À une époque où les monstres parcourent la Terre, et alors que l’humanité lutte pour son avenir, Godzilla et King Kong, les deux forces les plus puissantes de la nature, entrent en collision dans une bataille spectaculaire inédite. Alors que Monarch se lance dans une mission périlleuse en terrain inconnu, et qu’il découvre des indices sur les origines des Titans, un complot humain menace d’éradiquer ces créatures – qu’elles soient bonnes ou mauvaises – de la surface de la planète.
2047. Vingt neuf ans ont passé depuis l'affrontement nucléaire entre les Terriens et les nazis de la lune. Neomenia, l’ancienne base lunaire des nazis, est devenue le dernier refuge de l’Humanité, car la Terre a été dévastée par le conflit. Cependant, ses entrailles cachent une puissance qui pourrait sauver les derniers humains … ou les détruire définitivement. Face à la menace, quelques réfugiés de la Lune vont se rendre au centre de la Terre. Ils y affronteront une race reptilienne extraterrestre.
L'agence crypto-zoologique Monarch déploie de nombreux moyens pour combattre des créatures de tailles divines, appelées Titans. Ces derniers réapparaissent petit à petit des entrailles de la terre. La paléobiologiste Emma Russell, travaillant pour Monarch, a été traumatisée par la mort de son fils Andrew en 2014. Elle a mis au point l'Orca, jadis imaginé avec son ex-mari Mark, une machine qui permet de capter et reproduire les signaux émis par les Titans. Son invention attire des convoitises. Emma entraine avec elle sa fille Madison. Son père, Mark va tout faire pour retrouver sa fille, tout en tentant de survivre dans un monde envahi de monstres. Godzilla va ainsi devoir compter sur une alliée, le papillon géant Mothra pour affronter les 2 menaces que représentent le ptérosaure super-rapide Rodan, ainsi que son pire ennemi, le dragon à trois têtes King Ghidorah, qui est l'Alpha des Titans. Ces anciennes super-espèces veulent toutes la suprématie et mettent en danger la survie de l'humanité. Alors qu'un combat apocalyptique se prépare, Godzilla, seul prétendant au titre capable de rivaliser avec l'Alpha, aidé des humains, devra s'imposer et ainsi affirmer sa place en tant que roi des monstres.
Trois ans après les événements du parc Jurassic World, les dinosaures, redevenus les maîtres d'Isla Nublar, se retrouvent soudainement menacés d'extinction lorsque le volcan de l'île, jusque là endormi, s'apprête à entrer en éruption. L'ancienne dirigeante du parc Claire Dearing, qui préside dorénavant une association pour la protection des dinosaures, se bat pour sauver les derniers dinosaures de la planète. Tout le monde lui tourne le dos jusqu'à ce qu'un dénommé Benjamin Lockwood, ancien collègue et ami de John Hammond, la contacte pour soutenir son projet. Celui-ci lui propose d'aller sauver les animaux piégés sur Nublar et de les amener dans un « sanctuaire » spécialement créé pour les protéger, loin des humains.
En 1944, alors que la guerre du Pacifique fait rage, deux pilotes s'écrasent sur une île inconnue. L'un est Américain, l'autre est Japonais. Alors qu'ils s'affrontent sur place, ils sont brusquement interrompus par une gigantesque créature.
Scrat va dans l'espace et provoque la collision entre deux planètes, ce qui crée un astéroïde filant droit vers la Terre. Manny, Sid, Diego et le reste de la bande vont devoir fuir leur chez-soi. Buck, la belette de L'Âge de glace 3, est de retour. Nos héros vont voyager vers des terres exotiques et rencontreront une ribambelle de personnages hauts en couleurs, tels que le spirituel Shangri Lama.
Ne voyant pas son papa revenir de voyage, Petit Pied, accompagné de ses fidèles amis, Céra, Becky, Pétri et pointu décident de partir tous ensemble à sa recherche mais seront confrontés a un dent tranchante a corne redoutable…
Une créature géante se manifeste dans la baie de Tokyo, avant de faire surface et de terroriser la ville. Le cabinet ministériel se réunit d'urgence, mais le Premier Ministre est incapable de prendre une décision. Les radiations mesurées sur le passage de la créature démontrent qu'elle est le triste produit d'une contamination. Plus tard, elle évolue et revient sous une forme encore plus monstrueuse, réduisant Tokyo en poussière. Devant l'ampleur de la menace, les États-Unis décident d'utiliser l'arme nucléaire sur le Japon si ce dernier échoue à éradiquer la menace, réveillant le spectre des bombardements d'Hiroshima et de Nagasaki. Une équipe de chercheurs se regroupe alors en marge des décisions du Cabinet pour déterminer comment éliminer le monstre, surnommé "Godzilla". La France et l'Allemagne finiront par s'en mêler à leur tours.
En rachetant la société de biotechnologie InGen, le milliardaire Simon Masrani a rendu possible le rêve de John Hammond : l'ouverture d'un gigantesque parc d'attractions centré sur l'exposition de dinosaures vivants, clonés à partir de leur ADN fossilisé dans lʼambre.
Une femme élégante (jouée par un travesti) arrive dans une ferme et demande Monsieur O. Elle dit travailler pour un zoo, et requiert ses services en tant qu'expert en crocodiles. Elle lui apprend qu'un nouveau zoo va ouvrir avec des dinosaures. Il accepte et elle l'emmène au zoo dans la forêt, où il retrouve son ancien amant qui se trouve être le directeur du zoo, Christ. Il rencontre aussi Pat, qui sera son assistant. Mais les dinosaures se révoltent et s'enfuient. Devant cette situation critique, les trois hommes ont besoin de se relaxer.
Le physicien nucléaire Joseph Brody enquête sur de mystérieux phénomènes qui ont lieu au Japon, quinze ans après un incident qui a irradié la région de Tokyo et déchiré sa propre famille. Refusant de s’en tenir à la version officielle qui évoque un tremblement de terre, le scientifique revient sur les lieux du drame accompagné par son fils Ford, soldat dans la Navy. Ils découvrent que les incidents ne sont pas liés à une catastrophe naturelle, mais à des monstres réveillés par des essais nucléaires dans le Pacifique au lendemain de la Seconde Guerre mondiale. Ces créatures sont surveillées par une organisation nommée Monarch, mais elles menacent bientôt la sécurité de l'archipel d'Hawaï et la côte ouest des États-Unis. Au même moment, la compagne de Ford, infirmière et jeune maman, gère les blessés dans un hôpital de San Francisco.
Le sharktopus a laissé un œuf après sa mort dans la détonation et puis cela laisse un jeune sharktopus qui sera élevé par une jeune scientifique et plus tard le sharktopus devint un monstre contre l'humanité. De loin l'armée a créé un hybride mi-pteranodon mi-barracuda appelé le Pteracuda qui massacre la population et envers tout ce qui bouge. En plus la lutte entre le sharktopus et le Pteracuda sera sans merci.
Koichi (Takeru Satō) et Atsumi (Haruka Ayase) sont amis depuis leur rencontre à l'école primaire. Ils vivent ensemble depuis qu'Atsumi est venu à Tokyo pour être mangaka. Koichi, professeur dans un club de sport, se plaint qu'Atsumi ne pense qu'au manga et à ses délais à tenir.