1805 - Les hostilités entre la France d'un côté, l'Autriche et la Russie sont déclenchées, mais pour l'aristocratie, dans les grandes villes et à la cour, la vie continue avec ses mondanités et ses petits scandales. Le prince André Bolkonski rêve de gloire et s'engage dans l'armée du Tsar. Il est gravement blessé à la bataille d'Austerlitz…
En 1943, un résistant, Fontaine, est arrêté par les Allemands et emprisonné à la prison Montluc à Lyon. Il met tout en œuvre pour s'évader, imagine un plan, et parvient à force de courage et de travail à s'en procurer les instruments. Mais juste avant sa fuite, on affecte à sa cellule un autre prisonnier (un jeune garçon). Fontaine hésite à le supprimer, et l'emmène finalement avec lui. Leur évasion (nocturne) est longue et incertaine, mais les deux prisonniers parviennent finalement à retrouver la liberté.
En partant de l'étude du cas de Clermont-Ferrand, le film dresse la chronique de la vie d'une ville française entre 1940 et 1944. Le film élargit son propos factuel à toute l'Auvergne mais comporte aussi des témoignages de personnalités ayant joué un rôle important pendant la guerre (militaires, hommes d'état, témoins-clés) ou ayant participé activement à celle-ci, pas forcément à Clermont-Ferrand ni même en Auvergne.
En 1954 à Alger, le Front de libération nationale (FLN) diffuse son premier communiqué : son but est l'indépendance nationale vis-à-vis de la France, et la restauration de l'État algérien. Ali la Pointe propose des parties de bonneteau. Repéré par la police, il s'enfuit mais se fait agresser par un passant, il réplique et se fait tabasser par le reste du groupe. Rattrapé par la police, il se fait arrêter. Emprisonné, il assiste par la fenêtre de sa cellule à l'exécution d'une peine de mort par guillotine sur un nationaliste. Le FLN le contacte.
20 octobre 1942, en France occupée. Philippe Gerbier, ingénieur distingué des Ponts et Chaussées soupçonné de « pensées gaullistes », est arrêté par la police de Vichy et placé dans un camp de prisonniers reconverti en prison. Il tranche avec les autres prisonniers par une force de caractère peu commune, et par les appuis qui l'ont placé dans ce camp. Quelques jours plus tard, les autorités françaises remettent Gerbier à la Gestapo, la police secrète nazie, qui le transfère à Paris pour un interrogatoire dans l'hôtel Majestic. Gerbier réussit à s'échapper avec l'aide d'un résistant anonyme et d'un coiffeur apparemment pétainiste, puis retourne à Marseille où est basé le réseau qu'il dirige effectivement.
Une jeune juive, Sarah, est cachée par un ami, Jean Lavandier, et son compagnon Philippe, après que sa famille a été tuée par les SS. Elle est employée dans la blanchisserie tenue par la famille Lavandier. Jacques, le frère de Jean, sort de prison. Par jalousie, il fait arrêter son frère, sans imaginer les conséquences : Jean, homosexuel, est accusé à tort d’être l’amant d’un officier allemand, et déporté dans un camp de concentration…
Au cours de l'exode de 1940 en France, un convoi de civils est mitraillé. Paulette, cinq ans, perd ses parents et se met à errer dans la campagne, serrant dans ses bras le cadavre de son chien. Dans les bois, elle rencontre Michel, un garçon de dix ans, qui l'emmène vivre dans la ferme de ses parents. Réticent au début, le père de Michel accepte l'arrivée de Paulette, plus par peur que les Gouard, ses voisins et ennemis jurés, le fassent et en tirent une quelconque gloire, que par charité.
Durant l'hiver 1943-1944, dans la France occupée. Julien qui a 12 ans, fils d'une famille bourgeoise, est pensionnaire au petit collège Saint Jean de la Croix, tenu par les pères carmes. Il retrouve le chemin de l'école sans joie après les vacances de Noël, pour le deuxième trimestre. Une rentrée presque comme les autres jusqu'à ce que le père Jean vienne présenter trois nouveaux élèves. L'un d'entre eux, le jeune Jean Bonnet, est le voisin de dortoir de Julien.
Napoléon III perd la guerre contre la Prusse après un siège de Paris particulièrement dur pour le peuple parisien. Nous sommes en 1870-1871 et la misère est grande. Les 17 et 18 mars 1871, le peuple parisien, qui refuse la capitulation, se révolte. La Commune de Paris est née.
En 1942, pendant l'Occupation, un bombardier britannique embarquant cinq hommes d'équipage est abattu au-dessus de Paris par la Flak, lors d'un retour de raid aérien. Ses occupants sautent en parachute. Deux sont faits prisonniers, les trois autres parviennent à échapper aux Allemands. Le premier, sir Reginald Brook (alias « Big Moustache »), atterrit dans le zoo de Vincennes, le second, Peter Cunningham, sur la nacelle d'un peintre en bâtiment, Augustin Bouvet, et le dernier, Alan MacIntosh, sur le toit de l'opéra Garnier avant de se réfugier dans la loge d'un chef d'orchestre acariâtre, Stanislas Lefort.
Au mois de juin 1940, alors que les troupes allemandes envahissaient le territoire français, eut lieu "la plus grande action de sauvetage menée par une seule personne pendant l'Holocauste" : plus de trente mille personnes, dont dix mille juifs, purent en effet échapper à la barbarie nazie. Un homme seul, bravant sa hiérarchie et les ordres du dictateur Salazar, choisit en son âme et conscience de permettre à des dizaines de milliers de réfugiés de rejoindre son pays, le Portugal, en organisant une distribution de visas ininterrompue pendant plusieurs jours. Cet homme, c'est Aristides de Sousa Mendes, consul de Bordeaux.
Au début du XIX siècle, en Espagne, pendant les guerres napoléoniennes, un soldat et un officier découvrent un vieux manuscrit qui, curieusement, relate l’histoire d’Alfonse van Worden, capitaine de la garde wallonne et grand-père de l’officier. Le récit commence alors qu’Alfons cherchait un raccourci pour traverser une redoutable montagne : la Sierra Morena. Voici la trame du manuscrit :