À l’époque de leur jeunesse, dans les années 80, Sam Brenner, Will Cooper, Ludlow Lamonsoff et Eddie « Fire Blaster » Plant ont sauvé le monde des milliers de fois… en jouant à des jeux d’arcade à 25 cents la partie. Mais aujourd’hui, ils vont devoir le faire pour de vrai… Lorsque des aliens découvrent des vidéos d’anciens jeux et les prennent pour une déclaration de guerre, ils lancent l’assaut contre la Terre. Ces mêmes jeux d’arcade leur servent de modèles pour leurs attaques. Cooper, qui est désormais Président des États-Unis, fait alors appel à ses vieux potes pour empêcher la destruction de la planète par PAC-MAN, Donkey Kong, Galaga, Centipede et les Space Invaders… Les gamers pourront compter sur l’aide du lieutenant-colonel Violet Van Patten, une spécialiste qui va leur fournir des armes uniques...
Durant la préparation de la mission Prometheus, Peter Weyland ordonne à un androïde de prendre part à la mission. Weyland se présente comme le « créateur » de l'être synthétique et lui explique que cette mission a pour but de connaitre les créateurs des humains. Weyland demande ensuite à l’androïde de se choisir lui-même un prénom. Après avoir contemplé la célébrissime statue de Michel-Ange, il choisit alors « David ».
Une sorte de sphère atterrit sur Terre. En sort Klaatu, un extraterrestre d'apparence humaine (mais né d'une chrysalide) qui souhaite transmettre un message à l'humanité alors que des phénomènes étranges font leur apparition.
À la suite de la rencontre historique Apollo-Soyouz en 1975 entre les Américains et les Russes, d'autres nations envoient des astronautes rejoindre la station spatiale. Dans les siècles suivants, de nombreux extraterrestres, de toutes formes, les rejoignent. Rebaptisée Alpha, celle-ci devient trop vaste et risque de s'écraser sur la Terre. D'un commun accord, les dirigeants des races qui peuplent l'immense station décident de l'éloigner de la Terre. Pendant son voyage, elle continue cependant de croître jusqu'à héberger 17 millions d'êtres vivants.
Pour Cindy, jeune et jolie reporter, le compte à rebours a déjà commencé. Parce qu'elle a visionné la cassette au pouvoir démoniaque, elle sait qu'il ne lui reste plus que sept jours à vivre. Si elle ne veut pas finir comme sa copine Brenda, elle doit absolument découvrir le secret de cette effroyable prophétie.
Lorsque l'entité maléfique Parallax s'échappe de sa prison aux confins de l'univers et parvient à blesser mortellement Abin Sur, le seul gardien capable de l'emprisonner, le corps des Green Lantern (gardiens ancestraux de la paix dans l'univers et maîtrisant la force verte de la Volonté grâce à leur anneau), dont Abin Sur faisait partie, se retrouve démuni face à leur adversaire qui maîtrise la force jaune de la peur. C'est sans compter sur le pilote d'aviation chevronné Hal Jordan, casse-cou et téméraire, qui va obtenir l'anneau de pouvoir d'Abin Sur mourant et devenir le dernier espoir des Green Lantern et de la Terre, à présent menacée par Parallax.
11 août 2011, des Marines sont appelés à intervenir à Los Angeles, au commencement pour ce qui semblait être une simple pluie de météorites qui tombe au large de grandes villes côtières à travers le monde. Il s'avère qu'ils vont en réalité devoir affronter les forces d'invasion et de colonisation d'extraterrestres, puissamment organisées, dont l'objectif est de s'approprier les ressources en eau de notre planète Terre. Sous la pression de la technologie avancée de ces derniers (usage intensif de drones de combat), l'armée américaine doit peu à peu se replier et abandonner la ville sous peine d'anéantissement total. Un peloton de Marines du 2e bataillon du 5e régiment de Marines commandé par le sergent Michael Nantz, un vétéran, a pour ultime mission de sauver un groupe de civils restés bloqués dans une zone de combats. Durant l'extraction, le sergent Nantz arrive à repérer un PC opérationnel alien et à le faire détruire par une frappe de missiles. Ce faisant, il permet la libération de l'espace aérien, enfin débarrassé des drones aliens, afin que les combats pour la reconquête de la ville puissent commencer.
Un vaisseau extraterrestre se stabilise un jour au dessus de Johannesbourg, en Afrique du Sud. Pourtant, rien ne se passe, aucune communication ne s'effectue. Les autorités sud-africaines décident alors de forcer l'entrée du vaisseau. Ils découvrent une population d'un million d'extraterrestres désorganisés et affamés.
Douze mystérieux vaisseaux extraterrestres apparaissent subitement à différents endroits du monde (États-Unis, Venezuela, Groenland, Royaume-Uni, Sierra Leone, Soudan, Russie (Sibérie et mer Noire), Pakistan, Chine, Japon, Australie), stationnés à quelques mètres au-dessus du sol ou de l'océan. L'armée américaine les surnomme « coques » à cause de leur forme singulière, oblongue et lisse. Les buts des extraterrestres et le choix des sites échappant à toute logique humaine, l'experte en linguistique comparée Louise Banks est recrutée par l'armée pour établir le contact et, surtout, connaître leurs buts. En apprenant leur langue écrite en cercle, Louise apprend à courber le temps, et donc à obtenir la capacité d'agir dans le présent pour avoir une action future qui devient passée, qui influe donc sur son besoin présent, via le passé.
Le docteur Daniel Jackson est rejeté par la communauté des autres égyptologues en raison de ses théories controversées sur la fonction des pyramides d'Égypte qui seraient des lieux d'atterrissage de vaisseaux spatiaux. Cependant, à la sortie d'une conférence, il est recruté par Catherine Langford pour travailler sur un projet secret de l’armée américaine.
Le général Zod et ses sbires, Ursa et Non, tentent de voler un puissant cristal sur Krypton. Ayant échoué dans leur tentative, ils sont jugés par Jor-El qui les condamne à être emprisonnés dans la Zone Fantôme.
Alors que les agents Fox Mulder et Dana Scully sont affectés à Dallas, ils sont confrontés à un attentat terroriste contre un bâtiment fédéral. Leurs investigations, aidés d'un médecin paranoïaque, les mèneront à la découverte d'indices d'un complot mondial, et de l'existence d'un virus mortel, d'origine extraterrestre. Ils seront confrontés au puissant Syndicat, et notamment à L'homme à la cigarette, bien décidé à compromettre leur enquête et à les empêcher de découvrir la vérité. Mulder et Scully la poursuivront néanmoins du Texas à l'Antarctique, jusqu'à découvrir de terribles secrets.
Après 57 ans de dérive dans l'espace, Ellen Ripley est secourue par la corporation Weyland-Yutani. Malgré son rapport concernant l’incident survenu sur le Nostromo, elle n’est pas prise au sérieux par les militaires quant à la présence de xénomorphes sur la planète LV-426 où se posa son équipage… planète où plusieurs familles de colons ont été envoyés en mission de "terraformage". Après la disparition de ces derniers, Ripley décide d'accompagner une escouade de marines dans leur mission de sauvetage... et d’affronter à nouveau la Bête.
En 2004, un satellite détecte un mystérieux flux d'énergie localisé sur l'île Bouvet, au large de l'Antarctique. Le riche industriel Charles Bishop Weyland (Lance Henriksen) fait enquêter les employés de son entreprise multinationale de communications Weyland Industries sur la source de chaleur. L'analyse révèle une pyramide recouverte par la banquise. Weyland recrute une équipe de scientifiques pour explorer et revendiquer ce qui y sera découvert. L'équipe comprend des archéologues, des experts linguistiques, des mercenaires, des foreurs (pour creuser la banquise pour atteindre la pyramide), et une guide nommée Alexa Woods (Sanaa Lathan).
Territoire du Nouveau-Mexique, 1873. Un homme amnésique (Daniel Craig) se réveille dans le désert, blessé, sans nom et avec un bracelet étrange au poignet. Après avoir éliminé trois hommes sur le point de le tuer, il erre dans la petite ville d'Absalom, où le prêcheur local, Meacham (Clancy Brown), soigne sa blessure. Peu après, l'homme sans nom brutalise Percy Dolarhyde (Paul Dano), un ivrogne qui terrorisait la population. Dans un bar, le shérif Taggart (Keith Carradine) le reconnaît alors comme étant Jake Lonergan, un bandit recherché, et l'arrête. Jake tente de s'échapper mais une mystérieuse femme nommée Ella Swenson (Olivia Wilde) l'assomme pour le livrer aux autorités. L'éleveur de bétail Woodrow Dolarhyde, parfois appelé « le colonel », (Harrison Ford) arrive en ville avec ses hommes et exige que son fils Percy soit libéré. Il veut également la peau de Jake, avec qui il a un compte à régler. Mais des vaisseaux lumineux commencent à attaquer la ville, et Percy, le shérif Taggart et de nombreux habitants sont enlevés. À l'aide de son mystérieux bracelet à son poignet, Jake abat un des engins volants. L'occupant du vaisseau, une créature monstrueuse, s'échappe dans le désert.