L'histoire prend la suite de la première partie de Baahubali. Shivudu apprend ses origines à travers le récit d'un des soldats et décide alors de reprendre le trône qui lui revient de droit.
Le film raconte les derniers mois de la vie d'Abraham Lincoln, 16e président des États-Unis, assassiné en 1865, et surtout de son combat pour faire passer le XIIIe amendement de la Constitution, qui mit fin à l'esclavage dans tout le pays, avant la fin de la guerre de Sécession.
Il y a 12 000 ans, la tribu des Yagahl vit de la chasse du mammouth (qu'ils appellent « mannak ») au cœur d'une chaîne de montagnes situées dans l'actuelle Russie. D'Leh (Steven Strait) a pour amie la belle Evolet (Camilla Belle), qui a jadis été adoptée par la tribu. Un jour, pendant que les hommes sont à la chasse, des guerriers orientaux surgissent et enlèvent les Yagahl restés au camp, dont Evolet. À la tête d'un petit groupe, le jeune D'Leh se lance à la rescousse des siens. Ils voyagent pour la première fois dans le Sud, à travers des contrées inexplorées peuplées d'animaux préhistoriques : deux troupeaux de mammouths laineux (dont un qui est domestiqué), un tigre à dents de sabre ainsi que de terrifiants oiseaux carnivores géants, les Phorusrhacos. Puis, à l'aide d'une armée constituée d'hommes rencontrés au cours de son voyage, D'leh découvre que les esclaves sont menés dans le désert, où un souverain érige d'immenses pyramides pour établir un puissant empire.
Deux enquêteurs militaires sont envoyés sur une base de l'US Marine Corps à Guantánamo pour élucider la mort d'un soldat après une mesure disciplinaire officieuse qui aurait mal tourné. Ils font face, au début, à un « mur de silence et d'obéissance » de la part des autorités militaires et des soldats en place là-bas.
En 1951, les inspecteurs Nock et Staehl sont responsables du dossier sur le cambriolage du domicile d'Alan Turing. Étonnés autant par le fait qu'il ne semble pas y avoir eu vol que par le fait que le professeur Turing semble souhaiter qu'ils évitent d'enquêter, ils fouillent alors le passé de celui-ci.
1944 : en pleine Seconde Guerre mondiale, un biplan vole au-dessus du désert du Sahara, piloté par un homme et avec une passagère qui semble être évanouie. Des artilleurs allemands abattent l'avion car ils l'identifient comme étant anglais. L’aéronef s'écrase, laissant rescapé mais complètement brûlé et défiguré son étrange pilote (Ralph Fiennes). Des bédouins le recueillent, lui prodiguent des premiers soins, puis le confient à des troupes alliées en partance pour l'Italie après avoir remporté la guerre du désert.
À la fin du XII siècle, en France, une troupe de croisés vient trouver un forgeron nommé Balian dont la femme, inconsolable depuis la mort de leur enfant à la naissance, s'est récemment suicidée. Balian accueille froidement la visite du chef croisé, le baron Godefroy d'Ibelin, qui lui révèle être son père et lui propose de l'accompagner à Jérusalem, où il possède des terres. Balian refuse cette offre. Cependant, il doit répondre du meurtre d'un prêtre qu'il a tué car celui-ci avait dérobé la croix d'argent que son épouse portait au cou et ordonné sa décapitation avant son enterrement (motivée par l'infamie du suicide aux yeux de l'Église). En fuite, Balian rejoint son père, qui est ensuite blessé par les hommes de l'évêque et du seigneur du village lancés à la poursuite de Balian. Godefroy meurt quelque temps plus tard à Messine, port italien d'où partent les navires pour la Terre sainte, non sans l'avoir adoubé chevalier et convaincu de poursuivre sa route.
En 1462, la Transylvanie vit une période de calme relatif sous le règne du prince Vlad III de Valachie et de son épouse bien-aimée Mirena. Ensemble, ils ont négocié la paix et la protection de leur peuple avec le puissant Empire ottoman dont la domination ne cesse de s’étendre en Europe de l’Est. Mais quand le sultan Mehmet II demande que mille jeunes hommes de Valachie, dont le propre fils de Vlad, Ingeras, soient arrachés à leur famille pour venir grossir les rangs de l’armée turque, le prince doit faire un choix : abandonner son fils au sultan, comme son père l’a fait avant lui, ou faire appel à une créature obscure pour combattre les Turcs et par là même risquer d'assujettir son âme à la servitude éternelle.
Au XIIIe siècle, Édouard Ier d'Angleterre, surnommé Longshanks (« aux longues jambes ») mais aussi The Hammer of Scots par les Anglais, occupe une bonne partie du sud de l'Écosse. Son oppression conduit à la mort du père et du frère du jeune William Wallace. Des années plus tard, après que Wallace a été élevé à l'étranger par son oncle, les Écossais continuent de vivre sous les lois cruelles d'Édouard Ier. Wallace revient dans son village natal avec l'intention de vivre comme paysan et d'éviter de s'impliquer dans les troubles qui agitent le pays. Il retrouve son amie et amour d'enfance, Murron MacClannough, à laquelle il montre le chardon, soigneusement préservé, qu'elle lui avait donné quand ils étaient enfants. Les deux jeunes gens se marient en secret afin d'éviter le décret du noctis primae (droit de la « première nuit ») que le roi a énoncé. Plus tard, quand un soldat anglais brutalise Murron et tente de la violer, Wallace vole à son secours. Il l'aide à monter à cheval pour qu'elle s'échappe pendant qu'il retient les soldats. Mais elle est finalement capturée et le shérif lui coupe la gorge en public, en proclamant : « une attaque contre les soldats du roi est pareille à une attaque contre le roi lui-même ». En représailles, Wallace, bientôt rejoint par les villageois, massacre la garnison anglaise et tranche la gorge du shérif à l'endroit même où celui-ci a tué Murron, et avec le même poignard. Ainsi débute la quête de Wallace pour l'indépendance de l'Écosse.
1805, durant les guerres napoléoniennes, le HMS Surprise, vaisseau anglais, commandé par le capitaine Jack Aubrey dit Jack la Chance, se lance à la poursuite du vaisseau français Acheron à travers l'océan Pacifique, affrontant notamment le cap Horn. Se déroule alors un véritable jeu de chasse entre les deux navires ennemis, qui doivent par ailleurs affronter une mer capricieuse. Ils croisent par ailleurs au large des îles Galápagos, dont la faune et la flore vont beaucoup intéresser le chirurgien Stephen Maturin, naturaliste passionné et précurseur de Charles Darwin. Le film dépeint également le monde marin et les hiérarchies régnant au sein d'un navire de guerre. Le capitaine Jack joue alors le rôle de seul maître à bord, entouré de ses matelots et soldats qu'il commande. Seul Stephen, ami de longue date du capitaine semble être placé sur le même piédestal que Jack. C'est d'ailleurs le seul qui tient tête au capitaine lorsqu'il s'agit de remettre en question son rôle en tant que capitaine et le système militaire naval dans son ensemble, ce qui laisse place à de nombreuses discussions entre deux bons amis, ou entre un capitaine et son médecin lorsque les avis divergent, notamment lorsque le matelot Joseph Nagle se fait fouetter sur le pont du navire devant l'équipage entier, pour mauvais comportement.
Avril 1945, alors que la Seconde guerre mondiale en Europe arrive à sa fin et que le troisième Reich approche de la défaite finale, le sergent Don « Wardaddy » Collier commande un M4A3E8 Sherman surnommé « Fury » ( Fureur ) et son équipage de cinq soldats de la 2e division blindée américaine pour une mission risquée derrière les lignes ennemies durant la campagne d'Allemagne.
11 août 2011, des Marines sont appelés à intervenir à Los Angeles, au commencement pour ce qui semblait être une simple pluie de météorites qui tombe au large de grandes villes côtières à travers le monde. Il s'avère qu'ils vont en réalité devoir affronter les forces d'invasion et de colonisation d'extraterrestres, puissamment organisées, dont l'objectif est de s'approprier les ressources en eau de notre planète Terre. Sous la pression de la technologie avancée de ces derniers (usage intensif de drones de combat), l'armée américaine doit peu à peu se replier et abandonner la ville sous peine d'anéantissement total. Un peloton de Marines du 2e bataillon du 5e régiment de Marines commandé par le sergent Michael Nantz, un vétéran, a pour ultime mission de sauver un groupe de civils restés bloqués dans une zone de combats. Durant l'extraction, le sergent Nantz arrive à repérer un PC opérationnel alien et à le faire détruire par une frappe de missiles. Ce faisant, il permet la libération de l'espace aérien, enfin débarrassé des drones aliens, afin que les combats pour la reconquête de la ville puissent commencer.