Le film débute par la scène où une plume d'oiseau, volant dans les airs, atterrit aux pieds de Forrest Gump, un jeune homme simplet, assis sur un banc dans la ville de Savannah, en Géorgie, attendant le bus. Au fil des différents interlocuteurs qui viennent s’asseoir tour à tour à côté de lui sur le banc, Forrest Gump va raconter la fabuleuse histoire de sa vie. Sa vie est à l'image de la plume (que l'on aperçoit au début et à la fin du film) qui se laisse porter par le vent, tout comme Forrest se laisse porter par les événements qu'il traverse dans l'Amérique de la seconde moitié du XX siècle.
Jefferson Smith, un jeune homme naïf et idéaliste, est désigné sénateur des États-Unis par le gouverneur de son État, pour remplacer un sénateur décédé, aux côtés de Joseph Paine, un politicien rompu à toutes les combines politiques. Smith dépose au Congrès des États-Unis un projet de loi de création d'une colonie de vacances pour les enfants des villes, ignorant que Paine défend un projet portant sur la construction d'un barrage au même endroit, projet s'annonçant plus que juteux pour certains. Smith découvre les non-dits, les corruptions et les compromissions des hommes politiques, et refuse de devenir l'homme de paille des affairistes.
À la suite de l'assassinat de John F. Kennedy à Dallas le 22 novembre 1963, le procureur de La Nouvelle-Orléans Jim Garrison remet en cause les conclusions du rapport de la Commission Warren et oriente son enquête vers la possibilité d'un complot. Ce film se fonde d'une part sur le livre de Jim Garrison, dans lequel il raconte son enquête, et d'autre part sur les investigations de Jim Marrs, journaliste américain indépendant.
En 2023, les mutants, les humains susceptibles d'engendrer des mutants, et des humains prêts à les défendre, ont été presque exterminés au cours d'une guerre contre les Sentinelles, des robots conçus pour trouver et éliminer les mutants. Dans un ultime effort pour changer le cours tragique des événements, le professeur Charles Xavier et Magnéto renvoient l'esprit de Wolverine dans son propre corps, en 1973, grâce aux talents de Kitty Pride. Ainsi conscient de l'avenir qui se prépare, il doit y retrouver les jeunes mutants écorchés qu’ils ont été.
L'action se déroule en 1985 dans une Amérique alternative, dans laquelle des héros costumés ont modifié l'histoire. Une première équipe de super-héros, les Minutemen, s'est constituée à la fin des années 1930 et une deuxième équipe, les Watchmen, s'est formée quelques décennies plus tard. Les États-Unis ont gagné la guerre du Viêt Nam grâce au docteur Manhattan et Richard Nixon en est à son cinquième mandat présidentiel, mais les héros costumés ont été déclarés illégaux par le Congrès. Ils ont tous pris leur retraite sauf deux : le brutal et cynique Comédien, qui travaille à présent pour le gouvernement, et le paranoïaque et incontrôlable Rorschach qui est recherché par la police. Le monde se dirige quant à lui vers une guerre nucléaire entre les États-Unis et l'Union soviétique.
Les X-Men sont à la recherche d'un étrange mutant dénommé Kurt Wagner qui s'est introduit dans le bureau ovale pour tenter d'assassiner le président des États-Unis. L'attentat a rendu l'opinion publique de plus en plus hostile contre les mutants. Alors que le Professeur Xavier et Cyclope rendent visite à Magnéto dans sa prison pour savoir s'il est impliqué, Xavier découvre qu'un certain William Stryker, un militaire qui semble en savoir long sur le passé de Wolverine, a soutiré des informations à Magnéto. Stryker, aidé par son assistante Yuriko Oyama, enlève le Professeur Xavier et Cyclope, puis lance un raid sur le manoir de la Fondation Xavier. Il s'empare des plans du Cerebro et de six élèves mutants. Parmi les rescapés, on compte Malicia, Pyro, Iceberg, Kitty Pryde, Colossus, Wolverine et d'autres élèves qui se sont échappés par les différents couloirs de sortie.
Le film raconte les derniers mois de la vie d'Abraham Lincoln, 16e président des États-Unis, assassiné en 1865, et surtout de son combat pour faire passer le XIIIe amendement de la Constitution, qui mit fin à l'esclavage dans tout le pays, avant la fin de la guerre de Sécession.
Après une pollution du lac de Springfield provoquée par Homer Simpson avec les déjections d'un cochon qu'il a adopté, le gouvernement américain décide que la ville entière est devenue une menace pour l'environnement du pays et recouvre donc Springfield d'un immense dôme de verre dans l'intention d'y contenir la pollution. La famille se voit donc obligée de déménager en Alaska.
Dans les années 1920, le jeune Cecil Gaines grandit avec ses parents afro-américains dans une plantation de coton à Macon dans l'État de Georgie. Un jour de récolte, sa mère est violée par le fils de la propriétaire des lieux, Thomas Westfall, et son père est tué sous ses yeux car il ose protester. Annabeth Westfall, la mère de Thomas, prend alors Cecil sous son aile et lui apprend à être domestique (« nègre de maison ») tout en lui apprenant à lire. Quelques années plus tard, Cecil comprend qu'il doit partir de la plantation car Thomas ne le laissera pas vivre une fois sa mère disparue.
Le film couvre tous les aspects de la vie de Nixon, de son enfance à Whittier en Californie à la rencontre avec sa femme Pat Ryan. Il explore en profondeur tous les événements marquants de sa présidence, y compris sa chute due à un abus de son pouvoir exécutif à la Maison Blanche, le scandale du Watergate constituant un élément central du film.
Un radiotélescope du programme SETI capte des ondes émises par un vaisseau extraterrestre démesuré qui s'est immobilisé en orbite géostationnaire lointaine. Le Pentagone, averti de cette présence, décide de garder le secret sur cette découverte. Peu de temps après, de gigantesques vaisseaux entrent dans l'atmosphère puis prennent lentement position au-dessus de diverses mégapoles mondiales. À Washington, le président des États-Unis Thomas J. Whitmore (Bill Pullman) s'interroge sur la conduite à tenir.
Trois ans après, séparé de Jane (qui n'est pas venue à leur mariage), Frank Drebin continue sa traque des malfaiteurs et, en raison de ses états de service, il est accueilli à la Maison-Blanche pour un dîner organisé par le président au cours duquel doivent être abordées les questions énergétiques. Il retrouve Jane qui est devenue l'assistante du professeur Meinheimer mais cette dernière s'est fiancée à Quentin Hapsburg. Ce dernier trempe dans de sombres histoires dans lesquelles le professeur Meinheimer est impliqué bien malgré lui.
Dave Kovic est le parfait sosie de William Mitchell, le Président des États-Unis. Ce dernier fait appel à Dave pour éviter une réception ennuyeuse dans le but de passer une soirée tranquille avec une de ses maîtresses. Lors de cette soirée, Mitchell est victime d'un accident vasculaire cérébral.
Benjamin Gates, dit Ben, suit les traces de la famille Gates, en voulant mettre la main sur le fameux trésor des Templiers, d'une valeur incommensurable, qui aurait été caché par les Francs-Maçons durant la guerre d'indépendance des États-Unis. Toutefois, cette quête n'est pas une mince affaire puisqu'on ne peut atteindre le trésor qu'en suivant un indice, qui aboutit généralement à un autre indice.
Le général Zod et ses sbires, Ursa et Non, tentent de voler un puissant cristal sur Krypton. Ayant échoué dans leur tentative, ils sont jugés par Jor-El qui les condamne à être emprisonnés dans la Zone Fantôme.