Suite aux événements d'Alien vs. Predator, un vaisseau spatial Predator gravite autour de la Terre. Il transporte la dépouille du Predator Scar mort au combat, de nombreux tubes en verre contenant chacun un Facehugger et un équipage de trois Predators. Un Chestburster hybride, le Predalien jaillit du thorax du Predator mort. Ayant atteint sa taille adulte, le Predalien tue deux des Predators. Témoin de la mort du deuxième Predator, le troisième tire avec son canon d'épaule sur le Predalien. Il rate sa cible et endommage le vaisseau qui tombe immédiatement vers la Terre. Buddy Benson et son fils Sam (Liam James) qui chassent dans une forêt, assistent à l'écrasement du vaisseau à proximité, se rendent sur place et observent l'épave. Buddy décide rapidement de partir prévenir le shérif. Le dernier Predator, blessé, constate que plusieurs Facehuggers se sont échappés et sont en train de sortir du vaisseau. Il commence à activer sa bombe individuelle d'autodestruction sur sa manchette, mais le Predalien l'achève avant qu'il l'enclenche. Les bruits provenant du vaisseau font peur à Buddy et ils s'éloignent en courant. Sam trébuche et tombe, les Facehuggers les rattrapent, Buddy en abat un. Son bras gauche est éclaboussé par du sang acide du Facehugger, son avant-bras se détache. Un Facehugger s'agrippe au visage de Buddy, puis un autre à celui de Sam. Sur une planète lointaine, le Predator Wolf (Ian Whyte) reçoit le signal de détresse du vaisseau. Il consulte les enregistrements du « journal de bord ». Voyant la créature qui a tué ses congénères, il prend son équipement et décolle immédiatement pour se rendre sur place.
Mitch Rapp est une nouvelle recrue de la CIA. Dévasté par la mort de sa petite amie lors d'un attentat, il est pris sous l'aile d'un vétéran de la Guerre froide qui lui fait subir un rude entraînement pour contrecarrer les attaques terroristes et traquer les criminels. Les deux hommes vont devoir collaborer avec un agent turc afin d'arrêter un dangereux terroriste qui souhaite déclencher une guerre au Moyen-Orient.
Le film se déploie en trois parties de longueur à-peu-près équivalente, « le monde de la surface », « l'appât » et « le monde d'en bas », encadrées par une séquence d'introduction, celle décrite précédemment, et une séquence de conclusion cruellement ironique.
Une nuit, après un rendez-vous raté avec la femme de sa vie, un homme reçoit dans une cabine téléphonique l'appel désespéré d'un jeune militaire qui tente de joindre son père et qui lui apprend, affolé, que des missiles nucléaires vont s'abattre sur Los Angeles dans 1 heure et 10 minutes.
Stillwater en Utah, un train de marchandises, chargé de produits chimiques inflammables, part pour Denver au Colorado. Peu après son départ, Wally, le conducteur, constate un début d'incendie et une fuite du système de freinage. Stan, son jeune collègue, parvient à maîtriser le feu, mais le train prend brusquement de la vitesse…
Durant la guerre froide, peu après l'affaire de Cuba, un capitaine de destroyer de la Marine américaine (Finlander, interprété par Richard Widmark) traque un hypothétique sous-marin de la Marine soviétique dans l'Arctique. Finlander, aussi autoritaire qu'individualiste, secondé par « l'un des meilleurs capitaines de la Kriegsmarine » (Schrepke, interprété par Eric Portman), collaborant désormais avec l'OTAN, dirige un équipage efficace mais au bord de la rupture. Pour un reportage, un journaliste (Munceford, interprété par Sidney Poitier) est héliporté à bord du destroyer...
Paris. Un mur d'isolement entoure les cités ghettos de la banlieue. Les gangs y règnent en maîtres absolus dont le plus puissant est dirigé d'une main de fer par Taha. Leito a dérobé de l'héroïne à Taha et accompagné de sa sœur emmène le chef du gang au commissariat mais le commissaire relâche Taha et met Leïto en prison.
En Angleterre, un monstre préhistorique nommé "Behemoth" projette des décharges électriques et des rayons radioactifs. L'armée ne peut riposter car le monstre étendrait alors une grosse quantité dangereuse de radioactivité et risquerait de contaminer le pays entier.
Le major Vic 'Deak' Deakins (John Travolta) et le capitaine Riley Hale (Christian Slater) sont des pilotes de l'US Air Force. Le film commence par un match de boxe entre les deux où Deakins explique qu'il faut toujours surprendre son adversaire pour gagner. Il emporte le match. Hale qui considère Deakins comme son mentor lui donne le billet correspondant au pari sur le match en lui disant qu'il l'avait volé dans ses affaires.
Le terroriste Jaffad Ben Zayidi a caché chacune des bombes nucléaires américaines qu'il a volées dans quatre mégalopoles à travers le monde. Elles peuvent être activées par un code de 11 chiffres, dont une partie différente a été communiquée à ses amis de confiance. Après la mort d'icelui, son complice cherche à le reconstituer pour les faire exploser mais il est poursuivi par un agent russe infiltré. Chacun essaie de trouver les fragments du code, l'un pour faire exploser les bombes, l'autre pour les inactiver.
Le monde a été détruit par une guerre nucléaire.
Tony Lamont et Ruby, pris dans une tempête de poussière, tentent d'atteindre le ranch, isolé, de Rick et Louise Maddison.
La nuit du 10 mai 1998, à Richmond en Virginie, un club scolaire d'astronomie observe le ciel. Leo Biederman (Elijah Wood), un adolescent, remarque un objet lumineux qu'il ne reconnaît pas. Sa camarade Sarah (Leelee Sobieski) se moque de lui et affirme qu'il ne s'agit que d'une simple étoile. Leur professeur ne parvenant pas à l'identifier non plus, prend un cliché et le transmet à l'observatoire astronomique. Le docteur Marcus Wolf, analyse par ordinateur la photo et découvre que l'objet est une nouvelle comète. Rapidement, il panique quand les calculs de la trajectoire de cette comète lui révèlent qu'elle se dirige droit sur la Terre. Voulant donner l'alerte, il quitte précipitamment le bâtiment à bord de son véhicule. Conduisant de manière très imprudente sur l'étroite route sinueuse menant à l'observatoire, son véhicule quitte la route en voulant éviter un camion, s'écrase dans un ravin et explose, causant ainsi la mort de Wolf.
1954, Nouveau-Mexique. Le shérif Peterson et son adjoint Ed Blackburn sont témoins de morts étranges et inexpliquées dans le désert. Ils ne tardent pas à découvrir qu'une colonie de fourmis géantes, issues d'une mutation génétique consécutive à des essais nucléaires de l'armée américaine neuf ans plus tôt, en 1945, menace d'envahir le pays…
Le commandant d'un sous-marin atomique américain, James Ferraday, reçoit l'ordre des services secrets de partir pour l'Arctique avec le Soviétique passé à l'Ouest, Boris Vasselov et l'officier américain Leslie Anders. Ils doivent rallier Zebra, une base polaire britannique. Leur mission consiste à récupérer une caméra secrète et ses films. Au cours de la mission, de nombreux sabotages ont lieu qui mettent en péril le sous-marin et tout son équipage. À chaque fois, appareil et équipage sont sauvés in extremis, au prix de pertes en vies humaines.