Scooby-Doo, Sammy, Fred, Daphné et Véra sont à nouveau réunis afin de débusquer un virus fantôme. Pendant leur enquête, la bande se retrouve prisonniers d'un jeu vidéo basé sur leurs propres aventures passées. Les cinq amis sont alors transportés dans un voyage à travers le temps, passant de l'époque préhistorique à la vie dans l'espace. Ces expéditions riches en rebondissements les conduisent à rencontrer, à chacune des époques traversées, leurs doubles, risquant ainsi à tout moment, de changer le cours des événements...
Sacha (Ash), Ondine (Misty) et Pierre (Brock) continuent l'exploration de la région Johto. Ils devront aussi tenter de retrouver Pikachu, qui a été enlevé par Jessie et James.
Quincy, un trentenaire fan de jeux vidéo, vit encore chez ses parents. Le jour où ces derniers le mettent à la porte, ils se voit obligé de gagner sa vie tout seul, et décide de participer à un tournoi vidéoludique pour remporter la somme d'argent promise au vainqueur. Sûr de gagner, il fait alors la rencontre d'un mystérieux joueur qui tente de lui tenir tête.
Makoto Yuki est un jeune lycéen qui retourne vivre à Port Island, ville qu'il a quitté dix ans auparavant. Etant orphelin, il est transféré dans les dortoirs Iwatodai qui appartiennent au lycée Gekkoukan dans le quel il sera dorénavant étudiant. Le soir de son arrivée, il fait la rencontre d'un étrange garçon qui lui demande de signer un contrat. Tout se passe bien durant quelques temps jusqu'au jour où durant la nuit, son dortoir se fait attaquer par des monstres. C'est ainsi qu'il découvre que les seuls élèves du dortoir ont la possibilité d'invoquer leurs Persona, une entité représentant leur inconscient. Il apprendra alors plus tard que sa Persona lui permet de combattre ces monstres appelés Shadow qui n'apparaissent que durant la Dark Hour, une heure située entre 00h00 et 01h00 dans laquelle seules des personnes avec le potentiel d'invoquer leurs Persona peuvent y être actifs, la plupart de la population se transforme alors en cercueil.
Alors que l'équipe des S.E.E.S doit affronter toujours et encore des Shadows, ils doivent malheureusement faire face à la mort de proches. Cela leur permettant d'être plus fort, les S.E.E.S sont plus déterminés que jamais à en finir avec la Dark Hour. C'est à ce moment là que Makoto fait la rencontre d'un élève plutôt mystérieux du nom Ryoji Mochizuki, un tout nouvel élève transféré dans sa classe.
L'histoire se déroule dans un lycée privé catholique. Après qu'une fille se soit enfermé dans sa chambre, des filles disparaissent mystérieusement suivant apparemment une apparition de cette dernière. Leur point commun, avoir toutes vu la même photo.
Après une infection dans une ville , un reporter (Chase Carter) décide de s'y rendre et d’interviewer les personnes présentes dans les camps de décontamination. Mais un problème survient le vaccin « ZOMBREX » n'a aucun effet. Il s'ensuit une survie effrénée pour notre reporter accompagné de survivants croisés en chemin.
Après les événements survenus à Tall Oaks et Lanshiang, Chris Redfield du BSAA, rejoint huit soldats de l'armée mexicaine en tant qu'observateur dans la région de Querétaro pour appréhender un trafiquant d'armes biologiques, Glenn Arias, et sauver des otages dans un manoir lié à une opération de contrebande d'armes biologiques remplit de zombies infectés par une nouvelle souche virale. Là, il trouve Glenn Arias, mais ce dernier s'enfuit quand le manoir explose. Chris vient ensuite à la rencontre d'une amie et conseillère du BSAA, le Dr. Rebecca Chambers, qui commence à développer des médicaments pour combattre le virus rencontré dans le manoir. Le laboratoire est attaqué par l'une des complices d'Arias après la fin des recherches de Rebecca, que Chris sauve d'une infection. Après l'attaque, ils décident de rejoindre Leon S. Kennedy qui pourrait les aider à arrêter Arias. Concluant qu'Arias est impliqué dans une attaque terroriste à venir, ils se rendent à New York pour le trouver avant qu'elle ne puisse se dérouler.
Dans cette nouvelle aventure, Sacha rencontre le Pokémon fabuleux Volcanion, tombé du ciel dans un nuage de poussière. Une force mystérieuse les unit alors ! Volcanion méprise les humains et tente de s'enfuir, mais il se voit obligé d'entraîner Sacha avec lui dans sa mission de sauvetage. Ils arrivent dans une ville de rouages et de mécanismes où un ministre corrompu a volé l'invention suprême : Magearna, un Pokémon Artificiel créé 500 ans plus tôt. Il a l'intention d'utiliser son pouvoir mystérieux pour prendre le contrôle de ce royaume mécanique ! Sacha et Volcanion pourront-il combattre ensemble pour sauver Magearna ? Un des plus grands combats de l'histoire Pokémon est sur le point de se dérouler !