Alors qu'ils survolent les mers pour repérer des bancs de poissons, les jeunes pilotes Tsukioka et Kobayashi rencontrent Godzilla et un autre monstre en train de se livrer une bataille féroce. Les deux créatures disparaissent dans l'océan, mais refont bientôt surface près d'Osaka, qui sera dès lors le cadre d'un combat à mort entre les deux monstres et les hommes.
Des extraterrestres, venus d'un système nébulaire détruit, planifient l'invasion de la planète Terre en prenant comme couverture un parc d'attractions pour enfants. En réalité, la tour Godzilla qu'ils ont construit leur sert à contrôler Gigan et King Ghidorah qui détruisent tout sur leur chemin. Godzilla et Anguirus tentent d'arrêter les deux monstres de l’espace.
À la fin du XX siècle, les monstres sont parqués sur l’île d’Ogasawara. Ils sont retenus sur l’île par des moyens prodigieux. Mais un jour, les barrières se dissipent et les monstres s’évadent. L’équipe du SY-3 est chargée d’enquêter. Ils se retrouvent face aux Kilaaks, des extraterrestres, auteurs du dysfonctionnement. Ils prévoient d’utiliser les monstres de l’île pour prendre le contrôle de la planète. Les monstres attaquent les capitales des plus grands pays simultanément. Un seul moyen de les arrêter, couper la liaison mentale entre les monstres et les Kilaaks.
Une ancienne légende dit que le soleil deviendra rouge et qu'un monstre du ciel viendra détruire la Terre avant d'être arrêté par deux monstres terrestres. Peu de temps après la découverte d'une grotte dédiée à une divinité ancienne, un robot ressemblant à Godzilla et envoyé par des extraterrestres apparaît et commence à tout détruire...
Devant l'accroissement de la pollution des mers, le roi de Seatopia décide de prendre des mesures : envahir le monde de la surface en envoyant le monstre Megalon. Pour aider Megalon, des agents sont envoyés dérober un robot qui servira de guide d'attaque au monstre : Jet Jaguar. Megalon détruisant tout sur son passage, on décide d'appeler Godzilla à l'aide pour vaincre le monstre.
Les extraterrestres de la troisième planète du trou noir ont réussi à rebâtir Mechagodzilla, pour envahir la Terre. Ils se sont associés au Dr Mafune un savant rejeté par la communauté scientifique et capable de contrôler un dinosaure géant marin : Titanosaurus. Pour contrer la menace, Interpol se lance à la poursuite des extraterrestres tandis que Godzilla affronte les deux monstres.
Une ancienne attraction de parc à thème en 3D à Sanrio Puroland. Un vaisseau spatial appelé Terre est envoyé pour enquêter sur la disparition de son homologue sur une planète pleine de monstres au-delà de notre système solaire. Une fois sur place, il repère rapidement le vaisseau abattu et est rapidement attaqué par Mothra et Rodan. Elle repère Godzilla et ouvre le feu sur lui, donnant à la Planète le temps de s'échapper.