Composé de 2 parties: La première, Episode 25' : Air/Love is Destruction (qui reprend la partie Rebirth du film précédent avec une dizaine de minutes d'animation en plus).
La seconde, Episode 26' : まごころを、君に (Magokoro wo, Kimi ni/Sincèrement vôtre, ou Mon cœur pur pour toi)/I need you Alors que la NERV, le dernier rempart contre les Anges est assaillie par les militaires qui massacrent tout sur leur passage, Asuka mène un combat sans merci contre les neuf EVAs. Le monde se prépare à subir le Troisième Impact.
Il existe une zone, lieu dont personne ne connaît la nature. A-t-elle été touchée par une bombe atomique ? Une météorite ? La venue d'extraterrestres ? Cette zone est crainte par tout le monde et cernée par la police. On ne peut y entrer : elle est considérée comme dangereuse. En son cœur, on dit qu'il existe un lieu, « la chambre », où tous les souhaits peuvent être réalisés. Des passeurs, nommés « stalkers », peuvent guider ceux qui tentent d'atteindre la zone...
Une mission extra-terrestre arrive dans le désert du Rajasthan et dépose l'un des siens en mission de reconnaissance. Celui-ci croise un voleur qui lui dérobe l'unique objet qui lui sert de communication avec les siens. Nu et désemparé, il cherche à le retrouver.
L'histoire se déroule en novembre 2019, à Los Angeles, au climat pluvieux et où la quasi-totalité de la faune a disparu. La population est encouragée à émigrer vers les colonies situées sur d'autres planètes. Les animaux sont artificiels et il existe également des androïdes, des robots (en fait des humains fabriqués par manipulations génétiques) à l'apparence humaine aussi appelés « réplicants » (parfois orthographié « répliquants »). Ceux-ci sont plus ou moins considérés comme des esclaves modernes, qui sont utilisés pour les travaux pénibles ou dangereux, dans les forces armées ou comme objets de plaisir.
Dans le nord-est des États-Unis, à la fin des années 1950, un grand robot — d'une hauteur de 30 m — d'origine extraterrestre, se lie d’amitié avec un garçon de huit ans et un jeune artiste beatnik.
En 2029, une guerre oppose ce qui reste de l'humanité — décimée par un holocauste nucléaire — aux machines dirigées par Skynet, un système informatique doté d'intelligence artificielle qui a pour objectif la suprématie des Machines sur les hommes. La résistance humaine, menée par John Connor, étant sur le point de triompher en 2029, Skynet envoie dans le passé en 1984 un Terminator, un assassin cybernétique à l'apparence humaine afin de tuer la mère de John, Sarah Connor et ainsi empêcher la naissance de John, « effaçant » de manière rétroactive son existence et ses actes futurs. En réaction, John envoie à la même époque Kyle Reese, un résistant humain, afin de protéger sa mère.
Les termes du pari sont que Méphisto doit parvenir à corrompre l’âme d’un homme de bien et détruire en lui tout ce qu’il y a de divin et alors la Terre sera sienne. Lorsque son choix est arrêté, il envoie la peste détruire le village de Faust. Devant un tel fléau Faust prie pour que la mort et les privations cessent mais rien ne se passe. Désespéré, il en vient à appeler le diable. Celui-ci lui propose le marché suivant : une période d’essai de 24 heures durant laquelle Méphisto sera à son service. Faust accepte et demande de sauver les villageois. Cependant, ceci vient avec un prix ; Faust ne peut plus s’approcher de tout ce qui est divin. Et quand les malades le découvrent, ils le bannissent. Faust décide de faire un second marché avec Satan : jeunesse, les plaisirs terrestres et royaumes contre son âme. L’échange est scellé avec la duchesse de Parme. Avec le temps, Faust se lasse de ses excès et aimerait revoir sa ville. Obligé d’obéir, Méphisto le ramène. Quand ils arrivent, les cloches de la cathédrale sonnent, la messe se termine. Sur le parvis, Faust est attiré par une jeune fille. Il en tombe amoureux mais il est contraint de fuir quand on l’accuse du meurtre de son frère. Derrière ces machinations se trouve Méphisto qui voit d’un mauvais œil la romance de Faust et Gretchen. Sans famille, Gretchen qui attend l’enfant de Faust devient une paria. Bien plus tard, on la voit errer dans les rues au milieu d’un vent glacial avec son enfant. Les habitants refusent de les aider. Et dans un moment de folie, elle oublie son enfant dans la neige. À l’aube, la cité, voyant l’enfant mort, l’accuse et la condamne au bûcher. Elle appelle alors Faust. Il ne perd aucun instant pour la retrouver mais cela ne sert à rien. Souhaitant n’avoir jamais demandé d’être jeune, il se jette aux pieds de Gretchen. Le diable lui accorde ce dernier vœu. Gretchen reconnaît en ce vieillard son amant alors que les flammes les encerclent. L’ange dévoile à Méphisto qu’il a perdu son pari puisque l’amour triomphe de tout.
En 2029, alors que les mutants sont en voie d'extinction, Logan vit discrètement comme chauffeur de limousine. Il veille cependant sur son vieil ami le professeur Charles Xavier, très affaibli, vivant dans un repaire caché proche de la frontière américano-mexicaine, avec l'aide de Caliban, un des derniers mutants encore en vie. Mais Logan va bientôt devoir sortir de sa retraite pour aider Laura, une jeune fille traquée par de dangereux individus. Celle-ci possède des pouvoirs similaires à ceux de Wolverine dont des griffes rétractiles.
Dorothy Gale, une jeune orpheline, est élevée dans une ferme du Kansas tenue par sa tante et son oncle. Son chien Toto étant persécuté par la méchante Almira Gulch, Dorothy demande aux trois ouvriers de la ferme de le protéger. Cependant personne ne semble prendre au sérieux les craintes de la jeune fille. Sa tante Em lui reproche son imagination et lui demande de trouver sa place dans un monde sans problème.
Lors d'un congrès du Club des Astronomes, le professeur Barbenfouillis, président de ce club, surprend l'auditoire en faisant part de son projet de voyage dans la Lune. Il organise ensuite pour ses confrères la visite de l'atelier où l'obus spatial est en chantier. Il sera propulsé en direction de la Lune au moyen d'un canon géant de 300 mètres de long, embarquant à son bord six savants astronomes, dont Barbenfouillis.
En visitant la tombe de sa mère, Barry Allen mieux connu sous le nom de Flash, est alerté par le capitaine Cold, le capitaine Boomerang, Heat Wave, Mirror Master et Top au Flash Museum. En battant les vilains, il découvre qu'ils ont été embauchés par son ennemi juré, le Professeur Eobard Zoom Thawne, dans le cadre d'un plan visant à détruire Central City. Avec l'aide de la Justice League, Barry déjoue le complot de Thawne, mais les railleries de Thawne sur la mort de sa mère continuent de hanter Barry alors qu'il part.
Le Joker a capturé Jason Todd alias Robin l'allié de Batman, et le torture jusqu'à ce que Batman arrive pour sauver son apprenti. Le sauvetage échoue quand le bâtiment explose. Batman se remet difficilement de la mort du second Robin lorsque ce qui semble être une guerre des gangs éclate dans Gotham. Le baron actuel de la pègre, Black Mask, voit en effet ses activités attaquées par un nouvel arrivant, Red Hood. Ce dernier prend peu à peu le contrôle de la drogue dans la ville. Ses méthodes extrêmement violentes déclenchant un début d'escalade.
L'histoire raconte l'aventure de Duck Dodgers à la recherche de « l’Illudium Phosdex ». Cet élément chimique rare, atome constitutif de la crème à raser, ne se trouve plus que sur la mystérieuse « planète X ». Daffy Duck, accompagné de son « Cadet de l'espace » (Porky Pig), fait des recherches sur un tableau et déduit qu'il faut passer par toutes les planètes marquée d'une lettre, et ceci par ordre alphabétique, pour aboutir « naturellement » à cette planète X. Daffy Duck finit par y atterrir. Il en prend possession au nom de la Terre, au moment où Marvin le Martien fait de même au nom de la planète Mars. Les deux champions planétaires vont devoir s’affronter en un combat où la ruse compte encore plus que la force brute. Au cours de leur recherche de la suprématie sur la planète, Daffy et Marvin se menacent chacun d'un pistolet désintégrateur. Quand Marvin tire, il désintègre Daffy en particules atomiques. Mais heureusement Porky le « réintègre » grâce à un pistolet du même nom. Depuis leur vaisseau respectif, Daffy et Marvin s'espionnent ; puis chacun dirige sur l'autre une arme extrêmement destructrice. La planète est peu après complètement détruite, sauf un petit morceau qui flotte dans l'espace et auquel se raccrochent les trois protagonistes. Tandis que Daffy-Duck Dodgers crie victoire, Porky conclut par un désabusé « Oh la belle affaire.