Enfant, Bruce Wayne fuit l'enterrement de ses parents (un flash-back montre leur assassinat par un inconnu), puis tombe dans la caverne où une nuée de chauve-souris lui inspire son identité de héros. Des années plus tard, alors que Superman affronte le général Zod (événements vus dans le film Man of Steel) à Métropolis, Bruce tente de sauver des gens dans un bâtiment de Wayne Enterprises sans y parvenir complètement. Héros en activité depuis près de 20 ans à Gotham City sous l'identité de Batman, Wayne est persuadé que l'être surpuissant sera un jour la perte de l'Humanité et qu'il convient de se préparer à l'éliminer.
Barbara Gordon traque les criminels de Gotham City dans le costume de Batgirl. Une nuit, elle tente d'arrêter des braqueurs seule mais échoue ; Batman intervient et capture l'un des voleurs en fuite. Les deux justiciers identifient l'organisateur : Paris Franz, neveu du parrain du crime Lord Francesco, qu'il souhaite évincer pour prendre sa place, et qui commence à être obsédée par Batgirl. Batman demande à sa protégée de le laisser faire mais elle refuse. Quand Franz piège Batgirl en la menant vers le cadavre de Francesco, Batman lui interdit de s'impliquer dans l'affaire. Furieuse, Batgirl commence à frapper Batman et le plaque au sol avant de l'embrasser, puis ils couchent ensemble. La nuit sème la confusion dans la relation entre Batman et Batgirl. Franz se manifeste à nouveau, piégeant Batman, et Batgirl intervient mais manque de le tuer. Barbara se rend compte que Batman avait raison et abandonne son costume.
Batman doit faire face au plus grand défi de sa vie : les vacances ! Le chevalier noir accepte à contre-coeur de laisser Batgirl et Nightwing l'emmener pour un repos longtemps repoussé loin de la lutte contre le crime, laissant Gotham City sous la protection de Superman et de la Ligue des Justiciers. Rien ne se déroule comme prévu lorsque les vacances de Batman sont écourtées par des dangers provenant de son passé et des envahisseurs du centre de la Terre. Superman et les autres membres de la Ligue des Justiciers réalisent très vite la quantité de travail qu'a Batman dans sa lutte quotidienne contre le crime à Gotham.
La ville de Gotham est attaquée par la « Guerillanimale », des super-vilains « animaux » comme le Pingouin, Silverback, Cheetah, Killer Croc et Man-Bat. Batman s'unit à d'autres héros pour les stopper.
Le crime se fait rare depuis que la récente Ligue des Justiciers veille sur Metropolis. Cela rend le génie du crime Lex Luthor très en colère. Avec Black Manta, Sinestro et une bande de recrues sans pitié, Lex crée sa propre ligue et l'appelle la « Légion Maudite ».
Dans l'océan Atlantique, le sous-marin USS California capte les menaces humaines qui s'approchent du sous-marin par le sonar. Le sous-marin est attaqué et tout l'équipage est tué par les ennemis. Au S.T.A.R. Labs Le quartier général de la Ligue de Justice, Cyborg, qui a récemment reçu des améliorations environnementales dans une opération qui a remplacé son poumon restant, reçoit des nouvelles du colonel Steve Trevor, le lien pour la Ligue de Justice depuis l'invasion de Darkseid.
Damian Wayne s'est imposé comme Robin, mais il continue à se heurter avec son père Batman sur la règle de ne pas tuer les criminels. Quand il devient la cible de recrutement d'une société secrète appelée la Cour des hiboux, le duo doit faire face à sa plus grande opposition : l'autre.
Dans un univers alternatif non spécifié, la Ligue de justice est une force brutale qui maintient l'ordre sur Terre. Les membres de cette ligue sont Batman (Dr Kirk Langstrom), Wonder Woman (Bekka) et Superman (Hernan Guerra, fils du général Zod). Le manque de responsabilité de la Ligue de justice est contesté par les gouvernements du monde suite à la mort suspecte de trois scientifiques de renom: Victor Fries, qui a été vidé de son sang dans l'Arctique; Ray Palmer, qui a été coupé en deux avec une arme tranchante; et Silas Stone, qui a été brûlé vif par l'énergie de la vision thermique avec son jeune fils Victor Stone. Quand la suspicion tombe sur la Ligue de justice, la présidente Amanda Waller demande qu'ils coopèrent avec l'enquête du gouvernement. Wonder Woman parle à Steve Trevor pour apprendre ce que le gouvernement sait pendant que Superman invite Lois Lane au Quartier Général de la Ligue de justice, où il lui parle de ses objectifs pour aider l'humanité et lui révèle à quel point il connaît peu Krypton ou son héritage.
Batman a rejoint la Ligue des Justiciers qui vient de se former afin de garder un œil sur Superman, une méfiance accentuée par le mauvais (mais bien intentionné) clone de Superman Bizarro et sa création de La Ligue Bizarro, mais une menace encore plus grande oblige les deux ligues à unir leurs forces.
C'est Halloween à Gotham City. Pour fêter ça, les plus grands méchants de la ville ont tous uni leurs forces pour mettre en place une série de crimes. Batman se lance dans l'action pour les arrêter, rejoint par Green Arrow, Cyborg, Nightwing et Red Robin. Mais il semble que les méchants travaillent pour le pire d'entre eux, le Joker, qui a une surprise : un virus informatique qui fait rire tous les logiciels et qui les force à lui obéir. Est-ce que les héros peuvent arrêter le virus avant qu'il ne transforme tout Gotham en Jokerville ? Batman va-t-il trouver un moyen de battre le Joker maintenant que ses fidèles gadgets et véhicules ont succombé au virus ?
Une série d'enlèvements étranges a lieu à Gotham City et les quelques preuves indiquent que le coupable serait Batman, le justicier est encore vu comme un mythe. Hal Jordan, sous son identité de Green Lantern, intervient lors de l'enlèvement d'une femme et découvre que le vrai coupable est un Paradémon. Batman arrive alors que Green Lantern est en difficulté et ensemble, ils parviennent à tenir tête au démon jusqu'à l'arrivée de la police, qui permet à la bête de fuir dans les égouts. Les deux héros voient alors le démon installer une boîte avant de se faire exploser. Le dispositif étant d'origine extraterrestre inconnue, Batman et Lantern décident de partir pour Metropolis et de demander l'avis de Superman. Au même moment, Flash (Barry Allen) confie une boîte similaire au Dr Silas Stone de S.T.A.R. Labs qui, fasciné, se consacre à l'étude de l'objet, délaissant le match de football de son fils Victor.
Emmet, une personne ordinaire vivant à Bricksburg, est pris par erreur pour le « Spécial » (ou l'« Élu »), c'est-à-dire celui qui peut sauver l'univers face à Lord Business, un tyran maléfique qui se cache sous l'identité du Président Business et qui veut détruire l'univers Lego avec le « Kragle », une machine permettant de coller toutes les figurines Lego. Malgré lui, Emmet va devoir se battre contre cette menace, avec l'aide d'un vieux mystique, Vitruvius, d'une jeune femme robuste, Cool Tag (Wyldstyle en version originale, Rebelle en version québécoise), et du fiancé de cette dernière, Batman.
Batman reçoit la visite de son ancien amour, Talia, la fille de Ra's al Ghul et chef de la Ligue des Assassins. Elle lui informe que son père vient de mourir à la suite d'un assaut armé contre leur repaire, commandité par Deathstroke, un ancien membre de la Ligue. Talia confie son fils Damian au Chevalier Noir pour qu'il le protège de Deathstroke. Batman décide de prendre le jeune homme sous son aile et un nouveau duo se forme pour protéger Gotham City des criminels qui la hantent. Or, le jeune garçon, ivre de colère, souhaite à tout prix retrouver Deathstroke afin de venger la mort de son grand-père et endosse le costume de Robin...
De nos jours, Lex Luthor et sa Légion du Destin tentent d'utiliser les rayons cryogéniques des satellites orbitaux pour étendre les calottes polaires de la Terre dans l'océan Arctique, provoquant une chute massive du niveau de la mer et créant de nouvelles îles. Superman et la Ligue de Justice affrontent la Légion, divisant leurs forces pour combattre la Légion et détruire les satellites. Dans la bataille spatiale qui a suivi, Robin a délibérément écrasé son vaisseau spatial dans la rangée de satellites. Refusant d'accepter la défaite, le Capitaine Cold surchargera le satellite restant, qui retombe sur Terre et ensevelit Luthor dans une calotte glaciaire peu avant l'explosion du satellite. La Ligue est triomphante et croit que Luthor est mort.
Après que Le Sphinx soit arrêté par Batman et envoyé à l'Asile d’Arkham, Amanda Waller, directrice de L'ARGUS, une organisation fédérale semi-indépendante commandant la Task Force X, reforme l'unité, qui est cette fois composée de Deadshot, Harley Quinn, Captain Boomerang, Killer Frost, King Shark, Black Spider et KGBeast.