Au Kazakhstan, quelques années après la chute de l'URSS, un jeune homme surnommé « Shizo » (car on le dit schizophrène) habite avec sa mère. L'amant de celle-ci, Sakura, le prend comme assistant pour recruter des boxeurs amateurs qui sont destinés à perdre dans des matches truqués, organisé par le patron de Sajura. Ali, une des recrues de Shizo, meurt après le combat et confie au jeune homme l'argent qu'il a gagné en combattant, lui demandant de le transmettre à Zinka. Shizo rencontre alors Zinka, une jeune femme boiteuse dont il tombe amoureux, et à qui il n'avoue pas tout de suite la mort d'Ali.
La Flûte de roseau débute par un prologue situé dans une Corée médiévale : un roi veut élever son fils indiscipliné dans la tradition martiale. À l'âge adulte, le prince devient un monarque imbu de son autorité et arrogant. Le jeune roi s'apprête à exécuter un de ses subordonnés. Son ami d'enfance, également poète, tente de l'en dissuader. Celui-ci décide aussi de quitter le royaume pour reconquérir sa liberté et retrouver son inspiration.