Portugal, fin des années 1960. Tomás da Palma Bravo, « le Dauphin », est un riche propriétaire menant une vie oisive. Il chasse les animaux et les femmes. Un crime est bientôt commis, et le Dauphin semble avoir disparu.
Au Portugal, le quotidien d’une famille est bouleversé : le père se retrouve au chômage et la mère doit alors cumuler deux emplois. Mais leur fille est bien décidée à ne pas se laisser abattre et à continuer à vivre sa vie d’adolescente. Une distance trouble s’installe entre eux : le début d’une lente implosion, chacun cherchant à s’adapter à sa façon à cette situation nouvelle.
Sa mère vient de mourir. Son père n’est pas celui qu’elle croyait.
Prise entre un passé incertain qu’elle ne connaît qu’à travers les photos laissées par sa mère et la perspective d’un mariage qu’elle ne désire pas réellement, Elisa se lance à la recherche de la vérité. Sa quête d’un père supposé, qui est aussi une fuite en avant, la mène de Paris à Lisbonne, des fantômes de la contestation des années 70 à un présent hypothétique. Elle y croise des morts qui parlent, des mémoires qui flanchent, des tortionnaires à la retraite, de sémillants jeunes gens et au fil de ces rencontres, navigue de doute en doute et de mystère en mystère. Mais connaît-on jamais le fin mot d’une histoire ?
Dans la campagne portugaise, au bord du Mondego, Maria dos Prazeres, aristocrate ruinée, et Álvaro Silvestre, rustre propriétaire terrien, forment un couple décadent, malheureux et stérile. Leur mépris mutuel et leur frustration dégénèrent jusqu'à impliquer tragiquement leurs employés.
À Lisbonne, Lívio vient de se faire quitter par sa petite amie. Il est désespéré et en arrive à faire du porte à porte pour mendier. On lui donne les souliers d'un mort.
Un beau jeune ornithologue part, seul, en expédition d'observation, en kayak, dans un parc naturel, pour une durée indéterminée, avec tout le matériel nécessaire, dont une boîte de médicaments indispensables à sa survie. Il est attiré par les oiseaux, et son imprudence l'entraîne dans des rapides, où il est éjecté de son kayak.
Un jeune médecin portugais, soldat pendant la guerre coloniale en Angola entre 1971 et 1973, envoie à sa femme des lettres d’amour poétiques, sensuelles et passionnées. Ce jeune homme, en train de devenir écrivain, c’est António Lobo Antunes dont 280 lettres ont été publiées en 2005. Elles sont l’inspiration du film qui en propose une lecture intime et leur donne vie.
Dans la ville millénaire de Guimarães, trois réalisateurs renommés, Peter Greenaway, Edgar Pêra, Jean-Luc Godard, explorent la 3D et son influence sur notre perception du cinéma. Surimpression et superposition des images pour Peter Greenaway dans « Just in Time », interrogation ludique sur le nouveau spectateur de cinéma pour Edgar Pêra avec « Cinesapiens », esquisse d'une histoire du cinéma en 3D pour Jean-Luc Godard dans « Les Trois Désastres ».