Le film s'ouvre sur une scène de flashforward mettant en scène le massacre des Innocents. Un an avant cet évènement, à Jérusalem, Zacharie reçoit une vision de l'archange Gabriel, qui lui annonce que sa femme Élisabeth donnera naissance à un fils malgré leur vieillesse. Dans le même temps, à Nazareth, la jeune Marie est fiancée sur décision de ses parents — Anne et Joachim — à un charpentier nommé Joseph. Peu de temps après, Marie est visitée par l'archange Gabriel, qui lui annonce qu'elle tombera enceinte du fils de Dieu et qu'elle devra le nommer Jésus. Il lui révèle par ailleurs que sa cousine Élisabeth est également enceinte. Après en avoir reçu l'autorisation de ses parents, elle s'en va rendre visite à cette dernière, qui connaît miraculeusement l'origine divine de sa grossesse. Marie assiste ensuite à la naissance de Jean-Baptiste, puis revient à Nazareth enceinte, à la grande stupéfaction de Joseph et de ses parents, qui craignent que celui-ci l'accuse de fornication, un péché punissable de lapidation selon la Loi mosaïque. Au début, Joseph ne croit pas Marie mais décide toutefois de ne pas l'accuser. Dans la nuit, il reçoit à son tour la visite de l'archange Gabriel, qui lui parle du plan de Dieu pour le fils de Marie, conçu par le Saint-Esprit. Joseph croit alors Marie et lui demande pardon d'avoir douter d'elle.
L'histoire se déroule à Jérusalem lors des quarante jours qui succèdent à la résurrection du Christ, puis en Galilée. Clavius, un puissant tribun militaire romain et son aide de camp Lucius sont mandatés par Ponce Pilate pour superviser la crucifixion d'un juif nommé Jésus de Nazareth. Après la mort du condamné et sous la pression du Sanhédrin, Pilate ordonne de faire sceller et garder le tombeau mais le lendemain, les deux sentinelles ont disparu et le tombeau est vide. Pilate charge Clavius d'enquêter sur la disparition du corps du Nazaréen. Pourchassant les disciples du Christ soupçonnés d'avoir enlevé le corps, Clavius se convertit lorsqu'il les retrouve dans une petite maison de Jérusalem autour de Jésus ressuscité. Il finit par les rejoindre en Galilée. Pilate se sentant trahi envoie Lucius le tuer mais ce dernier le laisse partir avec les disciples.
Pour avoir défié l'empereur Caligula sur un marché aux esclaves, Marcellus, jeune tribun romain, est exilé à Jérusalem. Contre son gré, il dirige la crucifixion de Jésus tout en ignorant l'identité de ce dernier. Il recueille sa tunique. Marqué par cette relique, il se convertit à la foi chrétienne tout comme son esclave Demetrius, avec les risques que cela comporte.
Le film raconte les 22 premiers chapitres de la Genèse et se divise en trois grandes sections : Adam et Ève, l'Arche de Noé et l'histoire d'Abraham. Il y a également deux sections plus courtes : la construction de la Tour de Babel, située entre celles de Noé et d'Abraham, et celle de la destruction de Sodome et de Gomorrhe, intégrée dans la section d'Abraham. L'idée générale du film sont les alliances passées entre la divinité et l'humanité (Adam et Ève, Noé, Abraham) et les moments où ces alliances furent rompues (Babel, Sodome et Gomorrhe).
Demetrius, l'esclave grec affranchi qui servait le martyre Marcellus, est chargé de conserver la tunique du Christ, remise par l'apôtre Pierre. Mais l'empereur Caligula s'empare de la relique et Demetrius est condamné à l'arène: les jeux des gladiateurs, la troublante Messaline, l’épouse de Claude, l’oncle de ce dernier, mettront à rude épreuve la mission de Demetrius, pour le perdre ou le sauver du destin cruel des combats singuliers.
Alors que les Végétaloufs attendent une dépanneuse, des pirates leur racontent l'histoire d'une asperge en mission divine qui finit dans le ventre d'une baleine.
Emporté par la tourmente de la poussière du désert du Neguev, un vieil autocar transporte vers les lieux saints une troupe de jeunes comédiens. Enfin, ils s'arrêtent afin de se maquiller et de se costumer, troquent leurs jeans pour des costumes bibliques et se préparent à retracer ensemble la vie du Christ. Cette évocation, en vingt-huit tableaux chantés et dansés retracera l'intégralité des sept derniers jours de la vie du Christ jusqu'à sa crucifixion. Enfin, les jeunes gens repartiront laissant le désert face à l'écrasante histoire de cet homme qui, un jour, changea la vie de toute une planète.
Ce film est basé sur l'histoire de Saül de Tarse, juif citoyen romain, devenu Paulus (Paul) après sa conversion, apôtre du Christ, emprisonné au Tullianum par l'empereur Néron alors que Luc l'évangéliste cherche à le rencontrer. Le prisonnier se remémore sa vie, lorsqu'il s'appelait Saul et qu'il persécutait les chrétiens avant de se convertir au christianisme après avoir rencontré Jésus-Christ ressuscité.
Dans l'étable avoisinante de Jésus de Nazareth, naît Brian Cohen. Les rois mages d'Orient qui suivent l'étoile se trompent et commencent à rendre hommage à Brian. Sa mère les accueille très discourtoisement et essaie de les flanquer à la porte. Son comportement change quand elle aperçoit les cadeaux précieux (de l'or, de l'encens, de la myrrhe) que les hommes apportent. Mais les rois mages comprennent leur erreur, reprennent les cadeaux et quittent l'étable pour aller rendre hommage au « vrai messie », Jésus-Christ.
L'histoire se déroule en Judée (province romaine) au I siècle. Le quotidien d'une bande d'animaux est troublé par l'arrivée d'un agneau qui se prend pour un lion, et qui est destiné à être sacrifié pour la Pâque juive. Ses amis se mettent en devoir de le sauver. Leur chemin croise la route de Jésus peu avant sa crucifixion.
En 63 av. J.-C., Pompée conquiert Jérusalem et met la ville à sac. À peine entré, le conquérant se rend au temple pour s'emparer du trésor de Salomon et fait massacrer les prêtres. Il découvre alors que le trésor n'est rien d'autre que la collection des rouleaux de la Torah. Déçu, il est sur le point de les jeter au feu lorsqu'un prêtre survivant se les fait remettre et les place en lieu sûr. Bien des années plus tard éclate une série de rébellions contre l'autorité de Rome que les Romains matent en crucifiant les meneurs et en installant leur homme sur le trône de Judée : Hérode le Grand.
Hadassah, une orpheline juive, se marie avec le roi de Perse et devient Reine. Elle change de nom et devient Esther de Suse. Après un malentendu elle perd la confiance du roi mais la retrouve et évite ainsi le massacre des juifs de l'empire.
Vers -1000, David, âgé de 70 ans, roi de la Terre d'Israël, doit passer le pouvoir à l’un de ses fils : le prince Adonias est un grand chef de guerre et le prince Salomon est un homme sage et pacifique. David fait un rêve où Dieu lui dit que son royaume sera plus prospère et heureux par la paix que par la guerre. Il désigne donc Salomon comme son successeur.