Alex (Emilio Estevez) est un pilote de course. Victime d'un accident, il se réveille en 2009. Sa ville est devenue une jungle où seuls survivent les hommes d'affaires et les chasseurs de primes. Grâce à la technologie, il est désormais possible de transférer un esprit dans un autre corps, et ainsi vivre plus longtemps. Le fait que le monde de 2009 soit toxique au dernier degré oblige ceux qui veulent changer de corps à « récupérer » des humains en bonne santé dans le passé ; il suffit juste de savoir l'heure et le jour exacts de la mort du sujet et de le transférer dans le futur ; Alex est mort sur un champ de course alors que la scène avait été filmée, ce qui en fait un candidat idéal, un « FREEJACK » ; Alex arrive à s'enfuir juste avant qu'on le lobotomise pour lui voler son corps, mais un chasseur de primes impitoyable (Mick Jagger) est bien décidé à le traquer.
Dans le passé, une machine venue de l'Espace atterrit et transforme les humains en mutants. Un puissant guerrier est parvenu à unir les humains pour avoir le dessus sur cette machine qu'ils ont ensevelie. En 2707, quatre mégacorporations : Bauhaus, Capitol, Impérial et Mishima, s'affrontent dans une interminable guerre de tranchées, pour prendre le contrôle du peu de ressources naturelles restantes. Capitol contrôle l'Amérique et l'Ouest de l'Europe. Impérial contrôle l'Océanie et le Sud-Est de l'Afrique. Mishima possède l'Est de l'Asie. Bauhaus dirige l'Est de l'Europe, le Nord-Ouest de l'Afrique et l'Ouest de l'Asie. Sur le front européen entre Bauhaus et Capitol, au cours d'une bataille, les tirs d'artillerie tombant dans le no man's land mettent à jour la machine. Celle-ci se réactive et il en sort des humains mutants. Les mutants sont rapides, agressifs, furtifs et très difficile à mettre hors de combat. Ils attaquent les soldats qui sont rapidement vaincus. Les mutants emportent les cadavres dans la machine où ils sont transformés en mutants. Les mutants de plus en plus nombreux, semblent invincibles. Face à l'urgence de la situation, les quatre corporations unissent leurs forces en oubliant leurs conflits. Les mutants partent à la conquête de la Terre. Le frère Samuel dirige l'ordre religieux gardien du livre racontant les chroniques du passé et la prophétie. Il part rencontrer les ambassadeurs des quatre corporations pour les convaincre de lui confier une équipe des vingt meilleurs soldats, pour constituer un commando qui va s'introduire dans la machine pour la détruire. Les humains privilégiés sont évacués vers Mars, les autres sont abandonnés à une mort certaine. Les billets d'embarquement dans les vaisseaux spatiaux sont très convoités. Un marché noir de billets d'embarquement se développe. Les soldats organisant l'embarquement dans les vaisseaux spatiaux profitent de la situation pour racketter la population désespérée.
Deux amis espions industriels, Fox et X, veulent finir leur carrière en apothéose. Ils engagent donc Sandii, une très jolie chanteuse d'un bar de nuit. Elle est chargée de séduire un généticien japonais, Hiroshi, pour qu'il quitte son entreprise actuelle, Maas corporation, pour entrer dans la Hosaka corporation.
En 2038, les ressources naturelles de la Terre sont quasiment épuisées. La lutte est âpre pour s'approprier les dernières portions minérales disponibles sur les autres planètes. Des corporations se créent. Lorsque l'une d'elles voit disparaître ses robots, elle fait appel à des prisonniers pour la défendre. Au sein de l'équipe, la tension monte.
Dans un futur proche, les sociétés privées ont acquis un pouvoir immense. Luke Gibson et son épouse Ronnie, qui est enceinte, sont tous deux victimes d'un accident de voiture. Ronnie ne survit pas, mais Luke Gibson est sauvé in extremis par la société Hope Corpoation, qui lui a implanté une puce spéciale dans le cerveau. Gibson a perdu tout souvenir de son passé, mais il est victime d'hallucinations, il voit notamment apparaître des acteurs de publicités qui viennent débiter leur argumentaire commercial directement dans sa tête. Comprenant assez vite que quelque chose ne se passe pas normalement, et aidé de son entraînement militaire, Gibson commence à se rebeller contre son « bienfaiteur », la société Hope, qui décide alors de le tuer à distance à l'aide de la puce implantée. Mais cela ne fonctionne pas, des hackers interceptent la commande et parviennent à aider Gibson à survivre. Il fait vite leur connaissance : il s'agit d'un frère et une sœur, punk blue et punk red, et d'un père et son fils handicapé, Hal et Keyboard, qui se sont donné pour mission de détruire la Hope Corporation. Luke Gibson apprend alors que l'accident dont il a été victime avait été provoqué sciemment, et qu'il avait été choisi par vengeance par un ancien camarade de régiment dont il avait dénoncé les activités illégales.
Dans un futur où la plupart des humains se sont déplacés sous terre pour échapper à la pollution, l'un des rares plaisirs qui reste est une sorte de narcotique sous forme de puces qui peuvent être branchées directement dans le cerveau. Lori, une garde du corps, vole une caisse de telles puces et s'enfuit sous terre de Los Angeles avec Danner, un androïde de plaisir afin qu'ils puissent faire passer les puces en contrebande à New York. À sa poursuite se trouve Plughead, un dangereux criminel ainsi nommé en raison des nombreuses prises et ports qui ornent son cuir chevelu afin qu'il puisse tester et utiliser les puces qu'il recherche.
L'OCP a été rachetée par une firme japonaise qui veut des résultats. L'OCP souhaite bâtir la ville de Delta City, sur les ruines de Détroit. Pour cela, elle a engagé des agents, nommés Rehabs. Contrairement aux discours officiels, les Rehabs font partir les citoyens de Détroit sans ménagement. Les habitants de Détroit décident de s'opposer aux groupes de Rehabs. Pour lutter face aux insurgés, l'OCP décide de reprogrammer RoboCop.
Dans le contexte du futur pollué de la Terre, une femme agent du FBI retire Danner, un androïde de plaisir d'un asile afin de le contraindre à l'aider à traquer le psychopathe criminel Plughead. Mais Plughead, qui s'est déjà mêlé à Danner, a ses propres plans car il oblige une femme scientifique à l'aider à fabriquer des puces à longue durée de vie qu'il a l'intention de vendre à des clients riches et puissants.
Seul survivant de l'explosion d'un mystérieux laboratoire, Jobe, simple d'esprit devenu demi-dieu cybernétique, est entre la vie et la mort. Le Dr. Cori Platt entreprend de reconstruire l'esprit de Jobe en utilisant l'informatique et la réalité virtuelle. Pendant ce temps, le scientifique Benjamin Trace se bat pour conserver l'exploitation de son invention : un programme de réalité virtuelle nommé "CHIRON". John Walker, un homme d'affaires cupide, s'empare de "CHIRON" pour réussir son projet démoniaque : contrôler l'accès à toutes les informations du monde. Pour l'aider dans son projet, Walker pense alors à Jobe. Seul le scientifique Trace peut contrer Jobe devenu une montruosité synthétique et dotée d'une puissance incommensurable.