En visitant la tombe de sa mère, Barry Allen mieux connu sous le nom de Flash, est alerté par le capitaine Cold, le capitaine Boomerang, Heat Wave, Mirror Master et Top au Flash Museum. En battant les vilains, il découvre qu'ils ont été embauchés par son ennemi juré, le Professeur Eobard Zoom Thawne, dans le cadre d'un plan visant à détruire Central City. Avec l'aide de la Justice League, Barry déjoue le complot de Thawne, mais les railleries de Thawne sur la mort de sa mère continuent de hanter Barry alors qu'il part.
À Gotham City, une cérémonie est organisée en l'honneur de Bruce Wayne qui remporte le prix de l'homme de l'année. La fête tourne au chaos lorsque le Joker fait une entrée fracassante sur la scène accompagné de sa horde de psychopathes dont le Sphinx, le Pingouin, Double-Face et Catwoman. De ce fait, Batman passe à l'action pour tenter de coincer ses invités surprise mais l'un d'eux parvient à s'échapper.
L'intrigue se passe dans un futur proche, où Batman n'est plus qu'un souvenir pour ceux qui ont connu sa croisade contre le crime et un mythe pour les plus jeunes.
When Judge Maria Vargas is found dead by Mayor Flutie, Batman and Robin must find out who is behind the murder. Once they find out who it is, the duo face the likes of Two-Face and Mr. Freeze before they take on The Penguin in an all-out fight of good versus evil. But when The Penguin finds something out he shouldn't have, the future of Batman and Robin becomes uncertain.
Huit ans ont passé depuis que Batman a disparu, passant du statut de héros à celui de fugitif. Prenant la responsabilité de la mort d'Harvey Dent, le « Chevalier Noir » a tout sacrifié pour le mieux. Pendant un certain temps, le mensonge a l'effet escompté : la criminalité de Gotham City est presque éliminée par le commissaire James Gordon avec l'unité anticrime de Harvey Dent. Mais l'arrivée à Gotham de Bane, un terroriste masqué, chamboule l'ordre établi et pousse Bruce à sortir de l'exil qu'il s'est imposé.
L'histoire commence quand le gang du Royal Flush tente de cambrioler une banque. La ligue arrive et à la suite d'une échauffourée, les met hors d'état de nuire. Chacun des membres rentre alors chez lui, y compris Batman. Or, une fois la Batmobile garée et que Batman soit monté au manoir, le Maître des Miroirs (Mirrors master en VO) sort du rétroviseur de la Batmobile et en profite pour pirater le bat-ordinateur, où Batman a stocké toutes les données relatives à la ligue, à savoir toutes les faiblesses et les points forts de ses coéquipiers. Dans le même temps, on apprend que Vandal Savage avait en fait tout planifié et qu'il en a profité pour convoquer chaque super-criminel, ennemi intime des membres de la ligue : Ma'alefa'ak pour Martian Manhunter, Bane pour Batman, Cheetah pour Wonder Woman, Metallo pour Superman, le Maître des Miroirs pour Flash et Star Sapphire pour Green Lantern. Ainsi, les membres de la ligue se retrouvent menacés par leurs ennemis jurés, baptisés la légion du destin par Vandal Savage. Batman, aidé par un nouveau venu, Cyborg, va alors tout tenter pour déjouer les pièges tendus par la légion du destin alors que c'est lui-même qui l'a créée.
Batman, Robin and Nightwing investigate a string of incidents where a mysterious assailant has been taking down numerous crime organizations all over Gotham City. In their findings, they discover that while the thugs were taken down and no cash was stolen in the crime scenes, The Riddler and The Scarecrow have been lethally drugged with a botanical neurotoxin found only in the Far East. Moreover, blood splatters in the crime scenes indicate that the assailant was reckless, not caring about sustaining gunshot wounds during the fights while drugging the villains. Batman concludes that the assailant is Batgirl, who is being manipulated by Poison Ivy; the gunshot wounds she sustained were her failed attempts at breaking the spell. Batman and Robin confront Poison Ivy, who attempts to kill Batman with a lethal dose of the neurotoxin. An injured Batgirl, however, briefly breaks Poison Ivy's spell on her to block the shot as the villainess makes her escape and Nightwing rushes to the scene with the antidote.
Bruce Wayne est devenu adulte et va devenir Batman à 25 ans dans un Gotham ravagé par le crime. Le film le suit dans sa première année. Jim Gordon débarque à Gotham comme inspecteur et s'occupe de l'affaire Batman. Ce dernier le sauvera plus d'une fois…
The film starts with two men pursuing a grey cat in an attempt to shoot it dead. The cat supposedly jumps into the river and is presumed dead. As the two men leave in a car with a crime boss called Rough Cut, Catwoman is shown under the bridge with the grey cat, which has a yellow wristband round its neck, grabbing Catwoman's interest.
News of The Joker's death during the events of City of Scars results in a riot at Arkham Asylum. Batman races to rescue Nightwing, who has been abducted by Poison Ivy and Killer Croc.
Le Joker a capturé Jason Todd alias Robin l'allié de Batman, et le torture jusqu'à ce que Batman arrive pour sauver son apprenti. Le sauvetage échoue quand le bâtiment explose. Batman se remet difficilement de la mort du second Robin lorsque ce qui semble être une guerre des gangs éclate dans Gotham. Le baron actuel de la pègre, Black Mask, voit en effet ses activités attaquées par un nouvel arrivant, Red Hood. Ce dernier prend peu à peu le contrôle de la drogue dans la ville. Ses méthodes extrêmement violentes déclenchant un début d'escalade.
Dans un univers parallèle, Lex Luthor et le Joker (nommé "Jester") sont des héros. Après avoir dérobé un élément technologique dans un des repères secrets du Syndicat du Crime, une version maléfique de la Ligue des Justiciers d'Amérique, ils tentent de s'échapper mais Jester doit se sacrifier en emportant avec lui les doubles maléfiques de J'onn J'onzz et de Hawkgirl. Lex Luthor se retrouve alors seul pour affronter le reste du Syndicat du Crime mais parvient à se téléporter vers l'univers de la Ligue des Justiciers d'Amérique.
Lex Luthor vaincu, un nouveau défi attend nos deux héros. Batman trouve une jeune Kryptonienne qui s'écrase à bord de son vaisseau dans la baie de Gotham City. Superman et lui l'aideront à trouver sa place sur sa nouvelle planète d'adoption : la Terre. Mais c'est sans compter sur les efforts redoutables de Darkseid pour s'approprier ce jeune talent.
The Joker escapes from Arkham Asylum, causing a nurse to be taken to intensive care after spraying some of his lethal gas in her face. Upon arriving in Gotham City, he kidnaps Councilman Johnson and his son shortly after brutally murdering the Councilman's wife. Determined not to let his archenemy murder anyone else, Batman hunts him through the city. After Councilman Johnson is found dead while his son remains in The Joker's captivity, Batman questions whether his crusade against evil does more bad than good. Batman tracks The Joker to a carnival, where he thwarts the villain's plot of bombing a ferris wheel. He then races to the location of The Joker and the councilman's son, but when the young boy kills The Joker with his own gun, Batman debates if his greatest nemesis' death is a step toward Gotham's peace, or rather a sign that things are getting worse.
Lex Luthor est le nouveau président des États-Unis. Superman et Batman sont les deux seuls héros à s'opposer au bien-fondé d'une telle présidence. Alors qu'une météorite issue de Krypton fonce sur la Terre, un combat s'engage entre nos deux héros et les autres super-héros désormais aux ordres de Lex Luthor.