Au Népal, un dénommé Kaecilius, maître des arts mystiques, s'introduit avec ses comparses dans la bibliothèque du sanctuaire de Kamar-Taj afin de s’emparer de deux pages du livre de Cagliostro, après avoir tué le bibliothécaire. L’Ancien tente d’arrêter son ex-élève mais échoue, son disciple parvenant à fuir.
Alors qu'il rentre chez lui et s'apprête à fêter avec son épouse une vie couronnée de succès, le Dr Malcolm Crowe, qui est psychologue, a la surprise de voir l'un de ses anciens patients pénétrer chez lui. Cet homme est dénudé, sous l'emprise d'un stress important, et avec une arme à la main. L'individu accuse Malcom de l'avoir abandonné à une vie de terreur puis lui tire dessus et se suicide.
Clark Kent, élevé dans une ferme du Kansas, s'interroge sans cesse sur sa différence. Il apprend qu'il est né sur Krypton, un monde lointain aujourd'hui disparu dont les ultimes représentants tentent de conquérir la Terre au mépris de la civilisation humaine. Clark va devoir prendre de difficiles décisions pour devenir le symbole d'espoir pour toute l'humanité…
Au milieu du XVIII siècle, le gouverneur Weatherby Swann et sa fille Elizabeth, alors âgée de douze ans, sont en route vers Port Royal (en Jamaïque) à bord de l'Intrépide en compagnie du lieutenant de la Royal Navy James Norrington. Ils rencontrent un naufrage dans lequel ils trouvent un survivant, Will Turner. Il s'agit d'un enfant, qui porte sur lui un médaillon en or. Elizabeth le lui enlève afin que son père ne puisse pas savoir qu'il est en fait un pirate. Elle aperçoit dans le brouillard un navire aux voiles déchirées noires, le Black Pearl.
En 1927, quelques mois seulement après son arrestation par le Congrès magique des États-Unis, Gellert Grindelwald s'évade et souhaite rassembler des sorciers de « sang-pur » afin de régner sur l’ensemble de la population non magique. Albus Dumbledore, un professeur renommé de l'école de sorcellerie britannique de Poudlard, et ancien ami d'enfance de Grindelwald, semble le seul en mesure de l'arrêter.
Super-héros alcoolique, John Hancock est rejeté par les habitants de sa ville de Los Angeles. Doté d'une force et d'une résistance surhumaines ainsi que de la faculté de voler, il est le seul de son genre et vit dans la solitude. Bien qu'il agisse pour la bonne cause, les dégâts considérables qu'il cause à chaque fois le rendent incroyablement impopulaire.
En 2012, le duo d'agents des « Men in Black » J et K fonctionne toujours après 15 ans d'association. Cependant, J s'interroge de plus en plus sur les causes du caractère renfermé de son partenaire. L'agent O, qui a pris la succession de Z à la tête de l'agence, connait les raisons mais les garde pour elle. Sur la Lune, un extraterrestre boglodite très dangereux, Boris l'Animal, s'évade et retourne sur Terre avec un objectif : tuer K, l'agent qui l'a capturé en 1969 et lui a détruit le bras gauche. L'agent K assiste au retour de son vieil ennemi sur Terre, qui le défie et part en lui disant : « Tu es déjà mort, mais tu ne le sais pas encore ». L'agent K avoue plus tard à J que ne pas avoir tué Boris fut sa plus grande erreur, sans donner plus d'explications. J cherche donc de son côté des informations dans les archives de l'agence « Men in Black » mais certaines lui sont interdites d'accès. Dans la nuit qui suit, K disparait et seul J semble se souvenir de lui : pour le reste de l'agence, K est mort sur le terrain à Cap Canaveral le 16 juillet 1969. Mais O comprend par le comportement de J que Boris a remonté le temps et tué K dans le passé, changeant le continuum espace-temps. La mort de K en 1969 a permis une brèche dans le système de sécurité de la Terre et les boglodites se préparent à une invasion. J décide donc de remonter le temps à son tour, partant pour le 15 juillet 1969 afin de retrouver K avant le Boris du présent. Il utilise pour cela un dispositif créé par un compagnon de cellule de Boris, fonctionnant sur la vitesse accumulée, et doit donc sauter du sommet du Chrysler Building ; le fils du compagnon lui explique avant de partir que si J est le seul à se souvenir de K, c'est parce qu'il a vécu les événements qui ont changé l'histoire.
Le monde sait désormais que Tony Stark est Iron Man. Cependant, ce qu'il ne sait pas, c’est que le héros invincible dans son armure or et rouge est aujourd’hui malade et sur le point de mourir. Son générateur au palladium qui empêche les éclats d'obus d'atteindre son coeur empoisonne le sang de Tony à cause de la toxicité de l'élément. Au vu de son pronostic vital, Tony sombre dans la dépression, l'alcoolisme et l'autodestruction. De plus, il devient la cible du sénateur Stern qui veut récupérer la technologie de l'armure d'Iron Man pour armer l'US Army par le biais du concurrent de Tony Stark, Justin Hammer.
Quatre ans ont passé depuis le désastre du Jurassic Park sur Isla Nublar, qui est une des cinq îles d'un archipel nommé Las Cinco Muertes (« Les Cinq Morts ») à deux cents milles nautiques (environ 370 km) dans le Pacifique au large du Costa Rica. Sur Isla Sorna, l'île voisine où les jeunes dinosaures étaient élevés avant d'être envoyés au Jurassic Park, l'incident d'une famille anglaise en croisière, qui révèle du même coup l'existence des dinosaures au public, est utilisé par Peter Ludlow, neveu de John Hammond, pour démettre son oncle de la présidence d'InGen et renflouer la compagnie par la constitution d'un nouveau parc sur le continent à San Diego, en Californie.
Larry Daley, nouveau gardien du musée d'histoire naturelle de New York, découvre que tous les squelettes, animaux empaillés et statues de cire s'animent durant la nuit : Attila, Sacagawea, Theodore Roosevelt, Christophe Colomb, Lewis et Clark, les cow-boys, les soldats romains (dont le général Caius Octavius), les soldats de la guerre de Sécession, les Mayas, les hommes de Néandertal, un tyrannosaure, des singes capucins et une statue de l'île de Pâques. Il y a aussi le pharaon imaginaire Ahkmenrah, dont la tablette fait s'animer les personnages la nuit.
En 1944, alors que la guerre du Pacifique fait rage, deux pilotes s'écrasent sur une île inconnue. L'un est Américain, l'autre est Japonais. Alors qu'ils s'affrontent sur place, ils sont brusquement interrompus par une gigantesque créature.
Tandis que les Schtroumpfs se préparent pour le festival de la Lune bleue, le Grand Schtroumpf perçoit dans son chaudron une vision du Schtroumpf maladroit essayant de rattraper une baguette magique alors que les autres Schtroumpfs sont enfermés dans des cages par Gargamel. Ne souhaitant pas que cette vision se réalise, le Grand Schtroumpf refuse de laisser sortir le Schtroumpf maladroit pour cueillir de la salsepareille, mais celui-ci désobéit et conduit, sans le vouloir, Gargamel et son chat Azrael jusqu'au village. Les Schtroumpfs, apeurés, fuient. Le Schtroumpf maladroit, suivi du Grand Schtroumpf, de la Schtroumpfette, du Schtroumpf à lunettes, du Schtroumpf grognon et du Schtroumpf téméraire, trouve refuge sous une chute d'eau dont l'accès est interdit.
Dans les années 1930 à New York lors de la Grande Dépression, Ann Darrow, une jeune comédienne de vaudeville se retrouve au chômage après la fermeture de son théâtre. Parallèlement, un réalisateur ambitieux et mafieux, Carl Denham envisage de tourner un film d'aventure sur une île légendaire située dans l'océan Indien, après être entré en possession d'une carte mentionnant son existence. Mais les producteurs insatisfaits des premières prises de vue et du coût engendré, décident d'annuler la production. Carl décide alors de fuir en volant les bobines de film et charge son jeune assistant Preston, de préparer le départ le soir-même. Mais Preston lui annonce que l'actrice qui devait tenir le rôle a quitté l'équipe au dernier moment. Carl se dépêche alors de trouver une actrice correspondant à ses attentes avant ce soir. Il remarque Ann qui cherchait du travail avant qu'elle ne se fasse surprendre en train de voler une pomme. Carl intervient et lui évite des ennuis. Il lui offre un repas et lui explique qu'il recherche une actrice pour tourner une idylle romantique et aventurière sur un bateau en mentant cependant sur un point, que le film se tournera à Singapour. Au début, Ann refuse mais quand Carl annonce que le scénario sera écrit par Jack Driscoll, un auteur de pièces de théâtre connu qu'Ann admire par-dessus tout, elle accepte le rôle. Le soir, sur le quai où est accosté le navire Venture, Carl presse son commandant le capitaine Englehorn d'appareiller car il sait que des hommes en uniforme vont bientôt l'arrêter. Ann, inquiète, embarque finalement avec le reste de l'équipe, y compris le narcissique Bruce Baxter, le comédien du film. Carl retrouve Jack Driscoll sur le navire pour qu'il lui remette le script mais n'ayant fait qu'une ébauche, insiste pour que Jack l'accompagne pour le tournage. Ce dernier est cependant pressé de partir mais Carl lui annonce qu'il va le payer (chose qu'il ne fait jamais) et fait exprès de s'embrouiller dans les chiffres en rédigeant le chèque alors que le navire est sur le point de larguer les amarres. Jack tente tout de même de quitter le bateau mais trop tard : le Venture a déjà quitté le port au moment même où les producteurs et la police arrivent sur le quai.
En 1985, John Bennet est un garçon solitaire de huit ans. Le soir de Noël, il fait le vœu que son ours en peluche qu'il vient de recevoir à Noël prenne vie et qu'il soit son meilleur ami pour la vie ; son vœu sera exaucé par magie, l'ours Ted (traduction de « Teddy bear ») prend vie et cette histoire devient célèbre. 27 ans plus tard, en 2012, Ted et John vivent toujours ensemble, mais la présence de l'ours empiète sur la vie de couple de John, depuis quatre ans avec Lori. En effet, John et son ours se comportent comme de grands enfants, passant leur temps à boire des bières et fumer de la drogue devant des navets, leur préféré étant Flash Gordon. Aussi, Lori va forcer la main de son petit ami et le pousser à s'éloigner de son meilleur ami d'enfance afin de le faire grandir et le rendre plus mûr.