'évacuation, que ses poursuivants mettent aussitôt en marche. Elle est alors propulsée au dehors, dans la rivière, se noie et meurt. Par la suite, Patience est mystérieusement ramenée à la vie par un mau égyptien, et développe des capacités similaires à celles d'un chat ainsi qu'un désir insatiable de vengeance envers ceux qui l'ont tuée.
Une fausse bande annonce sur une équipe de super-héros tant attendue au cinéma : Superman et Batman se réunissent, malgré leurs différences, pour s'affronter Lex Luthor et Double-Face.
While no cohesive plot is apparent from the vignette style of the trailer, it can be pieced together that Batman has been murdered, and his killer remains at large. Dick Grayson, long since retired from his superhero days and married to Barbara Gordon with a child, decides to resume his crime-fighting days as Robin; Remarkably, Grayson does not take up the Nightwing identity. The filmmakers said they chose this because many people outside the comic book community are unfamiliar with Nightwing and they wanted to appeal to a wider audience.
Aidé par Harley Quinn, le Joker s'est évadé de l'asile d'Arkham et Batman ne tarde pas à le retrouver. Mais le Joker se fait enlever par une bête à queue squelettique, un Alien. Batman affronte ce dernier, mais voit ensuite arriver un autre combattant, un Predator.
Batman doit composer avec plusieurs de ses anciens ennemis. Cependant, une nouvelle présence nocturne vient brouiller les pistes. Batwoman, émule féminine de Batman vient compliquer le travail du Chevalier noir de Gotham City.
The piece begins with the view of the Wayne Enterprises building to which Bruce Wayne is gazing out the window during a party. He's pulled to the dance floor by three lovely young ladies. Each has their turn before Alfred rescues Bruce, who dives into a nearby elevator. When he reaches his office, he sees none other than Catwoman at the safe, looting it. Catwoman pins Bruce to the wall while she finishes robbing the safe, and makes her escape. Bruce breaks free, and heads after her as Batman.
The Riddler escapes from Arkham Asylum with the sole purpose of exacting revenge on the Dark Knight, doing so by placing one of Batman's closest allies, Commissioner Gordon, in jeopardy. With the use of the Batmobile and the Batplane (Batwing), the Caped Crusader must again defend the people of Gotham City against the question-marked villain and his gang of henchmen.
Le Sphinx et Catwoman ont volé la Batmobile. Adam West et Burt Ward mènent donc l'enquête sur leurs anciens collègues acteurs de la série Batman dans laquelle ils ont joué au milieu des années 1960, soit de 1966 à 1968.