Dans le passé, une machine venue de l'Espace atterrit et transforme les humains en mutants. Un puissant guerrier est parvenu à unir les humains pour avoir le dessus sur cette machine qu'ils ont ensevelie. En 2707, quatre mégacorporations : Bauhaus, Capitol, Impérial et Mishima, s'affrontent dans une interminable guerre de tranchées, pour prendre le contrôle du peu de ressources naturelles restantes. Capitol contrôle l'Amérique et l'Ouest de l'Europe. Impérial contrôle l'Océanie et le Sud-Est de l'Afrique. Mishima possède l'Est de l'Asie. Bauhaus dirige l'Est de l'Europe, le Nord-Ouest de l'Afrique et l'Ouest de l'Asie. Sur le front européen entre Bauhaus et Capitol, au cours d'une bataille, les tirs d'artillerie tombant dans le no man's land mettent à jour la machine. Celle-ci se réactive et il en sort des humains mutants. Les mutants sont rapides, agressifs, furtifs et très difficile à mettre hors de combat. Ils attaquent les soldats qui sont rapidement vaincus. Les mutants emportent les cadavres dans la machine où ils sont transformés en mutants. Les mutants de plus en plus nombreux, semblent invincibles. Face à l'urgence de la situation, les quatre corporations unissent leurs forces en oubliant leurs conflits. Les mutants partent à la conquête de la Terre. Le frère Samuel dirige l'ordre religieux gardien du livre racontant les chroniques du passé et la prophétie. Il part rencontrer les ambassadeurs des quatre corporations pour les convaincre de lui confier une équipe des vingt meilleurs soldats, pour constituer un commando qui va s'introduire dans la machine pour la détruire. Les humains privilégiés sont évacués vers Mars, les autres sont abandonnés à une mort certaine. Les billets d'embarquement dans les vaisseaux spatiaux sont très convoités. Un marché noir de billets d'embarquement se développe. Les soldats organisant l'embarquement dans les vaisseaux spatiaux profitent de la situation pour racketter la population désespérée.
À Berlin en 2052, le chaos règne entre immigrants et autochtones dans cette ville où l'Est affronte l'Ouest. Leo Beiler (Alexander Skarsgård), un barman muet, est enlevé alors qu'il affronte les truands de sa ville afin de retrouver une femme disparue qui est sa seule raison de vivre. Durant sa plongée dans les entrailles de la ville, deux étranges chirurgiens américains (Paul Rudd et Justin Theroux) semblent être le seul fil rouge, et Leo ne sait pas s'il peut leur faire confiance.
En 2080, le monde est partagé et divisé entre l'espèce humaine d'un côté et les machines de l'autre (les cyborgs). Tous vivent dans une mégalopole et son ghetto.
Deux amis espions industriels, Fox et X, veulent finir leur carrière en apothéose. Ils engagent donc Sandii, une très jolie chanteuse d'un bar de nuit. Elle est chargée de séduire un généticien japonais, Hiroshi, pour qu'il quitte son entreprise actuelle, Maas corporation, pour entrer dans la Hosaka corporation.
Un an après le départ de sa femme Lisa, Jimi Dini, concepteur de jeux vidéo, déprime toujours. Trois jours avant que ne soit mis sur le marché son dernier jeu, Nirvana, il découvre que son héros, Solo, a acquis une conscience propre. Tourmenté, il entreprend d'effacer son jeu dans la base de données de sa société, Okasama Starr. Commence alors pour lui un voyage initiatique, où il trouvera peut être enfin un sens à sa vie.
Entre deux journées, à minuit, une nouvelle heure apparaît, la Dark Hour. Ceux qui ne sont pas enfermés dans des cercueils durant cette heure rencontrent des êtres dangereux appelés Shadows. Certaines personnes possèdent le potentiel de libérer un Persona : un étrange pouvoir permettant de se battre contre les Shadows. Un groupe secret appelé SEES (Specialized Extracurricular Execution Squad, littéralement Escadron Extrascolaire Spécialisé d'exécution) a pour mission de supprimer la Dark Hour.
Makoto Yuki est un jeune lycéen qui retourne vivre à Port Island, ville qu'il a quitté dix ans auparavant. Etant orphelin, il est transféré dans les dortoirs Iwatodai qui appartiennent au lycée Gekkoukan dans le quel il sera dorénavant étudiant. Le soir de son arrivée, il fait la rencontre d'un étrange garçon qui lui demande de signer un contrat. Tout se passe bien durant quelques temps jusqu'au jour où durant la nuit, son dortoir se fait attaquer par des monstres. C'est ainsi qu'il découvre que les seuls élèves du dortoir ont la possibilité d'invoquer leurs Persona, une entité représentant leur inconscient. Il apprendra alors plus tard que sa Persona lui permet de combattre ces monstres appelés Shadow qui n'apparaissent que durant la Dark Hour, une heure située entre 00h00 et 01h00 dans laquelle seules des personnes avec le potentiel d'invoquer leurs Persona peuvent y être actifs, la plupart de la population se transforme alors en cercueil.
Alors que l'équipe des S.E.E.S doit affronter toujours et encore des Shadows, ils doivent malheureusement faire face à la mort de proches. Cela leur permettant d'être plus fort, les S.E.E.S sont plus déterminés que jamais à en finir avec la Dark Hour. C'est à ce moment là que Makoto fait la rencontre d'un élève plutôt mystérieux du nom Ryoji Mochizuki, un tout nouvel élève transféré dans sa classe.
Suite aux révélations qui ont été faites de la part de Ryoji, les S.E.E.S doivent faire un choix très difficile qui semble n'avoir pourtant qu'une seule issue. Le moral est au plus bas, mais Makoto décide de prendre les devants avant que le monde ne disparaisse...
Dans le contexte du futur pollué de la Terre, une femme agent du FBI retire Danner, un androïde de plaisir d'un asile afin de le contraindre à l'aider à traquer le psychopathe criminel Plughead. Mais Plughead, qui s'est déjà mêlé à Danner, a ses propres plans car il oblige une femme scientifique à l'aider à fabriquer des puces à longue durée de vie qu'il a l'intention de vendre à des clients riches et puissants.
Dans un futur, le don d'organe n’est plus un problème grâce au développement de la biotechnologie. Néanmoins, le coût d’une greffe reste élevé. L’Union est une société qui gère le don d’organe. Les personnes ne s’acquittant pas de leurs lourdes dettes sont confrontées aux repo men (les repreneurs), agents dont la mission est de reprendre les organes greffés des mauvais payeurs en toute légalité.
Dans un futur proche aux États-Unis, l'Omni Cartel des Produits (OCP), un important conglomérat militaro-industriel et commercial a la mainmise sur divers marchés lucratifs comme, entre autres, l'armement, la conception et la fabrication de robots et de prothèses médicales, mais aussi plus marginalement la gestion du département de la police de Détroit.
En 2028, la technologie robotique de l'OmniCorp, conglomérat militaro-industriel, est à la pointe du progrès. Non content de vendre des drones et autres robots militaires, comme le « ED 209 », lors de conflits, la société désire rentrer dans le marché de la sécurité publique mais les dirigeants sont hésitants à vouloir tester cette technologie sur le sol américain pour protéger les citoyens. La loi Dreyfuss interdit l'usage de robots sur le sol des États-Unis.
L'OCP a été rachetée par une firme japonaise qui veut des résultats. L'OCP souhaite bâtir la ville de Delta City, sur les ruines de Détroit. Pour cela, elle a engagé des agents, nommés Rehabs. Contrairement aux discours officiels, les Rehabs font partir les citoyens de Détroit sans ménagement. Les habitants de Détroit décident de s'opposer aux groupes de Rehabs. Pour lutter face aux insurgés, l'OCP décide de reprogrammer RoboCop.