Le lieutenant Braden est chargé d'une mission exceptionnelle: un sous-marin le débarquera à proximité d'une île occupée par les Nipons. Une fois, à terre, il devra découvrir le code japonais, le photographier et regagner le sous-marin X-16 qui ne peut l'attendre que dix-huit heures.
Il était une fois, un royaume enchanté situé sous les mers appelé Pepperland, un endroit merveilleux protégé par le Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band, où le bonheur et la musique règnent en maîtres. Mais un jour, les méchants Blue Meanies déclarent la guerre et envoient une armée menée par le terrifiant Gantelaid (Flying Glove). Ils transforment alors les habitants de Pepperland en statues de pierres et vident le royaume de toutes ses couleurs. Panique totale dans la population dont le maire Old Fred décide d'envoyer Young Fred chercher de l'aide dans son sous-marin jaune. Ce dernier réussit à s'enfuir à temps et va ressusciter la légende de Yellow Submarine : fabuleuse légende disant qu'un jour, des hommes arrivèrent sur la contrée de Pepperland pour y faire naître la musique et le bonheur. Ainsi, à bord du sous-marin jaune, Young Fred va devoir rechercher des personnes capables de relever ce défi.
Le Comte Dakkar, un scientifique et dirigeant bénévole qui a ôté toute distinction de classe sociale parmi les habitants de l'île, gouverne sur une île volcanique proche du royaume Hetvia. Dakkar, sa fille Sonia et son fiancé, l'ingénieur Nicolai Roget, ont dessiné un sous-marin que Roget pilote. Jusqu'au jour où l'île est envahie par le Baron Falon, gouverneur despotique d'Hetvia. Falon poursuit Roget dans un second sous-marin. Les deux équipages découvrent sous les fonds de l'océan un étrange pays peuplé de dragons, de calamars géants et d'une étrange race humanoïde encore inconnue.
Pour sauver son sous-marin, attaqué par des avions japonais, le commandant White est contraint d'ordonner une plongée immédiate, causant ainsi la mort de deux membres de son équipage. Quelque temps plus tard, alors que la guerre est finie, White se marie avec la jolie Carol. Mais il reste marqué par la disparition de ses deux hommes...
A small group of British sailors stationed on a Scottish island engaged in top-secret research on a new and dangerous torpedo are joined by a US Navy scientist, Lt. Brad Bradville (Gene Kelly), and his assistants. When several tests of the weapon fail, and men are killed, tensions within the group mount. Bradville must prove that the torpedo can work and win over the British, especially Lt. Rogert Wharton (John Justin), before the Admiralty pulls the plug on the project.
Au bord du bateau de guerre U-boat, l'équipage des U.S.S. se dirigeait vers chez eux après des mois passés en mer. Maintenant prisonniers, un petit groupe de survivants américains va devoir prouver son loyalisme quand il est obligé de rejoindre les allemands capturés et de se battre pour leurs vies.
Au large de l'Alaska, l'océanographe Emma MacNeil étudie la migration des baleines à bord d'un sous-marin expérimental, sans la permission de son employeur. Au même moment, un hélicoptère militaire lance un sonar expérimental dans l'eau, ce qui désoriente les baleines qui vont se cogner dans un glacier, qui se rompt, libérant deux monstres préhistoriques pris dans la glace (un requin et une pieuvre géante).
Charles Sturm (Laughton) is a naval commander whose jealousy and abuse makes life miserable for his wife Diana (Bankhead). His suspicions fall on his own subordinate, Lieutenant Jaeckel (Grant). Although his suspicions are baseless, Sturm has Jaeckel transferred. After Charles falls into another fit of paranoid rage and strikes Diana, she wanders off into the streets during a festival and soon encounters another officer, who turns out to be Jaeckel's replacement, Lieutenant Sempter (Cooper). Learning of their affair, which this time is real not imagined, Charles plots a terrible revenge.
Dans le golfe de La Spezia, un sous-marin de grande croisière, le A 103, entre en collision avec un navire de ravitaillement et s'immobilise à 80 mètres de profondeur. De délicates tentatives de sauvetage du bateau et de l'équipage vont s'organiser...
Pendant la Seconde Guerre mondiale, un commando britannique a pour mission de couler le cuirassé allemand, le Tirpitz, réfugié dans un fjord de Norvège.
L’action se situe à Melbourne en Australie. La Troisième Guerre mondiale a été déclenchée, et l'Australie, le dernier pays survivant, est dans l’attente inexorable d’être atteint à son tour par les mortelles radiations des armes atomiques.
Le sous-marin HMS Sea Tiger, qui vient juste de rentrer au port, est brusquement rappelé en mer pour une mission spéciale : couler le Brandenburg, un navire de guerre allemand. En route, l'équipage apprend que leur cible a atteint la Baltique, mer sur laquelle de lourds moyens de défense ont été disposés ; au lieu de reculer, le Sea Tiger prend le Brandenburg en chasse. La tension grandit lorsque la cible se rapproche ; arrivés à portée de tir, ils lancent leurs torpilles, mais doivent battre retraite sans savoir si leur attaque a réussi. Bientôt, sous peine de ne plus jamais pouvoir rentrer, ils doivent trouver à se revitailler en carburant alors qu'ils se trouvent toujours dans les eaux ennemies…