Le Joker, la Femme-chat, le Sphinx et le Pingouin forment une alliance afin de kidnapper un chercheur d'une invention révolutionnaire : un procédé permettant de déshydrater les corps humains jusqu'à l'état de poudre, qui, réhydratée redevient humain. Une fois le forfait commis, le quatuor de super-criminels kidnappent les membres du Conseil de sécurité de l'ONU et utilisent l'invention sur eux. Batman et son compagnon Robin aidés de leur fidèle majordome Alfred Pennyworth doivent alors intervenir.
Barbara Gordon traque les criminels de Gotham City dans le costume de Batgirl. Une nuit, elle tente d'arrêter des braqueurs seule mais échoue ; Batman intervient et capture l'un des voleurs en fuite. Les deux justiciers identifient l'organisateur : Paris Franz, neveu du parrain du crime Lord Francesco, qu'il souhaite évincer pour prendre sa place, et qui commence à être obsédée par Batgirl. Batman demande à sa protégée de le laisser faire mais elle refuse. Quand Franz piège Batgirl en la menant vers le cadavre de Francesco, Batman lui interdit de s'impliquer dans l'affaire. Furieuse, Batgirl commence à frapper Batman et le plaque au sol avant de l'embrasser, puis ils couchent ensemble. La nuit sème la confusion dans la relation entre Batman et Batgirl. Franz se manifeste à nouveau, piégeant Batman, et Batgirl intervient mais manque de le tuer. Barbara se rend compte que Batman avait raison et abandonne son costume.
Dans une version alternative et victorienne de Gotham City à la fin du 19 siècle, Batman initie sa guerre contre le crime alors qu'il enquête sur une nouvelle série de meurtres commis par Jack l'Éventreur.
Un soir à Gotham City, le Joker et Harley Quinn dérobent une statue chez un antiquaire. Celle-ci, sans réelle grande valeur, est en fait un objet fait de kryptonite (le point faible de Superman). Le Joker se rend ensuite à Métropolis afin de conclure un marché avec le milliardiare Lex Luthor : éliminer Superman en l'échange d'un milliard de dollars. Batman et Superman vont ainsi devoir mettre leur force en commun afin de vaincre leurs deux plus redoutables ennemis respectifs...
Ce documentaire est consacré à l'histoire des super-héros américains depuis leur apparition dans les années 1930. Il présente de nombreux dessins issus des comics originaux, des extraits de leurs adaptations en films et dessins animés, ainsi que des entretiens avec des auteurs importants du genre.
Aidé par Harley Quinn, le Joker s'est évadé de l'asile d'Arkham et Batman ne tarde pas à le retrouver. Mais le Joker se fait enlever par une bête à queue squelettique, un Alien. Batman affronte ce dernier, mais voit ensuite arriver un autre combattant, un Predator.
Un ennemi de Batman, 40 ans après avoir disparu de la scène, refait surface. Bruce Wayne semble connaître la raison de cette longue disparition du Joker. Il est ainsi certain qu'il ne peut s'agir de la même personne. Lui et Terry McGinnis tentent de découvrir la véritable identité du vilain, et son plan. Au fur et à mesure de l'enquête, les destins de plusieurs autres personnages sont révélés, comme celui de Tim Drake, le troisième Robin.
Batman doit composer avec plusieurs de ses anciens ennemis. Cependant, une nouvelle présence nocturne vient brouiller les pistes. Batwoman, émule féminine de Batman vient compliquer le travail du Chevalier noir de Gotham City.
Une fausse bande annonce sur une équipe de super-héros tant attendue au cinéma : Superman et Batman se réunissent, malgré leurs différences, pour s'affronter Lex Luthor et Double-Face.
Le professeur Hammil a créé un dispositif qui lui permet de contrôler les véhicules à distance. Son invention est dérobée. Batman et Robin, assistés par la journaliste Vicki Vale, partent à la recherche de cette invention qui est tombée dans de mauvaises mains.