Mai 1940. Juifs, communistes ou opposants au nazisme sont internés au camp des Milles, près d'Aix-en-Provence. Le commandant Perrochon dirige ce camp d'une main de fer. Mais pourtant, quand l'arrivée des nazis est annoncée, il ne peut se résoudre à leur livrer ses prisonniers et affrète secrètement un train pour les évacuer sur Bayonne.
À Paris, sous l'Occupation, un groupe disparate de résistants commet des attentats désorganisés. Missak Manouchian, un Arménien exilé, est prêt à les aider mais reste réticent à l'idée de tuer. Les circonstances l'amèneront à transgresser son éthique. Sous son impulsion, le groupe se structure et planifie ses actions. Le réseau Manouchian est né.
20 octobre 1942, en France occupée. Philippe Gerbier, ingénieur distingué des Ponts et Chaussées soupçonné de « pensées gaullistes », est arrêté par la police de Vichy et placé dans un camp de prisonniers reconverti en prison. Il tranche avec les autres prisonniers par une force de caractère peu commune, et par les appuis qui l'ont placé dans ce camp. Quelques jours plus tard, les autorités françaises remettent Gerbier à la Gestapo, la police secrète nazie, qui le transfère à Paris pour un interrogatoire dans l'hôtel Majestic. Gerbier réussit à s'échapper avec l'aide d'un résistant anonyme et d'un coiffeur apparemment pétainiste, puis retourne à Marseille où est basé le réseau qu'il dirige effectivement.
En 1942, pendant la Seconde Guerre mondiale, la jeune Écossaise d'Édimbourg Charlotte Gray se rend à Londres pour offrir son aide à l'effort de guerre. C'est là qu'elle fait la rencontre d'un pilote de l'Armée de l'air britannique, Peter Gregory, dont elle tombe follement amoureuse. Mais peu de temps après lors d'une mission sur le sol français, son avion est abattu et Peter est porté disparu.
Ce film retrace l'histoire de la vie de Lucie Aubrac pendant la résistance à l'occupation nazie, dont un "coup d'éclat" réussi... l'organisation d'un commando pour faire évader son mari Raymond Aubrac.
Durant la Seconde Guerre mondiale, en 1942, Marcel Mangel s'engage, sous le nom de Marcel Marceau, dans la Résistance française, sous l'influence de son frère Simon et de son cousin, Georges Loinger. En partie par le mime, il aidera de nombreux enfants orphelins, dont les parents ont été tués par les nazis.
Après la défaite française de l'été 1940, Addi Bâ, un jeune tirailleur sénégalais, est emmené dans un camp de prisonniers. Il s'évade et se cache dans les Vosges.
Durant la Seconde Guerre mondiale, dans Paris occupé par l'ennemi, le jeune Algérien Younes est appréhendé par la police française parce qu'il pratique le marché noir. Mais au lieu de l'incarcérer, la police lui demande d'espionner les faits et gestes de Si Kaddour Benghabrit, recteur de la Grande Mosquée, soupçonné de procurer de faux papiers aux résistants et aux Juifs. C'est dans ces circonstances qu'Younes fait la connaissance du chanteur Salim Halali, un juif algérien qui se fait passer pour un musulman. Impressionné par la voix et le charisme de Salim, Younes se prend d'amitié pour lui et cette rencontre change sa vie. Non seulement il renonce à la mission confiée par la police, mais s'élève spirituellement et devient un fervent défenseur des libertés.
En 1943, alors que la France est occupée, le guitariste de jazz Django Reinhardt souhaite échapper aux forces allemandes qui l'invitent à faire une tournée en Allemagne pour récupérer sa notoriété. Il tente de quitter la France en passant par la Suisse. Il séjourne un temps en Savoie et en Haute-Savoie, notamment à Thonon-les-Bains. Là il découvre les dures conditions que les forces d'ordre français et les Allemands font subir aux tsiganes, lui qui fut jusqu'ici un célèbre joueur de jazz insouciant...
Au cours de l'exode de 1940 en France, un convoi de civils est mitraillé. Paulette, cinq ans, perd ses parents et se met à errer dans la campagne, serrant dans ses bras le cadavre de son chien. Dans les bois, elle rencontre Michel, un garçon de dix ans, qui l'emmène vivre dans la ferme de ses parents. Réticent au début, le père de Michel accepte l'arrivée de Paulette, plus par peur que les Gouard, ses voisins et ennemis jurés, le fassent et en tirent une quelconque gloire, que par charité.
1942 : Albert Lory, un célibataire d'âge mûr, instituteur dans un village que l'on devine en France occupée (aucune référence géographique n'est faite), est amoureux d'une jeune collègue, Louise Martin. Mais, timide et vivant avec sa mère possessive, il n'ose pas se déclarer. De plus, Louise est fiancée à Georges Lambert qui s'avère être un « collaborateur » de l'occupant allemand. Les agissements de Georges, ceux du frère de Louise, Paul qui est un résistant, et ceux enfin des Allemands qui procèdent à des arrestations, entraînent Albert vers une prise de conscience et un élan patriotique...
Félix Raffut, un châtelain périgourdin affolé par l'invasion allemande, effectue l'exode de sa famille et de son mobilier vers des lieux supposés hospitaliers.
Durant la Seconde Guerre mondiale, en 1941, un appareil de reconnaissance de la Royal Air Force, en mission au-dessus de la France, est abattu à proximité de Paris. Ses cinq occupants, traqués par les soldats de la Wehrmacht, parviennent à rejoindre la capitale. Parmi eux (outre « Baby » — grièvement blessé par un tir ennemi —, Robin, Splinter et Geoffrey), se trouve l'aviateur français Paul Lavallier qui a rallié en Angleterre les Forces françaises libres. Cherchant à contacter les services secrets britanniques opérant à Paris, il sollicite l'aide de son ancien professeur de latin, le père Antoine, prêtre à l'Église Saint-Julien, Place Jeanne d'Arc. En outre, pisté depuis le Café Langlars (face à l'église) par un agent de la Gestapo, Paul se réfugie dans l'appartement de Jeanne, jeune serveuse du café. D'abord réticente, elle accepte d'aller délivrer un message à Mademoiselle Rosay, une institutrice en contact avec les services secrets, en vue d'organiser un retour en Angleterre. Pendant que le plan d'évacuation des cinq aviateurs se met en place, Jeanne et Paul tombent amoureux l'un de l'autre. Mais l'étau se resserre, orchestré par le chef de la Gestapo, Herr Funk.